でかい夢をガッチャすることを目指す前向きな高校生・宝太郎（本島純政）。母・珠美（南野陽子）が一人で切り盛りする食堂を手伝う親孝行な好青年だが、肝心の夢が見つからず、教師のミナト（熊木陸斗）に「真面目に考えろ」とたしなめられる。 そんな宝太郎を「夢ばかり見てるポエムな人」と授業中にバカにしたクラスメートのりんね（松本麗世）に怒った宝太郎は、一言文句を言ってやろうと、帰宅するりんねを追いかける。しかし、りんねは何もない建物の壁に向かって何やら呪文を唱えると、突如出現したドアを開けて中へと入って行ってしまった。 眼の前の不思議な出来事に唖然とする宝太郎。その背後の建物の中へ誘われるように入っていくと、「ホッパー！」と可愛い声で鳴くバッタ（声・福圓美里）と出会う。 自分に懐いているようなバッタに何か不思議な力を感じる宝太郎。そこへりんねがやってきた。あわててバッタをバッグの中へ隠したが、今度はSL（声・檜山修之）が「スチーム！」と声を上げながら猛然と近づいてきた。 りんねは驚く宝太郎に「逃げて」と言うと、指輪を付け替え錬金術師の姿に“変身”。呪文を唱えSLを止めようとする。しかしSLの暴走は止まらず、宝太郎はなんとかりんねを守るが、自分はバッタとともにSLによって異次元へと連れ去られてしまう。 見たこともない世界にはたくさんの光り輝くカードが。目を輝かす宝太郎に「感じるか、ケミーの魂を」と声をかける男（石丸幹二）が現れた。男は、ここに来たということはバッタのホッパー1とSLのスチームライナーに認められたからだと、宝太郎にドライバーを託す。 が、そこへ黒装束の3人の女が出現。宝太郎らに攻撃を仕掛けてきた。男は身を挺して攻撃を食い止めると、宝太郎に「お前の字あざなは仮面ライダーだ」と告げ、未来を託したと言い残し消滅していく。 ドライバーを手に現実の世界へと戻った宝太郎だったが、空が割れてケミーが一斉に飛び出し街はパニックに。さらに女たちも現れ、宝太郎が手にしたドライバーを奪おうとする。そしてその中の一人、クロトー（宮原華音）はカマキリのケミーと合体。マンティスマルガムへと変貌してしまった。 ドライバーを狙うマンティスマルガムの前で敢然と立ち上がった宝太郎はドライバーを装着。2枚のカードを装填し、仮面ライダーガッチャードスチームホッパーワイルドに変身する。バッタの姿をしたワイルドは動きが制御できず追い詰められるが、ドライバーをプッシュして人型のガッチャードスチームホッパーにチェンジ！ マンティスマルガムを圧倒しライダーキックでマルガムからカマンティスを分離するとカードに召喚する。変身を解除した宝太郎はホッパー1、スチームライナー、そしてカマンティスのカードを手に大喜び。そんな宝太郎の前に現れたミナト先生も、なんと指輪を付け替えると、りんねのような錬金服姿となった。 驚く宝太郎を前にミナトは冷静に語りかける。 「人とケミーによる多重錬成。120年ぶりかな」

ミナト（熊木陸斗）の正体は錬金術師であり、錬金アカデミーの指導教員だった。錬金アカデミーとは錬金術を学ぶ学校。りんね（松本麗世）もそこに通う生徒だという。 ケミーのことがもっと知りたいという宝太郎（本島純政）に、ミナトは「錬金術師になれ」と提案すると宝太郎を錬金アカデミーの教室へ。そして錬金術師になるためのテストを受けろと告げる。 そのテストを前にりんねは、改めて宝太郎にガッチャードライバーを手に入れた経緯を確認。宝太郎にドライバーを託した男は錬金アカデミーで管理していた101体のケミーを盗んで姿を消した裏切り者だと非難する。が、その“裏切り者”の男こそ、りんねの実の父・風雅（石丸幹二）だった…。 ケミーのカードはそれぞれに重量があり重さが違うのだが、オドリッパのカードとカマンティスのカードの重さを変化させ、釣り合いが取れるようにせよ。それが宝太郎に出題された錬金アカデミー入学試験の問題だった。 母・珠美（南野陽子）にも励まされ、カードの重さを変化させる方法を必死に考える宝太郎。りんねはそんな宝太郎に錬金術とは無から有を、死から生を生み出す術であること。ケミーは世の秩序を乱し、人の悪意に取り憑くとマルガムという怪物になること。だからりんねら錬金術師の一族はケミーをカードに封印してきたと説明する。 強盗犯の須藤（榎木智一）の悪意と結びついたスケボーマルガムが現れた。ホッパー1に導かれ、宝太郎はりんねとともに現場に急行。ただ楽しく走りたいだけというケミーのスケボーズの心を歪めるのは許せない、とガッチャードに変身。オドリッパとかマンティスのカードでオドリマンティスワイルドにチェンジするとスケボーマルガムを圧倒する。 スケボーで逃走するスケボーマルガムを、ガッチャードはミナトが乗ってきたゴルドダッシュを借りて追跡。スチームホッパーワイルドからスチームホッパーにチェンジし、ライダーキックでスケボーズの分離に成功、カードに封印する。 入学試験は宝太郎がオドリッパにダイエットを、カマンティスに太るように頼みこんだおかげで重量をあわせることに成功。本来のやり方ではないが、と言ったもののミナトは合格を出すと宝太郎に指輪を贈る。目指す進路が決まり、喜んで飛び出していく宝太郎を、アカデミーの生徒・蓮華（安倍乙）と錆丸（富園力也）は怪訝な表情で見送って…。 錬金術師になったら全てのケミーと仲間になって自由に生きる、と目を輝かす宝太郎に、りんねはポエムなヤツと言いつつ思わず笑顔に。 錬金術師を目指し、新たなスタートを切った宝太郎と、改めて同級生となったりんね。そんな二人を遠くから見つめる一人の男がいた。 「錬金術もどきが仮面ライダーだと。笑えないジョークだ」 武器を手に冷たく言い放つ謎の男の正体とは？

