故郷の山形県から東京都立津々浦中学校に安孫子時生が転校してくる。東京モンに舐められないように気合を入れて登校する彼の前に、都道府拳マスターを自称する謎の同級生・日ノ本ジャパンが現れる。

東京都世田谷区出身の菊池益荒男は田舎者が大嫌いだった。田舎から転校してきた時生は、そんな彼に絡まれてしまう。そして、益荒男から都会の洗礼を受ける羽目になる。一方的にやられる時生だったが...。

都道府拳部の部室に、埼玉県出身のヒデがやってきた。埼玉についての悩みを話し始めるヒデ。事あるごとにダサいと言われるという埼玉。ジャパンは彼の悩みに理解を示すような素振りを見せるが...。

都道府拳部にヒデが新たな部員として加わった。みんなで鍛錬に励んでいると、そこにジャパンと同じクラスで静岡県出身の望月が現れる。そして、静岡の誇りを守るため、ジャパンが益荒男と勝負することに。

都道府拳を磨くべく、ジャパンたちは鍛錬に余念がない。そんななか、時生とヒデは地元を愛する気持ち・地元オーラ、通称・ジモーラを高めるための特訓をジャパンから課され、沖縄について学ぶことになる。

益荒男は秋田県からやってきた美少女転校生・湯瀬こまちに一目惚れしてしまう。こまちから好かれたい一心で、益荒男は都道府拳部に訪ねてくる。そして、ジャパンに秋田拳を教えてほしいと頼み込み...。

最強のシティボーイを決める大会「シティボーイ選手権」が開催される。そこには連覇中の益荒男はもちろん、ジャパンも参加していた。キング・オブ・シティボーイを手にするため、激戦を繰り広げる。

ヒデは地元の名産や名所が聞こえる病気「ジモフルエンザ」に罹ってしまう。そこでジャパンはヒデを治すため、治癒とやすらぎの拳・大分拳を使う。するとヒデと時生までも地獄へと送られてしまい...。

時生は一方的にジャパンに恋をしてストーキング中のこまちに遭遇する。彼の謎に包まれた休日の過ごし方が気になってしまった時生は、ジャパンのことが知りたいというこまちと共に尾行を開始するが...。

美術の宿題で恐竜のスケッチに手こずるヒデ。思い悩むヒデに本物の恐竜を見せるため、ジャパンの福井拳がさく裂する。座禅を組まされたジャパンとヒデと時生は、1億5000年前の福井県にタイムスリップし...。

ジャパンたちの学び舎・津々浦中学校に、雨貝一臣が突如ヘリコプターに乗って現れる。彼はさっそうと校庭に降り立ち、生徒たちのアメリ化を開始する。ジャパンは茨城拳で雨貝の行動を阻もうとする。

姉妹校の「津々浦インターナショナルスクール」と合同で開催される、津々浦中学校文化祭が開幕する。浮かれるジャパンたちの前でまたもや雨貝がアメリ化を実行。彼はお化け屋敷を用意していて...。

津々浦中学校文化祭でクラスのお芝居である「白雪姫」に出る萱原ナオとこまち。香川県出身のナオは最優秀演技賞の獲得に燃えていた。一方、こまちはナオとジャパンの関係が気になって仕方がない。

ジャパンは期末テストで赤点を3つ以上取ると修学旅行に行けないと知ってしまう。彼らの前に立ちふさがった期末テストという高い壁。それを何とか乗り越えるため、ジャパンは福岡拳の秘技をさく裂させる。

静岡県出身の望月と山梨県出身の花形は、富士山はどちらのものかを言い争っていた。そこに加わったジャパンは、この永遠のテーマの答えは富士の頂にあると言う。そして、一同は富士登山にやってくる。

ナオは桃太郎の物語を大胆にアレンジし、時生たちに聞かせ始める。それは物語に都道府拳を加えたものだった。ある日、桃から生まれたジャパンは桃太郎と名付けられ、都道府拳をマスターするが...。

友達を作りたい福島県出身の鈴木。彼は話し掛けるきっかけを作るため、巨大な卵を拾う。しかし、その卵から誕生した生物によって街が大騒ぎになってしまう。ジャパンは地元を救うため、福島拳で立ち向かう。

