バージョンアップしたＧＢＮで、１人傭兵プレイを続けるヒロト。そんな彼に声をかける、カザミと名乗るダイバー。俺と組もうという提案にとりつくしまもなく拒否されたカザミだったが、めげる様子は一切見せない。彼の目的は、噂の隠しミッションの攻略だった。

フレディが伝説のフォースと息巻く「ビルドダイバーズ」を名乗らざるを得なくなったヒロト達。メンバーが様々な反応を見せる中、ヒロトだけがその名前に特別な感情を抱いていた。そんな中、再びフレディのミッションをプレイすることになった４人。フレディは彼らを自分が住む村へと招待する。

フレディの村を守るミッションを受けることになったビルドダイバーズ。事前に行ったリハーサルのバトルでは、拙いチームワークでどうしても村に被害を出してしまう問題が発覚。ヒロトは、村に損害を出すことなくクリアする秘策を皆に提案する。

フレディのミッションをＧＢＮで導入された長編ストーリーミッションだと考えた４人は、ミッションの継続を決める。フレディに紹介されたレジスタンスのメンバーから、彼らが展開している反攻作戦の計画内容を聞くビルドダイバーズ。次の任務は、砂漠に存在するヒトツメの巨大基地の攻略に関わる陽動作戦だった。

作戦当日、遅刻して現れたパルヴィーズは、これまでの自身のふがいなさを嘆き、ビルドダイバーズを抜けたいという旨をメンバー全員に伝える。必死に引き留めようとするカザミ、冷静なメイ、そしてどこまでも現実的なヒロト。パルヴィーズの決意は固いが、その意思に反して強制的にミッションは開始される。

前回のミッションで１つ大きな成長を果たしたパルヴィーズ。しかし、カザミは自身が活躍できていないことに１人憮然としていた。そんなビルドダイバーズは、フレディの兄、ジェドがいるレジスタンスの基地へ出向くことになる。

ゴジョウからカザミのことを頼まれたヒロトだが、その真意をどうしても理解できない。一方のカザミも、自身の理想とは大きくかけ離れた現実との溝を埋める方法を見つけられず、ただもがくばかり。そんな危ういチームワークの中で、護衛・撤退戦のミッションが始まろうとしていた。

少しだけ、しかしとても貴重な前進をしたヒロトとカザミの関係性だったが、謎のガンプラ「ゼルトザーム」の急襲によりビルドダイバーズとレジスタンスは壊滅状態になってしまう。ムランがヒロト達に託したペンダントが逆転のカギになるのだと言うが……。メイは、マギーの店で情報収集を開始する。

ビルドダイバーズがチームであることをようやく意識し始めたパルヴィーズとカザミ。しかしヒロトは、自らの力だけで次のミッションをクリアしようと提案する。そんな彼に強い瞳で問いかけるメイ。ヒロトはただ、困惑するしかなかった。

ヒロトの盾となって攻撃を受け、大破するウォドムポッド。その中から現れたのは、モビルドール姿のメイ。彼女はＧＢＮが生み出した電子生命体、ＥＬダイバーだった。残りのビルドダイバーズのメンバーが驚きの反応を示す中で、モビルドールメイはガンダムゼルトザームに攻勢をかける。

宇宙（そら）渡しの祭りを終え、次のミッションに向かうビルドダイバーズとレジスタンスの一行。目的の軌道エレベーターへ続く地上ステーションのロビーに設置された扉をある方法で開けたヒロト達は、その先へ進むための準備を改めて行うために、一旦ログアウトする。ラストミッションかも知れない次の舞台は、宇宙だった。

アルスと名乗る存在との互いにかみ合わぬ会話の中、一旦月から離脱したビルドダイバーズを待ち受けていたのは、凄まじい数のヒトツメ、それらを従えるように佇むガンダムゼルトザーム。そしてさらに、ヒロト達を驚愕させる存在が現れた。

健闘も虚しく、月に隠されていた衛星砲から強烈な光が放たれてしまう。その影響は惑星エルドラの他の地域のみならず、ＧＢＮ、さらにはヒロト達が住む世界中にまで及んでいた。今までの戦いが全てゲームではなく、本当に起こっていたことかも知れない。想像もつかなかった展開に、ヒロトは大いに戸惑う。だが今の彼は１人ではない。ビルドダイバーズがリアルで集う、それは必然の流れだった。