ガッチャが見つかり大はしゃぎの宝太郎（本島純政）は、クラスメートとなる蓮華（安倍乙）、錆丸（富園力也）と挨拶。ミナト先生（熊木陸斗）らが回収したケミーとも仲間になりたい、とおねだりすると「かなり気難しい」アッパレブシドーのカードを手に入れる。 茸本（小笠原覚）の悪意がケミーのヴェノムダケを吸収、マルガムが出現した。胞子を噴出して人々を笑い苦しませるマルガムを前に、宝太郎はさっそくアッパレブシドーのカードで変身しようとするが、刀が飛び出し宝太郎を翻弄。やむなくガッチャードスチームホッパーに変身したが、毒液をくらい変身を解除。そのまま意識を失ってしまう。 ミナトとりんね（松本麗世）に助けられた宝太郎は、ケミーのことをなんでもわかっている気になっていた自分を反省。剣道場で木刀を手にアッパレブシドーの心に寄り添おうとする。そこへ宝太郎らを密かに見守っていた男（藤林泰也）が現れた。 錬金術師の指輪をはめた男は、マルガムに倒された宝太郎を厳しく非難するとドライバーを渡せと要求。宝太郎が「人とケミーが一緒に自由に生きられる未来が見たい」と拒否すると、木刀を手に襲いかかってきた。そんな宝太郎を守ろうとホッパー1が飛び出すが、ケミーを道具だと言い放つ男はホッパー1にも木刀で襲いかかる。 ケミーは道具なんかじゃない！宝太郎は身を挺してホッパー1を庇うと必死に反撃。そんな宝太郎にアッパレブシドーが「あっぱれ！」と反応した。ケミーを守る宝太郎にアッパレブシドーも反応したらしい。そんな宝太郎とケミーの関係に、男は「笑えないジョークだ」と呆れて去っていく。 ヴェノムダケを取り込んだマルガムが再び現れた。攻撃を跳ね返すマルガムにりんねやミナトも大苦戦。そこへ現れた宝太郎はアッパレブシドーとスケボーズのカードでガッチャードアッパレスケボーに変身。毒液や胞子の攻撃を巧みに避けるとキノコのカサを破壊、一気にマルガムを撃破しヴェノムダケのケミーをカードに封印する。 勝利を喜ぶ宝太郎らだったが、その時りんねを密かに付け回していた狩谷（久獅）が、ケミーのディープマリナーを取り込んだマルガムとなって現れた。宝太郎は再び変身を試みるが、液状化した地面に足を取られ動くことができない。りんねも同様に足を取られ、マルガムに襲われそうになる。 そんなマルガムの前に宝太郎と対立した男、錬金術師の黒鋼スパナが現れた。スパナはマッドウィールのカードをヴァルバラッシャーに装填、バトルモードへ変貌すると、目を見張る宝太郎らの前で言い放つ！ 「美学なき者は、このヴァルバラドが消し去る」

宝太郎（本島純政）らの目の前でヴァルバラドはゲキオコプターカードでフォームチェンジ、サブマリンマルガムを撃破すると、ケミーのディープマリナーを分離しカードに封印する。そんなスパナ（藤林泰也）が宝太郎らの教室にやってきた。ミナト（熊木陸斗）によるとスパナは上層部から派遣された超A級錬金術師だという。 ケミーを捜索する宝太郎とりんね（松本麗世）の前に冥黒の三姉妹が現れた。ガッチャードライバーを狙う理由を聞かれたアトロポス（沖田絃乃）は、ケミーの力を正しく、いい形で導くためだと説明。しかし、三姉妹の手に渡れば世界は滅ぶという風雅（石丸幹二）の言葉を思い出した宝太郎は激しく対立。そんな宝太郎を前にラケシス（坂巻有紗）はアントルーパーを吸収しマルガムに変貌する。 宝太郎もガッチャードスチームホッパーに変身、が、次の瞬間、巨大な異空間へ飛ばされマルガムの強烈な酸による攻撃を受ける。アリの巣のような迷路を逃げるガッチャードとりんねだったが、酸を浴びたガッチャードは変身解除に追い込まれる。 ラケシスは勝ち誇ったように窮地に追い込まれたりんねを「裏切り者の娘さん」と嘲笑。りんねは宝太郎にガッチャードライバーを託した風雅の娘だった。驚く宝太郎の前で父親の消息を聞くりんねだったが、ラケシスは自分たちが亡き者にしたと言い放つ。 マルガムの攻撃からなんとか逃げた宝太郎とりんねだったが、自分やアカデミーを裏切ったこと非難しようと思っていた父を失ったショックに立ち上がれない。自分にとって錬金術は使命、やりたいことなどない、と自暴自棄になるりんねに、宝太郎は店の手伝いが使命だと励ます。母の笑顔を見るために戻らなきゃ、と言う宝太郎にりんねも父がまだ生きている気がすると希望を取り戻す。 再び現れたマルガムを前に宝太郎はサスケマルとエナジールのカードでガッチャードエナジーマルワイルドに変身。さらにりんねからディープマリナーのカードを受け取ると、ガッチャードヴェノムマリナーにチェンジする。ラケシスが変貌したマルガムはりんねを人質にガッチャードライバーを要求。しかし、宝太郎はエナジールの力を借りて反撃に成功すると、アッパレスケボーに変身。マルガムからアントルーパーを分離しカードに封印する。 迷路から脱出、逃走する途中で危機に陥る宝太郎とりんねだったが、スパナの機転で無事に帰還できた。が、スパナはりんねにのみ優しい言葉をかけて去っていく。 いつものように店を手伝う宝太郎のもとにりんねがやってきた。張り切って得意の創作料理を振る舞う宝太郎。が、食べたりんねの反応は「微妙」。がっかりした宝太郎は思わず「ノーガッチャ」と天を仰いで…。