益荒男は生粋のシティボーイらしく皇居ランで汗を流してストレスを発散していた。そんななか、そこで見つけた美女に一目惚れしてしまう。そこで早速ジャパンに助太刀を求める。その美女は神奈川出身だというが...。 益荒男は生粋のシティボーイらしく皇居ランで汗を流してストレスを発散していた。そんななか、そこで見つけた美女に一目惚れしてしまう。そこで早速ジャパンに助太刀を求める。その美女は神奈川出身だというが...。

月に一度、学校の購買で先着1名限定で販売される「黄金の佐世保バーガー」の争奪レースがスタートした。長崎拳を駆使してトップを目指すジャパンと、スケボーを駆使する益荒男の間にし烈な争いが勃発する。

都道府拳部は長野県軽井沢で合宿をすることになる。そこで楜沢ケー子先生からスウィーツの作り方を学ぶことになるが、個性の強い先生に戸惑ってしまう。そんななか、合宿に来ていたラグビー部員が暴動を起こし...。

夏の強化合宿に励んでいた都道府拳部。その後、埼玉や岐阜と共に日本一暑い県を争う群馬県で、暑さに最も強い男を決める戦いがスタートする。張り切るジャパンだが、その会場に益荒男も駆けつける。

津々浦中学の近くにある竹石商店が、大型スーパーの建設によって客足が遠のいて廃業の危機に陥ってしまう。ジャパンたちは竹石商店を復活させるため、さまざまな手を尽くし、一度は立て直すが...。

新聞の一面を巨大隕石落下のニュースが掲載される。ジャパンたち都道府拳部は地球を守るため、鹿児島拳の力で宇宙へ向かう。そうして1カ月、やっと隕石を見つけたジャパンたちは鹿児島拳の力で立ち向かう。

修学旅行にやってきたジャパンたち。京都にやってきた彼らは、そこでどちらが都会か言い争う他県の不良の修学旅行生たちに遭遇する。その仲裁に入ったジャパンたちは、不良に目をつけられてしまう。

不良との戦いで危機に陥った時生の助太刀に入ったジャパンは、京都風風拳奥義・任天道で対決。時生は格闘ゲームのようにジャパンに操られ、不良を次々に倒していく。一方、不利になった不良は逆上し...。

修学旅行の夜。地元にまつわる怖い話・百ジモ語で盛り上がるジャパンたち。着々と語られていく怖いのかよくわからない内容にツッコむ時生だが、ジャパンが100話目を話し始めた瞬間、異変が起こる。

修学旅行最終日、ジャパンたちは大阪一の遊園地に向かう。だが、到着した先はひどく寂れた遊園地だった。一方、ジャパンに告白しようと決意したこまちは、彼を必死に追い掛けて告白の機会をうかがう。

連続で名古屋と京都の本能寺跡を巡ったジャパン。その時、時空にひずみが生じて織田信長が現れる。愛知拳を駆使して信長を元の時代に戻すことに成功するジャパンだが、後日日本史の本を見てみると...。

時生の妹でカリスマスケバンである安孫子紗和が、都道府拳部を潰すために山形からやってきた。紗和は益荒男と同盟を組んでジャパンたちを襲撃する。そこでジャパンは宮城拳で応戦して益荒男に立ち向かう。

広島県への地元愛が監督の目に留まったことで、ジャパンは映画の主演に大抜擢される。意気揚々と映画の撮影に臨むジャパンだったが、そこへ乱入した益荒男によって撮影現場は大混乱になってしまう。

ジャパンたちは最近都道府拳部を休みがちなヒデを心配していた。そこにずぶ濡れになったヒデが助けを求めてやってくる。どうやら大切な人に贈るためのプレゼントを湖の底に落としてしまったという。

強い女性No.1を決める「はちきん選手権」が開催されることになった。チェアマン・刈谷のハートを射止めたいケー子は優勝を狙う。しかし、そこに女装して出場していたジャパンがケー子と激突する。

みんなの頼みごとを聞くうちに笑顔を失っていくナオ。彼女は人助けに疲れ果ててしまっていた。そこでジャパンたちは富山の万能薬作りに乗り出す。その材料は集めるのに1カ月はかかるものだが...。

