大海原で未確認生物を探すチャーリーとマイク、そして彼らの父親たちは漂流している少女を発見。彼女を救助した一行は、これから大きな混乱にのみ込まれてゆくことを想像すらしていなかった。

謎の島に漂着したマイクとチャーリーは想像を絶する現実を思い知り、何とかして恐ろしい試練を突破しようとする。同じ島にひとりで流れ着いたキャップは、島を探検する人物に出会う。

どう猛な捕食者に狙われたチャーリーとマイクは、必死で逃げる最中に信じられない光景を目撃。アイリーンは、チームを率いて島の奥へと進んでゆく。マイクは、本当のことを白状する。

チャーリーとマイクを救うため、地面に開いた穴に飛び込むアニーとドッグ。アイリーンは、嫌なかたちで島の自然を体験するはめに。キャップは、興味深い仮説を口にする。

いちかばちかの作戦は成功し、再会を果たした者たちには重苦しい告白の時が訪れる。大きな危機に直面したチャーリーとドッグは、窮地を脱するために仕方なく協力することに。

傷が悪化し、深刻な容体に陥るマイク。複雑な過去を抱えるアニーとアイリーンは、互いの率直な思いをぶつけ合う。ドッグとチャーリーは、仲間たちを捜して島を歩き続ける。

時を遡ること数年前、コングには島で行動を共にする人間の友人がいた。だが、コングは大切な友人の言葉に耳を貸さず行動し、取り返しのつかない深刻な事態を招いてしまう。

海のモンスターを倒してマイクの命を救うため、チャーリーは無謀な作戦を提案。だが、危険な作戦が成功するかどうかは、チャーリーの勇気と島の王者であるコングの力にかかっていた。