蓮華（安倍乙）と錆丸（富園力也）が大量のケミーをゲットした聞き、宝太郎（本島純政）は大興奮。ぜひその秘訣を教えてほしい、という宝太郎に気分を良くした蓮華らは宝太郎とりんね（松本麗世）を連れてプロレスのジムへとやってくる。 間違いなくケミーはいる、という蓮華の言葉を信じ、ジムのオーナー旭（町田政則）に話を聞こうとすると、ジムの土地を狙う地上げ屋の男たちが現れた。一般人相手に錬金術は使えない。宝太郎らが手をこまねいていたその時、レスラー人形に取り憑いたケミーのレスラーGが男たちを攻撃する。 驚く宝太郎らに旭は、レスラーG人形は自分のタッグパートナー、個性が違う二人が相手を信じて魂を響き合わせることで力は3にも4にもなる、と喜々として語る。そんな旭の言葉に心揺すぶられた宝太郎はゲンゲンチョウチョとバレットバーンのカードで拳銃型のガッチャードバレットバーンワイルドに変身。なんとか男たちを追い払う。 ホッとしたのもつかの間、今度は元プロレスラーの剛力（納谷幸男）が現れ、ゴリラマルガムに変貌した。宝太郎はガッチャードスチームホッパーに変身、しかしゴリラマルガムは必殺技の風車式バックブリーカーでガッチャードを追い込んでいく。が、そこへヴァルバラドが現れゴリラマグナムを撃退、宝太郎はなんとか救われる。 ケミーを回収しようとするスパナ（藤林泰也）からレスラーGを守った宝太郎らは、旭のプロレスへの情熱に心打たれジムをなんとか守りたいと思うように。しかし、剛力に対抗するには風車式バックブリーカーを破らなければならない…。と、その時、レスラーGが旭に憑依、旭は現役時代のレスラーに変貌してしまった。 悪意とは違う善意の力と結びつくケミーいるとは！ケミーの新たな可能性に感動した宝太郎は、レスラーGを取り込んだ旭と風車式バックブリーカーを破るためのプロレス特訓を開始する。 剛力が再びジムに現れた。剛力はすぐさまゴリラマグナムに変貌、宝太郎が待つリングへ上がる。宝太郎はレスラーGとアントルーパーのカードでガッチャードアントレスラーに変身、時間無制限の一本勝負が開始される。 特訓の成果で五分の戦いを展開するガッチャード。そして風車式バックブリーカーもみごとに回避、一気にゴリラマグナムを追い込む。さらにレスラーGはガッチャードライバーから離れると旭に憑依。レスラーとなった旭はガッチャードとのツープラトン攻撃でゴリラマグナムを撃破。ケミーのゴリラセンセイの封印に成功する。 剛力は記憶を消され逮捕、旭も自らの記憶を消されレスラーGとの別れを潔く受け入れる。ゼロからやり直すという旭を追いかけようとするレスラーGをあえて突き放す旭。宝太郎らはレスラーGの悲しげな叫びを聞きながら、旭の切ない後ろ姿を見送っていた。

スパナ（藤林泰也）をつけ狙う謎の男が現れた。男はスパナの前で怒りを露わにすると、なんとホークマルガムに変貌。スパナはヴァルバラドとなり、偶然その場に居合わせた宝太郎（本島純政）もガッチャードに変身するが、ホークマルガムは「今は見逃してやる」と空高く去っていく。 ミナト（熊木陸斗）によると、男は鉛崎ボルト（天羽尚吾）という錬金術師。かつてスパナと超A級錬金術師の座を争い、自信満々で最終試験に臨んだものの、あっさりスパナに敗れ、以来スパナに対して深い恨みを抱くようになったらしい。 そのボルトがりんね（松本麗世）をスパナの恋人であると勘違い。スパナを誘い出そうとホークマルガムとなってりんねをさらって行ってしまった。宝太郎はゴルドダッシュでホークマルガムを追跡、スパナもバイクで後を追う。 りんねを人質にスパナに土下座を要求するホークマルガムだったが、スパナは意に介さずヴァルバラドとなって攻撃。しかし、ホークマルガムは飛び立つと、上空で捕まえていたりんねの手を離してしまう。 落下するりんねを見た宝太郎はバーニングネロとゴリラセンセイのカードでガッチャードバーニングゴリラに変身。空中でりんねをキャッチする。 ヴァルバラドはゲキオコプターカスタムにチェンジするが、ホークマルガムの飛行能力に及ばず攻撃することができない。それを見たガッチャードはホッパーワイルドにチェンジして大ジャンプ。さらにスチームホッパーにチェンジし、ヴァルバラドの踏み台となる。 ガッチャードのサポートを受けたヴァルバラドはホークマルガムに追いつくと、強烈な一撃でホークを撃破。ガッチャードはケミーのホークスターを回収する。 力を合わせてマルガムを倒した宝太郎はスパナに握手を求めるが、当のスパナは塩対応でスルー。宝太郎はそんなスパナをすごい錬金術師と認めつつも、必ず超えてやると決意を新たにする。 またもマルガムを倒された冥黒の三姉妹だったが、長女のアトロポス（沖田絃乃）は、不気味なセリフを口にする。 「僕は計画を次の段階に進める準備を始めるよ。奴らの弱点はよく知っているから」 宝太郎らを見つめるアトロポスの目が赤く染まっていき…！