雨の日が続き、気分が沈む時生たち。そこでジャパンは暗い気分を晴らすため、都道府拳でみんなを宮崎県のビーチにワープさせる。すると、そこにはハワイに行っていたはずの益荒男の姿もあった。

佐賀県で開催されるバルーンフェスタ。そのイベントの中で、時生たちはジャパンが考案した都道府県別バルーンレースに出場する。地元愛を熱に変えてバルーンを飛ばす一同が、熱い戦いを繰り広げる。

負傷した望月は保険医の三猿サルフミ先生に治療を頼むが、静岡県出身という理由で断られる。栃木県出身の三猿先生は、宇都宮と餃子で競いあっている静岡県に塩を送るわけにはいかないと言うが...。

学校に遅れそうで時生は焦っていた。そこへ愛媛拳秘技・坊っちゃん列車に乗るジャパンが声をかける。鬼のように怖い中島先生に怒られたくない時生は、その列車に乗ることに。そこにはヒデも乗りあわせていた。

ひとりぼっちのクリスマスを過ごす時生。寂しいクリスマスだと思いきや、彼は誰にも鑑賞されない自由で幸せな時間に歓喜していた。だが、そこにジャパンたちが家に訪ねてきて静かな時間が台無しになってしまう。

ジャパンたちは石川県へやってくる。石川県の名産である金箔を全身に貼り付けて1通の手紙を読む。その手紙は石川県に住んでいるというファン・良太からのもので、ジャパンに会いたいという内容だった。

千葉の良いところを凝縮した遊園地・千葉ジモティーランドを盛り上げるべく、ジャパンは益荒男をモニターとして召喚する。千葉名物で益荒男を楽しませることはできるのか、ジャパンの挑戦が始まる。

兵庫の超強豪校との部活交流会に赴くジャパンたち。だが、その道中で岩手県のリアス第三中学校の都道府拳部が行く手を阻む。彼らの勝負を受けて立つジャパンたちは、新幹線掴み耐久バトルで対決する。

部活交流と称し、ジャパンたちを呼び出した兵庫県のタカラジェンヌ中学の都道府拳部。そして、ジェン中の真の目的が明かされる。それは目立ち始めたジャパンたちを、今のうちにたたき潰すことだった。

岐阜拳の修行のため、郡上おどりを始めるジャパンたち。踊り続けなければならないと知って時生は驚がくする。そして、そのまま踊りながら銀行へやってきた都道府拳部は、不運にも銀行強盗に遭遇する。

修行の合宿地・島根県に向かって寝台特急・サンライズ出雲に乗り込むジャパンたち。だが、いつの間にかヒデの姿が消えてしまっていた。寝台列車の中で突然起きたミステリーを都道府拳部が解決に導く。

「デカい」と言った者を体内に吸収し、自らを大きくできる北海ドーの使い手・出階堂がジャパンたちの前に現れる。時生、ヒデ、そしてこまちまで吸収され、ピンチに陥ってしまう。だが、そこに益荒男が現れ...。

ジャパンたちは徳島県出身の陸上部・佐藤に頼まれて、野球部に奪われたグラウンドを懸けて勝負をすることに。野球部と試合で対決をすることになった都道府拳部だが、野球勝負では歯が立たず...。

冬の絶景を満喫しようと奥入瀬渓流へ向かうジャパンたち。だが、青森県入りした途端にジャパンのジモーラが失われてしまう。彼のジモーラを復活させようと、都道府拳部は青森県の良いところを挙げていく。

6頭のパンダを見るため、ジャパンたちは和歌山県を訪れる。ジャパンはパンダを通して和歌山県の素晴らしさを日本中に伝えようとする。しかし、彼が呼んだテレビ局のクルーは、益荒男の息がかかった者だった。

ジャパンとの圧倒的な体力差にがく然とする都道府拳メンバー。そこで彼らは、阿蘇山の登山道を自転車で駆け上がるクライムヒルバトルに参加することに。だが、またしてもそこに益荒男が介入してくる。

新たに総理大臣になったロボ首相が、日本を一つにしようと都道府県の廃止を決定する。その危機に、都道府拳部が立ち上がる。ジャパンは仲間たちと共に、それぞれの地元の魅力をロボ首相に伝えていく。