最強の天才殺し屋・通称“ファブル”ある日、仕事を終えた“ファブル”は、組織のボスに一年間の殺し屋休業生活を命じられる。普通の生活を送るため、佐藤明と名前を変え、組織では相棒を務める洋子と共に、いざ、大阪にお引っ越し。2人は、一年間大阪でお世話になる真黒組の門戸を叩くのだった──。
佐藤兄妹、真黒組組長・浜田、若頭・海老原と対面。お互いが干渉しないことを条件に、組が用意した家での新生活がスタートする。しかし、不穏な空気が2人を放ってはおかない──。大阪初日の夜。街の探索がてら、近所のバーでお酒を飲んだ帰り道チンピラ 2 人に絡まれる明。だが、プロとしての資質を見せつけ…。
「プロとしてペットを飼え」 ボスからの次なる命を受け佐藤兄妹はペットショップへ。 そこでも、チンピラに追われる明…だったが。 無事ペットのインコ“カシラ”を迎え入れた翌日、 明は海老原から呼び出される。 連れられたのはある港の倉庫。 普通に暮らしたいと願う明に、早くもピンチが訪れる──。
面倒の種になりそうな明を街から追い出したい海老原。 「一年間誰も殺さずに静かに暮らしたい」という覚悟を持つ明。 2人の男のアツい気持ちが、今ここにぶつかる──。 一方その頃…。 洋子は真黒組の下っ端・高橋と Bar Buffalo へ。 1人の男のアツい下心と 1人の女の酒への愛が、今ここでぶつかる──!?
ついに、新たな仕事を探し始める明。 …しかし、一向に職は決まらない。 そんな中、出勤途中の清水岬に 彼女の仕事先・デザイン会社「オクトパス」を紹介される。 時給 800 円という条件で明は見事採用!新たな生活がここから始まるのだった──。 ところ変わって、刑務所の前。 ついに、海老原の弟分・小島が出所の日を迎える。
15 年の刑期を経て、出所した海老原の弟分・小島。 時代と共に変化した真黒組の姿に、憤りが溜まっていくのだった──。 株式会社オクトパスでは 時給 800 円男・明の入社を祝し、歓迎会を開催。 しかしその一方で、徐々に岬に忍び寄る魔の手。 知られざる、岬の過去。 ここから始まる恐怖を彼女はまだ知らない──。
出所後の小島は、真黒組若手の意識の低さに苛立ちは募る一方。 そんな中、兄貴分・海老原が倒れ ついに小島が動き出す──。 明が住む組の住宅に乗り込む小島。 一方、オクトパスでも、岬の過去を知った同僚・貝沼の彼女へのストーキングがエスカレート。 平和に暮らしたい明だったが、徐々に面倒に巻き込まれていく──。
とある夜。Bar Buffalo に 1 人のプレイボーイがいた。 その名も、河合ユウキ。 自らの人生を女遊びに捧げるペラ戦士。 そんな中身がない男を、洋子姉さんがロックオン──♪ ところ変わって、海老原の命令を無視し 自らの事業を始めようとする小島。 真黒組の警告者は、過去に組が手をかけようとした岬にロックオン──。
組のビジネスをめぐり、幹部ナンバー3の実力者・砂川と一触即発。 さらに、目をつけた岬の周囲をも巻き込み脅迫を続ける 小島の暴走に拍車がかかる──。 そんな弟分の暴走を止めたい海老原は 明に小島の動きを調べてほしいと依頼。 静かに暮らすため、トラブルに巻き込まれたくない明。 しかし、組の若頭は誠意を見せ……。
海老原の依頼で、小島の住むマンションに潜入する明。 舎弟・高橋との会話に聞き耳を立てると 岬の名前が──。 彼女の周りで立て続けに起こる事故。 マンションの調査、 そしてストーカー・貝沼からの情報もあり明は状況を把握。 小島の脅迫に観念した岬の 問題だらけの救出作戦を、「プロとして」企てる──。
岬を救うため、洋子とともに着々と準備を進める明。 一方小島も、岬をネタに 砂川と商売の話を行う準備を進めていた──。 商談当日。 お互いの思惑を抱え、小島と砂川が対峙する。 その頃、太平市民病院に入院する海老原の元にある男がやってくる。 「あんた…まさか…」 あちらこちらで、運命の一日が始まる──。
「誰も殺さない」「正体を明かさない」という縛りの中で岬救出のミッション開始。現場では小島と砂川の抗争も始まる中無事、岬の救出に成功する──。 現場にいる砂川が雇った同業者たちも次々と圧倒する明。小島を連れ去ることにも成功し、目的を完遂。「最強」としての実力を見せつけ現場を後にするのだった──。
小島を連れ、家に戻る明。そこには海老原がいた。 抗争を起こした弟分を放っては置けない若頭。 断腸の思いで小島に引導を渡すのだった──。 無事解放された岬。 小島の命で砂川に落とし前をつける海老原。 サンマを焼く煙を見上げる明。 混乱を乗り越え 太平市の個性豊かな面々は、束の間の平和な一日を過ごしていく──。