ガッチャードスマホタルワイルドに変身、新たなケミー、メカニッカニをガッチャした宝太郎（本島純政）らの前に、サボニードルを引き取って欲しいと理玖（正垣湊都）という少年がやってきた。一般人とケミーが一緒にいることはできない。りんね（松本麗世）らは快諾するとサボニードルを封印するが、どこか寂しげなサボニードルの姿に宝太郎は納得できない。 理玖も本当はサボニードルと一緒にいたいのではないか？宝太郎は理玖の真意を聞き出そうとするが、当の理玖は勉強を頑張っていい学校に入ると父と約束したから友達などいらない、とにべもない。そんな理玖の言葉にカードの中のサボニードルも悲しそうだ。 そんな宝太郎と理玖が突如何者かの攻撃を受けた。理玖を狙うマルガムの仕業か？宝太郎はガッチャードに変身。どこから飛んでくるのかわからないトゲのようなものを弾き飛ばすが、マルガムの姿を見つけることができず逃げるしかない。 暗黒の扉を開くことを目的としている冥黒の三姉妹は、なぜ人間をマルガムに変えているのか？アカデミーで冥黒の三姉妹について分析していたスパナ（藤林泰也）。そこへ助けを求める宝太郎からの電話が錆丸（富園力也）にかかってきた。声が小さく会話にならない錆丸から電話を奪いとったスパナは、宝太郎が伝えた特徴から敵が安定飛行が得意なグレイトンボのマルガムだという錆丸の分析を伝達する。 そのころ蓮華（安倍乙）とカフェに立ち寄ったりんねは、注文を蓮華に任せ一人席に座っていると「りんねちゃん。遊ぼ」と声をかけられる。ふと見ると、いつのまにか背後にアトロポス（沖田絃乃）が。りんねに接近するアトロポスの狙いとは？ スパナの助言で敵が空にいることを確信した宝太郎は、再びガッチャードスチームホッパーに変身。しかし、空中のドラゴンフライマルガムに届かず、空を飛ぶならとホークスターとサボニードルをガッチャンコ。ニードルホークにチェンジする。 ガッチャードニードルホークはドラゴンフライマルガムと激しい空中戦を展開するが、突然サボニードルがカードからドライバーから飛び出してしまった。そのまま変身を解除してしまった宝太郎はなすすべもなく空中から落下していき…！

ドライバーからサボニードルが脱出、変身を解除し空から落下していく宝太郎（本島純政）は、とっさにガッチャードスパイクホエールワイルドにチェンジ。なんとか無事に着地すると理玖（正垣湊都）を連れて逃走する。 一方、りんね（松本麗世）の前に現れたアトロポス（沖田絃乃）は、父・風雅（石丸幹二）の話を持ち出しりんねを動揺させる。「攻撃するなら錬金術師だけにして」と一般人を守ろうとするりんねに、アトロポスは「今の言葉、忘れないでね」と消えていく。 難を逃れた宝太郎は理玖から本当はサボニードルと友達だったと聞かされる。しかし、勉強の邪魔になることを心配した父・堅二（内藤聖羽）にサボニードルを見つけられてしまい、仕方なく宝太郎らに引き取ってもらおうとしたらしい。 そんな理玖のために宝太郎はスマホーンを使ってサボニードルを捜索。理玖がサボニードルと初めて出会った公園でサボニードルを発見する。「ぼく、サボ助と一緒にいたいよ」と本音を吐露する理玖に「俺に任せとけ」と胸を張る宝太郎。しかし、そこへ堅二が現れた。 父に謝りながらもサボニードルと一緒にいたいと訴える理玖を、宝太郎も援護。しかし、サボニードルも宝太郎も理玖の将来に悪影響を及ぼす、と怒る堅二はドラゴンフライマルガムに変貌してしまう。 マルガムの狙いは理玖ではなく自分だったのか！宝太郎は堅二の父親としての気持ちも理解しつつも理玖のサボニードルを友達と思う気持ちも大切にしなければ、と訴えつつ、ガッチャードスチームホッパーに変身！ドラゴンフライマルガムに戦いを挑む。 しかし、マルガムを援護しようと現れたラケシス（坂巻有紗）がクローバーマルガムに変貌。弦のように伸びたクローバーでガッチャードの動きを封じてしまう。動けなくなったガッチャードはピンチに陥るが、ヴァルバラドが助太刀に入ると、りんねから受け取ったスパナのガッツショベルとりんねのドッキリマジーンのカードでドッキリショベルにチェンジ。クローバーを断ち切る。 空を飛ぶドラゴンフライマルガムの目を回し落下させたガッチャードは、サボニードルをカードに封印。ケミーライザーにカードを装填しトゲで攻撃すると、ニードルホークにチェンジし一気にドラゴンフライマルガムを撃破！グレイトンボをカードに封印する。 父親の姿に戻った堅二は理玖に詫びると、理玖も父と和解。一方で宝太郎はミナト（熊木陸斗）からケミーと理玖を無理やり引き合わせたことで親子の仲が引き裂かれた、と厳しく注意される。 成績は減点となってしまった宝太郎だが、ケミーを回収できたことはプラスの評価に。笑顔を取り戻した宝太郎は、父と和解した理玖たちとにぎやかに缶蹴りを始めるのだった。 そのころアトロポスはマルガムを倒されて悔しがるクロトー（宮原華音）とラケシスを慰めるかのように不気味な言葉を口にする。 「収穫は大いにあった。次の仕込みも終わってるしね…」

