真のさむらいを目指すうさぎが、ネオ江戸(えど)の町へ。そこでうさぎは、何世紀も閉じこめられていた妖怪(ようかい)を誤って解放してしまう。

多くの足と目玉を持つクモのような妖怪・影人(かげひと)が現れ、うさぎと仲間がバトルを展開。その後、さらなる危険からコガネ公を救うべく力をつくす。

うさぎ、キツネ、チズ、ゲンは文化博物館を訪れ、そこでさまざまに姿を変える何者かにおそわれる。それは、放置された物に宿る妖怪だった。

ゲンに付きそって、病院にやってきたうさぎとキツネ。その後、モグラとコウモリ戦隊(せんたい)の間で起こった争いに、巻きこまれる羽目に。

都会の妖怪3びきをたおすことを条件に、カラス天狗(てんぐ)はうさぎの先生になると約束。フワ様は、気石をうばってネオ江戸を支配しようと画策する。

ネコ忍者(にんじゃ)団が寺を攻撃(こうげき)し、チズは家族と仲間の間で板ばさみに。ゲンがバイトに出かけ、うさぎは2ひき目の都会の妖怪をさがす。

3びき目の都会の妖怪をさがしに、うさぎはチズといっしょに隠(かく)れ道場へ。しかし最後には考えを改める。影人はさがしているものに一歩近づく。

チカブマはこっそりぬけ出し、ゲンやチズたちに影人の計画を知らせる。自分が信用に値する者だと証明したうさぎは、カラス天狗に弟子入りすることに。

うさぎが仲間と再び力を結集して、フワ様とネコ忍者団に立ち向かう。クラヴィスを気石に合体させようと、影人がすさまじい攻撃をしかけてくる。

異次元からの怪物(かいぶつ)の攻撃を防ぐべく、気石が入り口を閉じようとするが、重要な破片が欠けていた。うさぎと仲間は、破片を見つけられるか?