ニューヨークで掘り出し物の古本を商う男がバージニア出身の図書館司書に出会い、恋に落ち、結婚して子供が生まれる。それがきっかけで想像もしていなかった出来事が次々と起こる。

初めての子育てでエマとアポロはくたびれ切っている。さらに悪い事にエマには奇妙なメールが届き始める。

エマは信じられないような行動に出る。その後、アポロはついに貴重な本をどうするか決めるのだった。

アポロとパトリスは本をウィリアム・ウィーラーに売る。ウィリアムはアポロに驚きの事実を告げる。

謎の女の不吉な言葉が尾を引いていた。アポロはついに真の敵を知る。

ノース・ブラザー島でカルと賢い者たちに会ったエマは手掛かりをつなぎ合わせ、ある場所を特定する。

リリアンは、ある過去の暗い一夜と向き合い、息子のアポロへのメッセージを録音する。

シーズン最終話。キンダー・ガーテンの怒りは島中にとどろき、カル、アポロと島の人々は暗闇の中を逃げる。