富良洲高校が修学旅行で京都へ。宝太郎（本島純政）とりんね（松本麗世）は加治木（加部亜門）とグループを組むと、加治木の提案で京都の異界を研修テーマにチョイス。UFOが目撃されたという神社を訪れる。 そのころ、冥黒の三姉妹はガッチャードに倒されたマルガムのかけらを集めて怪しげな実験を行っていた。その一方でクロトー（宮原華音）は“レベルナンバー10”を捕獲するため京都へ。偶然、宝太郎らを見かけたクロトーは、警察の護送車を襲撃。二人の凶悪犯のうちの一人、矢吹（福地教光）をジャングルマルガムへと変貌させる。 聖（木下彩音）という女性と出会った加治木は、偶然にも愛読する超常現象雑誌に投稿が掲載されていたことで意気投合。UFO探しを後回しに彼女が働いているという太秦映画村へとやってくる。 加治木と聖は運命の出会い、つまりは最高のガッチャかも！呆れるりんねをよそに宝太郎も加治木を応援。なんとか映画村で聖との再会に成功した加治木は、聖の仕事が終わったあとに渡月橋で会う約束を取り付ける。 ミナト（熊木陸斗）が宝太郎らにクロトーが京都に現れたことを伝えてきた。警戒する宝太郎らだったが、肝心のケミーを東京の錆丸（富園力也）に預けてきてしまった。宝太郎は錆丸に連絡を入れると、蓮華（安倍乙）と錆丸はケミーを手にゴルドダッシュで京都へ急ぐ。 再び聖と話す機会を得て胸ときめかす加治木。聖はそんな加治木に幼いころに兄に亡き両親の墓に連れて行ってもらい、偶然人魂を見たことで異世界に興味を持つようになったという。が、その聖はスマホのメッセージを見た途端、急用ができたと去ってしまった。 ミナトがクロトーと遭遇した。錬金術で戦うも苦戦するミナトのもとへ、宝太郎とりんねも駆けつけた。そこへ矢吹が現れると巨大なジャングルマルガムに変貌。宝太郎はりんねの持っていたレンキングロボ、ヤミバットのカードで巨大なガッチャードバットキングロボに変身。京都で激しくぶつかり合う。 聖の異変に不審を覚えた加治木はこっそりと聖を尾行。すると聖は待ち受ける一人の男に抱きついた。まさか聖の…？ 唖然とする加治木だったが、男の左腕には壊れた手錠がぶら下がっており…。 苦戦するガッチャードは空中からジャングルマルガムを攻撃。が、エネルギー切れか変身を解除してしまう。等身大に戻ったジャングルマルガムに襲われる宝太郎だったが、そこへ蓮華らが到着。宝太郎はカードをゲットする。 「会いたかったよ、スチームライナー！」と喜ぶ宝太郎は、ホッパー1とスチームライナーのカードでガッチャードスチームホッパーに変身！反撃が始まった！

ゴルドダッシュで修学旅行先の京都に駆けつけた蓮華（安倍乙）と錆丸（富園力也）のサポートで、宝太郎（本島純政）はガッチャードに変身。ゴルドメカニッカーにチェンジしジャングルマルガムを撃破するとジャングルジャンを分離、カードに封印する。 その京都で加治木（加部亜門）が偶然出会い、思いを寄せていた聖（木下彩音）に恋人がいた！嘆き悲しむ加治木だったが、実は恋人と思われた男はクロトー（宮原華音）によって逃走した連続放火の容疑者、しかも聖の恋人ではなく兄の剣（守山龍之介）だった。 剣がマルガムに変貌する可能性がある。宝太郎とミナト（熊木陸斗）は加治木をりんね（松本麗世）に任せ、兄妹の行方を追う。 そのころ兄・剣との再会を喜んでいた聖だったが、剣は両親を亡くしてから妹を守るためずっといい兄を演じていたストレスに悩んでいたと告白。聖の存在が邪魔だと言い放つとバッテリーマルガムに変貌、聖の周囲に火を放つ。 そこへ駆けつけた宝太郎はガッチャードに変身し聖を救出。炎とバッテリーマルガムの放電に苦しめられるが、ヒーケスローズにチェンジし消火に成功。剣とライデンジの分離に成功する。 そのままカードに封印しようとしたガッチャードだったが、ライデンジは兄に裏切られた怒りを悪意に変えた聖の中へ。今度は聖がバッテリーマルガムに変貌し剣を攻撃する。 剣を庇いバッテリーマルガムの放電を浴び続けるガッチャード。聖が元の心を取り戻すまで攻撃せず、必死に耐えるが徐々に限界が近づいてくる。聖の怒りをおさめるには加治木しかいない。ガッチャードは加治木に聖を説得するよう呼びかける。 ガッチャードの言葉に立ち上がった加治木は、マルガムの怒りの放電を必死にくぐり抜け、兄との思い出やお化け屋敷が好きだという素直な心まで捨てるなと呼びかける。そんな加治木の言葉にバッテリーマルガムの放電が弱まると、りんねは錬金術で刀を集め放電を吸収。サポートを受けたガッチャードは聖からライデンジを分離し、ようやくカードに封印する。 拘束された剣は聖と和解。加治木も聖と改めて語り合おうとすると、空にUFOが！噂は本当だったと喜び合うが、掟によって二人の記憶は消去。加治木と聖は出会う他人同士に戻ると、別々の方向へと去っていく。 マルガムもUFOも聖の記憶もなくしてしまった加治木。宝太郎は掟とはいえ切ない思いを噛みしめるが、なんと加治木は聖と再会、運命の出会いをやり直すことに！飛び出そうとするホッパー１を押し留めながら宝太郎とりんねは二人の“再会”を笑顔で祝福していた。

京都での修学旅行も終わり、りんね（松本麗世）や蓮華（安倍乙）、錆丸（富園力也）とケミー探しを再開した宝太郎（本島純政）。4人は大量のケミーをガッチャ、さらに宝太郎はガッチャードに変身してスパイダーマルガムを撃破し、キャッチュラもカードに封印する。 錆丸はレベルナンバー10のケミー、UFO-Xを呼び寄せる装置サビーライザーを制作。錆丸によると、レベルナンバー10は各属性における最強のケミー、ケタ外れのパワーを持つ特別な存在だという。 そんな宝太郎らの錬金アカデミーに釘宮リヒト（本宮泰風）と針馬汐里（吉良彩花）という錬金連合からの調査官がやってきた。組織内に冥黒の三姉妹のスパイが紛れ込んでいる可能性があり、その調査にやってきたらしい。 が、釘宮は宝太郎を見るなり、ケミーの扱い方やライダーとしての資質を激しく非難。ドライバーの剥奪を命じる。これにはりんねらはもちろんミナト（熊木陸斗）やスパナ（藤林泰也）も反発。互いに睨み合いとなるが、その時警報が響き渡った。 冥黒の三姉妹が富良洲高校に侵入した。宝太郎らは手分けして校内の捜索を開始する。そんなりんねの前にアトロポス（沖田絃乃）が現れた。以前、りんねが口にした「攻撃するなら錬金術師だけに」という言葉を実践するというアトロポス。ヴァルバラドの攻撃を巧みにかわして姿を消すが、「これから起こることとは全て、君のせいだよ」とりんねに囁く。 UFO-Xが上空に現れた。レベルナンバー10の支配は禁じられているが、錆丸は宝太郎なら仲間になれるかも、と期待。その言葉に嬉々とする宝太郎はガッチャしようとするが、倒したはずのスパイダーマルガムの攻撃を受けてしまう。 キャッチュラのカードもなくなっていることを確認した宝太郎はガッチャードに変身。UFO-Xを狙うスパイダーマルガムに戦いを挑む。ガッチャードはライトニングジャングルにチェンジ、UFO-Xを守りつつスパイダーマルガムに立ち向かう。 UFO-Xからの攻撃に一瞬スキを見せたスパイダーマルガムにガッチャードの必殺技が炸裂。キャッチェラを再びガッチャ、カードに封印する。それにしてもなぜキャッチェラが…？ 首をかしげる宝太郎の前に「私が盗んだのよ」と、調査官の針馬が姿を現した。針馬は取り出したリング状のアイテムに手を差し込むと、その手がなんと宝太郎が手にするキャッチェラのカードを奪い取ってしまった！宝太郎と錆丸はただただ驚くしかなく…！

