惑星連盟アカデミーの学生ミクリ・マヤは、小惑星の掘削調査に立ち会っていた。 ＭＴシステムでＩマシンへと意識を移し、掘削現場に立ち会うよう教授に命じられたマヤ。 ところが予想外の事故に巻き込まれ。マヤは教授たちから見捨てられてしまう。 そこに現れたのが、オリハルト専門の掘削業者エスカベイト社の荒くれたち。 マヤは、Ｉマシンのままエスカベイト社の母船・ストゥルティー号に収容されてしまう。

マヤは、自分が教授によって、不正取引の濡れ衣を着せられていることを知り驚く。 だが、今はどうすることもできない。そんなマヤをグレイマンはスカウトし、 マヤはエスカベイト社で働くことになった。そんなマヤに厳しい言葉を投げかけるイド。 マヤがストゥルティー号の外壁を掃除していると、 リックは「あれでもお嬢さんのこと気遣ってるんだぜ」とイドをフォローする。 そんな中、マヤはリックたちがＩマシンのままなことにふと疑問を抱く。

オリハルトから出現した謎の少女に驚くエスカベイト社の社員たちの前に連盟軍の インターステラー艦・マリトーが姿を現す。あっという間に拿捕されるストゥルティー号。 新惑星の違法掘削容疑で査察を行うというのだ。 アマンザ中尉からＩマシンからはやくマインド・アウトしろと命じられるイド。 マヤはイドがエバートランサーだと説明する。 連盟軍は、機体番号などさまざまな方法でアプローチしてもイドの固有IDは 発見できないという。イドはいったい何者なのか……。

ミゲル・ジャンプ中に強制的にミゲル・アウトしたストゥルティー号。 そこははるか辺境の星域だった。グレイマンたちはアマンザ中尉の尋問を行う。 連盟軍がエスカベイト社を狙った理由は何なのか。 尋問の最中に逃げ出したアマンザは、マヤと謎の少女を人質にとる。 しかしグレイマンはアマンザとの交渉にまったく応じる姿勢を見せない。 その時、巨大な質量がミゲル・アウトしてくることがわかる。 宇宙に突如姿を現したものとは……。

ミゲルジャンプで現れた衛星から、撒き散らされた岩石群をマヤの機転で なんとか切り抜け、ミゲルジャンプで脱出したストゥルティー号。 だが衛星はストゥルティー号を追ってくる。その狙いは謎の少女なのか。 軍もまた謎の少女を狙っているのではないかとイドは推察する。 そんな中、マヤは偶然、イドとアマンザの会話を聞いてしまう。 二人が交わしていたのは、イドの過去に関する話だった。 なぜイドはエバートランサーになったのか……？

衛星の一部が移動する砂となってストゥルティー号内部に潜入した。 そのせいで謎の少女・アリスは宇宙に投げ出されてしまう。 絶望的と思われたアリスをなんとか保護したイド。 そのイドの脳裏に失われたはずの過去がフラッシュバックする。 「そうだ。お前は、おれの過去だ！」。 だが、星間物質に紛れた衛星の移動岩がアリスを狙いイドを襲ってくる。 そこに現われたのは銀河連盟の独立機関・条約遵守機構《オブザーバー》の戦艦だった。

オブザーバーの統制官サムにさらわれそうになったアリスを救ったマヤとイド。 だが今度は移動岩に飲み込まれてしまう。 周囲の環境から完全に遮断された岩石内では、生存限界がくるのも時間の問題である。 助かるための手段を考えるマヤとイドは、 岩石に飲み込まれた20年前の有人探査船を発見する。そこで脱出の手がかりを探すマヤ。 その探査船には、オリハルトと移動天体に関する驚くべき情報が眠っていた！

有人探査船でサルベージした航海ログ。 それによりオリハルトは未知の文明の廃棄物であり、 衛星などの移動天体はオリハルト回収装置であることが明らかになった。 イドは航海ログに残っていた謎の人物ドクター・アリスガワを探し出し、 移動天体の危機を排除し、ストゥルティー号の安全も自分の過去も手に入れると宣言する。 移動天体に追跡されないよう古い航法技術でミゲルネット宙域に戻ったマヤたちを、 さらなる試練が襲う！

ミゲルネットの大規模障害が発表される。それは、移動天体「ラジーブ」によって 惑星フィフスが飲み込まれたことを隠すための情報操作だった。 一方、イドは、ケイン・アリスガワ、移動天体、自分の過去、 すべての謎がひとつにつながっていると直感していた。 カーラがその情報収集の技を駆使して調べたところ、ケイン・アリスガワは 開拓惑星シクスの衛星にある企業ＭＴインダストリのＣＥＯを務めていた。 ストゥルティー号はシクスへと向かう。

ＭＴインダストリではケイン・アリスガワがイドたちを待ち受けていた。 ケイン・アリスガワはイドに告げる。この肉体こそイド本来の肉体だと。 そして自分の正体は、 ケイン＝イドの親友であったアダムス・フォルテ・シュヴァリエだと。 「私の名前を聞いて、まだ何も思い出せないのか」。 アダムスはイドの意識を強制的にケインの肉体へとマインドトランスする。 蘇るイド＝ケインとアダムスの過去。今、すべての始まりが明かされる！

肉体に意識が戻ったイド＝ケイン。だがショックに耐えきれず、意識不明となってしまう。 一方、軍は地球圏にオリハルトを集積し、移動天体ラジーブとの決戦に備えていた。 アリスもアダムスに連れさられ、もはや一介の掘削業者にはどうにもならない事態となる。 その時、ケインの意識が戻り、ケインの記憶にラジーブへの対応策があったとわかる。 アダムスはアリスを手に入れそれを実行しようとしている。 だが、それには恐ろしい事態を招く危険な手段だった！

アダムスが計画した作戦は失敗に終わり、大型移動天体の前に連盟艦隊は壊滅する。 対峙するイドとアダムス。そこに響くのは「やめて、お願いだから、仲間でしょう？」。 というアリスの声。しかし声は続ける。「それより、アリスを探して」。 アリスの正体とは何なのか…。 イドはオリハルトを放棄しろとアダムスを説得するが、アダムスはそれを拒否する。 残された時間はわずか。 イドたちは人類を救うことができるのか……！