小島の一件も収束し、平穏な時間が流れる太平市。 そんな中、佐藤兄妹の住む家に 「ファブル」の存在を知る唯一の真黒組組員・黒塩がやってくる──。 明が山で過ごす情報を聞き入れた黒塩は 懇願の末、明についていくことに。 夜通し揃えたピクニック装備も虚しく 2泊3日のサバイバル生活が、始まるのだった──。
明と黒塩の山での生活がスタート。 街の生活とは違う過酷な状況、ヘビを食べる初めての経験、 野生の生き物への恐怖…。 黒塩の心はすでに限界──⁉︎ 野生の熊にも遭遇し サバイバル生活2日目もスリル満点。 一方そのころ洋子姉さんは…。 太平市のペラ戦士・河合ユウキとの スリル満点な戦いを始めようとしていた──。
野生の熊を追い払うために準備を重ねる明と黒塩。 ペラ戦士をおもちゃにするため 準備を重ねる洋子。 今宵、大阪にふたつのゴングが響き渡る──。 男と女…騙し騙され、恋だ愛だの、夜の酒──。 スペシャルはこの身一つ──。 それぞれの戦いは終わりを迎え…。 スリルあふれる夜が過ぎ 明と黒塩は、山を後にするのだった──。
太平市、とある興信所。 子どもたちの安全を語るその男、宇津帆玲。 表の顔は地域から信頼される人格者だが 裏の顔は、過保護でひ弱な若者を量産し 親から金を搾り取る悪魔だった──。 平和な日常に潜む不穏な影。 そんな魔の手が 殺し屋休業中・明の務める デザイン会社オクトパスの社員にも 静かに襲い掛かろうとしていた──。
明が公園で見かけた車椅子の少女。洋子の記憶を頼りにその少女は 4 年前、殺し屋として仕事を行った際に現場に居合わせた、佐羽ヒナコであることを知る──。 一方、宇津帆の次の標的にされているともつゆ知らず岬へのストーキング行為を続ける貝沼。そんな中、計画を進める宇津帆一派は岬のもとを訪れるのだった──。
太平市に蠢く怪しい影。 その一方で、オクトパスには平和な空気が流れる。 明はクリスマスのイラストを作成することに。 しかし、平和な日常も束の間。 明が配達に訪れた先には──。 そしてついに、宇津帆一派が動き出す。 次なるターゲット・貝沼を事務所に呼び出し 金を搾り取るための 計画を進めるのだった──。
次なるターゲット・貝沼家から金をむしり取るため 盗撮行為を暴く宇津帆。 ストーキングがばれた貝沼は 自分の行いは岬のせいだとし 彼女に刃を向ける──。 間一髪、岬の危機を救った明だったが 逃げる貝沼を鈴木に連れ去られてしまい…。 一連の明の行動から 明がファブルであると勘づいた鈴木は 真黒組住宅に乗り込む──。
明がファブルであることを 突き止めようとする鈴木だったが 妹の洋子にあっさり返り討ちにされる。 2人に拘束された鈴木は 貝沼の解放を要求されるのだったが──。 佐藤兄妹に解放された鈴木は 宇津帆に明がファブルであることを告げる。 ついにファブルに辿り着いた宇津帆は ヒナコを餌に 明を殺す計画を立てるのだった──。
因縁の相手・ファブルを殺すため 作戦を練る宇津帆と鈴木。 計画を立てる中、 宇津帆はヒナコを利用するため 両親を殺したのは明であると彼女に告げる──。 そして、作戦決行の日。 ヒナコを餌に、 宇津帆は明を事務所に呼び出す。 ついに、ファブルを確実に討つための 綿密に計画された作戦が開始されるのだった──。
明を簡単には仕留められない宇津帆。 とある林道に明をおびき寄せ 次なる計画を進めようとするのだったが──。 犯人しか知り得ない 親の死の真相を宇津帆から聞き ヒナコは彼に発砲。 しかし、防弾チョッキを着用していた宇津帆は さらに彼女の怒りに火をつける。 その怒りから、車椅子から立ち上がるも ヒナコの足元には──。
地雷の爆発を間一髪で防いだ明。 全ての計画が破綻した鈴木とともに 明は、ヒナコを救うための計画を実行する──。 無事ピンチを回避した明たちだったが 宇津帆の手から手榴弾が。 しかし、ピンは抜かれておらず 鈴木に撃たれた宇津帆は…。 一連の危機を乗り越え ヒナコを後に、佐藤兄妹は林道を抜けるのだった──。
とある立体駐車場。 逃走車を黒塩から手配しようとする井崎。 しかし、そこには鈴木が。 これまで逃げ続けてきた井崎の人生も ついに終わりを迎えることになる──。 時給 1,000 円男になる明。 海老原の元愛車をスクラップにし 詰められる黒塩。 酒に浸る洋子。 個性豊かな面々は 今日もプロとして、平穏な日常を過ごしていく──。
©南勝久・講談社/アニメ「ザ・ファブル」製作委員会