冥黒の三姉妹のスパイは、調査官の針馬汐里（吉良彩花）だった。暗黒の扉を開き、世界に変革をもたらすと、冥黒の三姉妹を崇拝する針馬は禁じられた錬金術を駆使して宝太郎（本島純政）らを翻弄。しかし現れた冥黒の三姉妹、アトロポス（沖田絃乃）によって消滅してしまう。 仲間の命を簡単に消してしまうとは！怒りを露わにする宝太郎にアトロポスは「それだよ、君たちの弱点は」と言い放つと、クロトー（宮原華音）とラケシス（坂巻有紗）が襲いかかり錆丸（富園力也）を人質にとってしまう。 クロトーは錆丸に謎のドライバーを無理やり装着させ、カードを握らせると、錆丸はアトロポスに操られるままカードをドライバーに挿入。漆黒の仮面ライダー、ドレッドに変身してしまう。 錆丸の意思を失い、暴走するドレッドにスパナ（藤林泰也）はヴァルバラドとなって立ち向かうが、あっさりと攻撃を跳ね返され強烈なキックを浴びると変身を解除。スパナは意識を失ってしまう。 あのスパナが…！動揺する宝太郎だったが、錆丸を必ず救うとガッチャードに変身。様々なカードを駆使してフォームチェンジを繰り返しドレッドに襲いかかる。 しかし、ドレッドも錬金アカデミーから奪ったカードをコピーしたレプリケミーカードを使い、ガッチャードの攻撃に対応。錆丸のケミーに関する知識を巧みに利用したドレッドの戦いにガッチャードも次第に追い詰められていく。 ガッチャードは冥黒の三姉妹とドレッドの攻撃にさらされるりんね（松本麗世）ら仲間たちを救おうと、怒りの一撃をドレッドに浴びせようとするが、一瞬ドレッドの仮面が裂けると中から涙する錆丸の顔が！攻撃をためらったガッチャードはドレッドの強烈な反撃を受け変身を解除してしまう。 一方的に攻撃を受け続ける宝太郎だったが、「錆丸先輩！」と組み付くとドレッドも葛藤。そこへ突如まばゆい光が現れ、宝太郎が手を伸ばすと純白の剣を手にする。この剣は…エクスガッチャリバーだ！ 剣を手に反撃に転じると同時に宝太郎はガッチャードに変身、さすがのドレッドもガッチャードの一撃に勢いを止められる。そのスキをつき、ミナト（熊木陸斗）は錬金術で全員と逃走。その去り際、宝太郎は消えていくUFO-Xに感謝の言葉を口にする。 なんとか無事にアカデミーに帰還した宝太郎らだったが、初めて死を意識するほどの敗北感に言葉も出ない。それでも諦めないという宝太郎は、みんなの笑顔を取り戻すため錆丸を救出すると決意を口にするのだった…。

冥黒の三姉妹に捕らわれ、暗黒の破壊者・仮面ライダードレッドに変身させられる錆丸（富園力也）をどうすれば救うことができるのか？UFO-Xがくれたエクスガッチャリバーの使い方がわかれば…。思い悩む宝太郎（本島純政）の前に、「UFOの目撃状報が増えている」と加治木（加部亜門）が嬉々として現れた。 UFOが急増？ もしかしたら以前に錆丸がサビーライザーで呼びかけたからでは？ 宝太郎はエクスガッチャリバーの正しい使い方をUFO-Xから直接教えてもらおうと、UFO-Xを呼び出すことを提案。りんね（松本麗世）と蓮華（安倍乙）も賛同する。 ガッチャ！ようやく前向きになれた宝太郎らだったが、再び冥黒の三姉妹が錆丸を連れて富良洲高校に現れた。錆丸は体力が限界となりながらも、アトロポス（沖田絃乃）に操られドレッドに変身。偶然やってきた加治木が襲われそうになるが、スパナ（藤林泰也）が阻止。スパナはヴァルバラドとなってドレッドに立ち向かう。 ヴァルバラドは動きが鈍いドレッドを圧倒。止めを刺そうとするが、錆丸を守ろうとするミナト（熊木陸斗）が立ちはだかる。それでも錆丸の救出は不可能と言い切るヴァルバラドだったが、ミナトは「一ノ瀬たちを信じる！」と必死に説得。さすがのヴァルバラドも攻撃の手を緩める。 そのころ宝太郎らは校舎の屋上で必死にUFO-Xに呼びかけていた。 「君の力が必要なんだ！」 「もう一度、私たちに力を！」 そんな願いが通じたのか、突如まばゆい光とともにUFO-Xが出現。宝太郎を連れ去ってしまう。 かつて風雅（石丸幹二）からガッチャードライバーを受け取った場所に連れてこられた宝太郎は、UFO-Xからエクスガッチャリバーの正しい使い方を伝授される。 UFO-Xをカードに封印した宝太郎は戦いの場へ戻ると、エクスガッチャリバーを変形させガッチャードライバーに装着。UFO-Xのカードを挿入しスーパーガッチャードクロスUFO-Xに変身する。 クロスUFO-Xはドレッドと錆丸の分離に成功。そのまま強烈なキックでドレッドを破壊する。クロスUFO-Xのパワーに驚愕するクロトー（宮原華音）とラケシス（坂巻有紗）だったが、アトロポスは「データは十分に手に入った」とドレッドライバーを回収し去っていく。 レベルナンバー10のUFO-Xとも心を通じ合わせ、錆丸を救った宝太郎。ミナトはそんな宝太郎に大物錬金術師となる可能性を見出し、りんねや蓮華、そして宝太郎と錆丸の帰還を喜びあうのだった。

