同窓会のために母校に集まったネズ（井上瑞稀）ら元6年2組の23人は、3日間監禁され、13人死亡すると言う大事件に巻き込まれた。監禁したのは、かつてのクラスメートの夢崎みきお（犬飼貴丈）。みきおの目的は、命の危機という極限状態で、人間の“善性”がどれだけ保てるのかを試すことだった。誰が誰を裏切り、誰が誰を殺すことになるのか…。復讐、いじめ、裏切り、暴露など、壮絶な予測不能な展開が待っていた！

監禁されたネズ（井上瑞稀）ら23人は、夢崎みきお（犬飼貴丈）の行う実験により、弱さと醜さを浮き彫りにされていく。最初の実験は、「毒の請け負いリレー」。毒を飲んだ仲間に解毒剤を渡すためには、別の人が代わりに毒を飲まなければならない。それを７回繰り返せば実験終了。お互いを信じ、２人が毒を飲んだが、次に指名された雨宮（大原優乃）は、過去にされたいじめについて謝ってくれないと毒を飲まないと言い始める。

“善”の本性を暴く実験「毒の請け負いリレー」が終わり、全員でカレーを食べていると、突然、相沢が吐血し死亡する。ネズ（井上瑞稀）たちは何者かの毒殺を疑うも、犯人は見つからない。最悪の空気の中で、ユーチューバーのしょーやんのカメラには、偶然にも山口（中村里帆）が毒を入れている姿が映っていた。夢崎みきお（犬飼貴丈）はみんなの手で山口を裁く「学級裁判」を提案するが、この裁判が、全員の狂気を加速させていく。

夢崎みきお（犬飼貴丈）は、ネズ（井上瑞稀）たちを3グループに分け、スタンフォード監獄実験を模した新たな実験を開始する。各グループ内で看守役と囚人役を決め、看守が囚人に対して与えた肉体的な痛みがポイントとして加算されるという実験。合計点数の一番低いグループの看守は殺されるが、全員が何もせず0点だった場合は実験が終了する。疑心暗鬼が進む中、再考の6年2組の信頼が試される、地獄のゲームが始まっていく。

弱さと醜さを浮き彫りにした実験も2日目。朝、みきお(犬飼貴丈)は坂本の死体を発見する。誰が坂本を殺したのか…みきおが個別に探りを入れると、秘密や嘘が明らかになっていく。その密告を受け、みきおは、全員を天使と罪人に分け、天使が罪人の中から1人ずつ助ける人を選ぶという実験を開始する。罪人側にいるネズ(井上瑞稀)は、無事選ばれるか…必要な人を選び、不要な人を切り捨てるという恐怖の実験が幕を開ける。

みきお（犬飼貴丈）が強いた「不必要な人」を選ぶ残酷な実験で、誰からも必要とされなかったしょーやん（新原泰佑）は壊れてしまう。自暴自棄になったしょーやんは、誰彼構わず襲いかかる。水野（矢花黎）や早乙女（菅生新樹）らがなんとか取り押さえるも、変わらずしょーやんへ歩み寄るネズ（井上瑞稀）。しかしネズの想いは届かず、しょーやんは隙をみて、背後からネズを襲う。この出来事が、最低最悪の展開へと繋がっていく。

恋人・未来（大原櫻子）を失い、憎しみにかられたネズ（井上瑞稀）は、みきお（犬飼貴丈）からこの実験は全てネズの善性を試すためにあると聞かされる。自分のために死んでいった仲間の数々…。狂気に苛まれたネズは、みきおに銃口を向けるが、どうしても撃てなかった。絶望感に襲われた全員に、みきおは次の実験を始めるという。３人の生徒に武器と権限を与えるこの実験が、心を蝕み、最悪の事態へと繋がっていくのだった。

みきお（犬飼貴丈）は、黒田（西村拓哉）・葉月（紺野彩夏）・長谷部（佐久本宝）にクラスメイトに強力な電流を流すことができるボタンを渡す。屈服させ、痛めつけることも可能な武器を前に、３人は再び“善性”を問われることになる…。ある人は、心を強く持ち、仲間のために自己を律し、ある人は権力を前に堕落し、暴力と支配の味を覚えていく。一方、ネズ（井上瑞稀）は、実験の隙を見て、みきおに会いに行く。

みきお（犬飼貴丈）の死体を見つけたネズ（井上瑞稀）。みきおは何者かに殺されていて、２丁の拳銃の行方も分からない。この中に、みきおを殺した犯人がいる。皆が動揺する中、雨宮（大原優乃）が突然、「未来（大原櫻子）がいない」と言い始める。急いで遺体を確認しに行くと、あるはずの場所に未来の遺体がない。さらに雨宮は「未来はまだ生きている」と言う。一方、石井（工藤遥）は黒い感情を抱え、悶々と過ごしていた。

未来（大原櫻子）を殺した犯人を探すため、クラスメイトに銃口を向けたネズ（井上瑞稀）。仲間たちを監禁し一人ずつ尋問を始めるが、未来を殺した犯人は見つからない。その様子を監視カメラ映像を通じて見ていたみきお（犬飼貴丈）の母・亜夜子（雛形あきこ）は、あるお願いを聞いてくれれば、未来を殺した犯人探しに協力すると提案する。全ての謎が明らかになる監禁事件の最終日、ネズのこの行動が巧妙に隠された闇を暴いていく。

警察やマスコミが学校を包囲する中、ネズ（井上瑞稀）は同級生の早乙女（菅生新樹）に銃口を向けていた。未来（大原櫻子）を殺したことを認める早乙女に、詰め寄るネズ。犯人を自分の手で殺す…ネズが復讐を果たそうとすると、思わぬ人物が声を上げる…。そんな中、画面越しに一同を見守っていたみきお（犬飼貴丈）の母・亜夜子（雛形あきこ）が動き出す。ついに52時間に及ぶ少年犯罪史上最悪の事件が終息へと向かっていく。

ネズ（井上瑞稀）が復讐を果たすために発砲した相手は、みきお（犬飼貴丈）の母・亜夜子（雛形あきこ）だった。全てはこの実験が原因で、その元凶はみきおの母。倒れこむ亜夜子に、ネズはみきおが教えてくれた今回の実験の意図とテーマを語りだす。クラスメイトたちは、この理不尽な実験の理由に驚愕する。息も絶え絶えの亜夜子に再び銃口を向けるネズ。ついに52時間に及ぶ残酷な“同窓会”が幕を閉じようとしていたが…。