ゲストが動物園に落としていったクマのぬいぐるみを届けるため、アレックス、マーティ、グロリア、メルマンは、トラベル・トンネルを通ってニューヨークの街に出る。だが、落とし物返却作戦は思わぬ結末を迎える。

幸運の花を見つけたメルマンは、今日は人生最高の日になると喜ぶ。だが、次々に不運な出来事が起こり落ち込んでしまう。メルマンは悲しみに沈んだまま今日を終えるのか、吹っ切って一日を取り戻すことができるのか?

大人気の陽気なアシカトリオにファンを奪われたアレックスは、アシカのようなショーをやろうと決意する。だが、アシカと張りあおうと奮闘するうちに、誰かのまねをするよりも自分らしくいることが大切だと知る。

ニューヨーク・シティ・バレエの「白鳥の湖」のオーディションに潜り込んだグロリアは、ダンスの実力とは関係なくカバであることが理由で落とされてしまう。そこで自分自身に対する信念を問われることになるが...。

ニューヨーク・グリーン・キリンズの「ベストファンの日」に、野球観戦に出かけた仲間たち。チームに幸運をもたらすラッキーボーイとして注目されたアレックスは、調子に乗ってマーティを傷つけてしまうが...。

舞台恐怖症であるケイトのプレゼンを助けるため、一行は恐竜博物館へ。しかし、グロリアはゲームに夢中になり過ぎたあまり、目の前にあるものを見過ごし、揚げ句にとんでもない大惨事を引き起こしてしまう。

翼を痛め、一時的に滞在しているコウモリの不気味な噂を聞いたマーティは、その新参者から仲間を守ろうと決意する。しかし、コウモリに助けられて窮地を脱したマーティは、相手のことをよく知ることが大切だと学ぶ。

アレックスは自分とそっくりのネコ、メインクーンのサー・ブラクストンと1日だけ入れ替わり、高級ホテルで生活してみることに。最初は優雅なホテル暮らしを満喫するが、だんだん寂しくなり仲間たちが恋しくなる。

消防署のちびっ子消防士デーに参加したメルマンは、消防車に乗ったまま実際の火事現場に行ってしまう。そこで広告板から降りられなくなった子猫を助けるため、高所恐怖症を克服しなければならなくなり...。

デパートから間違って商品のスリッパを“盗んで”しまったマーティは、手の込んだ計画を立ててスリッパをこっそり店に返そうとする。そして最終的に、過ちを隠すより正直に認める方が簡単だと学ぶ。

赤ちゃんハリネズミたちが一時的に飼育センターへ移され、アレックスたちが彼らのベビーシッターに。やんちゃなハリネズミたちは大暴れしただけでなく、トラベル・トンネルを見つけて勝手に街へ繰り出してしまう。

今日はケイトの誕生日。飼育センターの動物たちは、みんな素晴らしいプレゼントを用意しており、メルマンはひづめを使って手作りした自分のプレゼントが見劣りするのではないかと不安になるが...。

子供体験クラブの「親切バッジ」を手に入れたグロリアは、「親切の女王」であると証明すべく、自由奔放なネズミたちを飼育センターに迎える。グロリアは不快な思いを我慢しつつ、ネズミたちにくつろいでもらうが...。

飼育センターにステージが新しく設置されるが、アレックスは体が小さ過ぎて登れず、小さい自分は大きな夢を叶えられないのではないかと落ち込む。そんななか、アレックスはコニーアイランドの大観覧車の話を聞き...。

ニューヨーク中が、クールでマイペースなナマケモノ・ルシアの到着を記念する「ナマケモノ・デー」を祝っている。アレックスたちはルシアを受け入れる方法を見つけるが、マーティはルシアの態度が理解できず...。

仲間たちが毎年、大みそかに夜更かししてタイムズスクエアのボールドロップを見にいっていると知ったメルマンは、自分も一緒に楽しもうと決意する。しかし、夜が更けるにつれて疲れたメルマンは...。

ララというオタマジャクシがグロリアのプールに現れ、親友になった2人は、その日一緒に過ごそうと約束する。しかし、すでにアレックスたちと年に1度の友達記念日を祝う計画があり、予定のかぶったグロリアは悩む。

冬にうんざりしたグロリアは、春が来てセントラル・パークの池の氷が溶けて、人形のしっぽを拾える日が来るのを心待ちにしている。しかし、グラウンドホッグのゴールディが、冬はさらに続くと予想して...。

マーティは年に1度の動物プライド・パレードの責任者としての役割を楽しんでいる。そこへ見慣れないしま模様の動物、オーディー・エリオットが現れ、マーティはオーディーが乗るべきフロートを見つけようとする。

アレックスは大作映画の役を手にするが、大御所動物俳優の雄牛からいじめを受けてしまう。アレックスは諦めかけるが、仲間たちの手助けを得て、いじめによって自分の夢を諦めさせることは誰にもできないと学ぶ。

初めて乳歯が抜けたメルマンは、もうケイトの赤ちゃんではいられなくなるのではないかと恐れる。そして、もっと小さくてかわいい動物にケイトの愛情を取られる前に歯を取り戻そうと、街中を捜し回るが...。

レンジャー・フーフからセントラル・パークの夜のパトロールに招かれたマーティは、ジュニア・レンジャーとして任務を遂行するために必要な能力があることを証明しようと決意する。だが、アレックスがついてきて...。

旧正月フェスティバルが行われるなか、アレックスはライオン年がないと知ってがっかり。スターになりたいアレックスは、フェスティバルの主役である竜の役を演じようと決心するが、コスチュームが合わず...。

足が生えて子ガエルに成長したララは、ついに仲間たちと街へ大冒険に繰り出す。だが、グロリアが広い世界の中で小さな友達を守ろうと過保護になったため、ララはボトルに入って移動することに。

大雪でバスが立ち往生し、ケイトが動物園に来られない。メルマンは「ケイトの代わり」となって、動物たちの世話をしようと決意する。しかし、雪に興奮した動物たちが羽目を外して、けが人(けが動物)が続出し...。

シャイなヤドカリのスターリーンと出会ったグロリアは、彼女に素晴らしい歌とダンスの才能があることを知る。そこで盛大なデビューショーを開いて、世間にスターリーンの才能を知らしめようと計画するが...。