クリスマスの飾り付けに忙しい宝太郎（本島純政）のもとへ、思い詰めた表情のりんね（松本麗世）がやってきた。錆丸が冥黒の三姉妹に捕らえられドレッドに変身させられたのも自分のせいではないか。悩みを打ち明けるりんねに宝太郎は「九堂のせいじゃない」ときっぱり否定し元気づける。 そのとき「レーーックス！」という咆哮が響いてきた。どうやらレベル10のケミー、エックスレックスが近くにいるらしい。捜索を開始しようとする宝太郎らの前に爽（山本花帆）という少女が現れた。雑誌で恐竜の記事を連載する父のために恐竜の写真を撮りにきたという。 そのころスパナ（藤林泰也）は冥黒の三姉妹のアジトに乗り込み、レプリケミーカードとドレッドライバーの回収を迫るが、ラケシス（坂巻有紗）がドレッドに変身。スパナもヴァルバラドとなるが、ドレッドのパワーに圧倒されてしまう。 宝太郎らがエックスレックスを発見した。嬉々として写真を撮る爽を守ろうと宝太郎はガッチャードに変身。爽を救うことに成功するが、レックスに食べられてしまった！ エックスレックスの体内で目覚めた宝太郎は、そこで爽の父・間辺（白石朋也）と出会う。間辺はエックスレックスが自分の過去を覗くと苦しい胸の内を告白する。 恐竜を自らの原稿にも誇りを持っていた間辺だったが、編集者にもっと刺激的な原稿を、ウソを書くことを強要され泣く泣く承諾。そんな情けない姿を爽に見られ、娘を幻滅させてしまったと過去の出来事を後悔していた。 そんな間辺に宝太郎は、爽は今も変わらずあなたのことが大好きです、と元気づけると、エックスレックスが人を食べるのは、気になる人の過去が知りたいからでは、と推理。自分の過去をさらけ出し、エックスレックスと心を通わせる。そしてスーパーガッチャードユーフォーエックスに変身、間辺とともに心を開いたエックスレックスから脱出する。 そのころ冥黒の三姉妹がりんねらの前に現れ、爽を人質にとり宝太郎をおびき出そうとする。そこへ脱出に成功した宝太郎と間辺が到着。ガッチャードライバー強奪に執念を燃やすクロトー（宮原華音）は、ここぞとばかりドレッドに変身。宝太郎もスーパーガッチャードユーフォーエックスに変身し迎え撃つ！ 一触即発となる両者の前にエックスレックスが現れた。ガッチャードはエックスレックスをカードに封印、「力を貸して！」とスーパーガッチャードクロスエックスレックスにチェンジした！

ユーフォーエックスからクロスエックスレックスにチェンジしパワーアップしたスーパーガッチャード。凄まじいパワーを発揮するが、ドレッドもレプリケミーカードを追加し反撃。拮抗した戦いとなっていく。 その間にラケシス（坂巻有紗）がクローバーマルガム バンブーラフレシアミクスタスに変貌。ミナト（熊木陸斗）が毒花粉を浴びて動きを止められてしまう。りんね（松本麗世）は一人、間辺（白石朋也）と爽（山本花帆）父娘を守ろうとするが、アトロポス（沖田絃乃）によって阻止される。 迫りくるクローバーマルガムに爽だけは助けてほしい、と土下座をする間辺。そんな間辺の父親としての姿を見たアトロポスは、りんねの父・風雅（石丸幹二）は間辺とは違い、娘のりんねを捨てて暗黒の扉の強大な力を独り占めしようとしたと言い放つ。 「父は裏切り者なんかじゃない！」 動揺しながらも必死に否定するりんねだったが、アトロポスは冷酷にりんねを亡き者にしようとする。その時、りんねの脳裏に宝太郎（本島純政）と「頑張る」と誓い合った場面が蘇った。 冷静さを取り戻したりんねは、アトロポスが仲間や親子の固い絆を否定するのも憧れの裏返しだと反撃。だから「弱いのはアトロポス、あなただよ」と痛烈な一撃をお見舞いする。 りんねの言葉にアトロポスは激しく動揺、りんねにかけた術が解けてしまう。体の自由を取り戻したりんねは錬金術でエクスガッチャリバーをガッチャードへ、さらにクローバーマルガムの動きを封じることに成功する。 ガッチャードはりんねから受け取ったエクスガッチャリバーで再びスーパーガッチャードクロスエックスレックスにチェンジ。クローバーマルガム バンブーラフレシアミクスタスを倒し、ハピクローバー、バンバンブー、バグレシアをカードに封印する。 復活したスーパーガッチャードに熱い声援を送るりんね、ミナト、そしてスパナ（藤林泰也）。スーパーガッチャードは彼らの思いを力に変え、クロトー（宮原華音）を分離しドレッドを粉砕、戦いに勝利する。 抱き合う間辺と爽を横目にユーフォーエックスとエックスレックス、2枚のカードに改めて礼を言う宝太郎。そんな宝太郎らを釘宮（本宮泰風）とレベルナンバー10のカードを手にするクロスウィザードが遠くから見つめていた。 キッチンいちのせでのクリスマスパーティーで常連客たちと盛り上がる宝太郎たち。ふとホッパー1のカードを見つめる宝太郎は、エックスレックスに記憶を覗かれたときに自分が幼いころにホッパー1と出会う映像があったことを思い出す。 「もしかしてずっと前に君に会ったことがあるのかな？」 そんな不思議な思いを抱えつつも仲間たちとの楽しい一夜を満喫する宝太郎だった。

突如、空から巨大なヘビが出現！石化光線を発射し、加治木（加部亜門）が石にされてしまった。怒った宝太郎（本島純政）はガッチャードに変身。ヘビに立ち向かうが、ヘビは「お前が仮面ライダーか」と確認するとあっという間に姿を消してしまう。 しかし、宝太郎の知らないところで巨大ヘビによる石化被害が拡大。蓮華（安倍乙）や錆丸（富園力也）まで石に変えられ、宝太郎はりんねと巨大ヘビを追う。 一方、スパナ（藤林泰也）は、師匠でもある研究者の枝見鏡花（福田沙紀）にスランプに陥っていることを見抜かれてしまう。新たなドライバー開発に携わっているのもスパナの助けになるから、と背中を押されたスパナ。そんなスパナの前にも巨大ヘビが現れた！ スパナはヴァルバラドとなり巨大ヘビを攻撃するが、すぐに反撃され窮地に。そこへガッチャードが現れ、ライトニングジャングルにチェンジするとついにヘビを撃破。しかし、ケミーを召喚できず、石化した人々も元に戻らない。 巨大ヘビを倒したのになぜ…！？ 宝太郎がヘビは一匹ではなく多数いること、そしてマルガムにされたのはジャマタノオロチだ！と気づいた時、巨大なヘビが複数出現した。 そのヘビから「私の実験に大いに役立ってくれ」と語りかけられた宝太郎は、標的は仮面ライダーである自分だと察知。実験と称して人々を巻き込むとは！ガッチャードは怒りとともにヘビに立ち向かう。 しかし、人々を守るガッチャードの優しさこそ弱点と悟った巨大ヘビはりんねとスパナを石化、二人を守ろうとしたガッチャードも変身を解除してしまう。このままでは誰も守れない…。自らの力の無さを噛みしめる宝太郎に巨大ヘビが迫った。 が、次の瞬間、オレンジ色のガッチャードが降臨。驚く宝太郎の眼の前で鮮やかな攻撃を披露すると巨大ヘビをあっという間に撃破、オロチマルガムの本体を引きずり出すことに成功する。 オレンジのガッチャードに「俺に全てを任せるか、お前が未来を掴むか。決断しろ！」と迫られた宝太郎は自分で未来をガッチャすると決断。スーパーガッチャードエックスレックスに変身するとオロチマルガムを追い詰め、ユーフォーエックスにチェンジしついにオロチマグナムを撃破、ジャマタノオロチをガッチャする。 りんね、スパナら人々が元通りになり、なんとか戦いに勝利した宝太郎。しかし、力を貸してくれたオレンジのガッチャードはいつの間にか姿を消していた。 一方、オロチマルガムを操っていたグリオン（鎌苅健太）は敗れたものの、次の実験に進もうと冥黒の三姉妹を前に不気味な笑みを浮かべ、錬金アカデミーではミナト（熊木陸斗）がある異変を感じていた！そしてオレンジのガッチャードは…！

りんね（松本麗世）らとつかの間の正月気分を楽しんでいた宝太郎（本島純政）だったが、グリオン（鎌苅健太）が生み出した新たなマルガム、ムーンマルガムが出現した。 人々を黒い影の中に放り込むムーンマルガムの前で宝太郎はガッチャードに変身。しかし、前回のオロチマルガム同様の強さに窮地に追い込まれてしまう。そこへオレンジ色のガッチャード、ガッチャードデイブレイク（声・DAIGO）が出現。みごとな攻撃で形成を逆転すると、ムーンマルガムは逃走する。 いったいデイブレイクは何者なのか？ 変身を解除した宝太郎の投げかける問いにもデイブレイクは「選択肢は二つだけ。未来を受け入れるか、抗うか」と謎めいた言葉を残す。 そのころスパナ（藤林泰也）は空腹で倒れた鏡花（福田沙紀）の世話に追われていた。鏡花は身寄りのないスパナを助け、超A級錬金術師に育て上げた“師匠”。そのスパナを使い錬金連合が隠蔽する事件を調べさせ、さらにりんねの父・風雅（石丸幹二）が裏切り者ではないことを証明するためにりんねの監視も依頼していた。 自身の目的のためにスパナを巻き込んでしまったと自省する鏡花だが、スパナは自分の意志でやっていることと否定。多くの錬金術師が犠牲になった“10年前の事件”の首謀者を必ず突き止め、鏡花への恩を返すと力強く宣言する。 宝太郎はムーンマルガムを捜索するりんねらと合流すると、ムーンマルガムをおびき出すことに成功する。宝太郎はスーパーガッチャードクロスユーフォーエックスに変身、囚われた人たちを解放するが、今度はりんねらが影の中に取り込まれそうになってしまう。 そこへガッチャードデイブレイクが出現。りんねらを救うとムーンマルガムを攻撃。その姿に「俺だって」とガッチャードはクロスエックスレックスにチェンジ。ライダーキックでネミネムーンを撃破する。が、爆破したと思われたネミネムーンは再生、巻き返しを誓いその場から去っていく。 危機を脱した宝太郎らだったが、今度はミナト（熊木陸斗）が現れ、スパナ、そして宝太郎ら生徒全員の指輪の返還を要求する。同時に宝太郎らの記憶を消去、錬金アカデミーは閉校し今後のケミーの回収はなんと冥黒の三姉妹が担当するという。 なぜ突然…！嘆き悲しむ宝太郎を「残念だ」と突き放すミナトにスパナは怒りも露わに立ち向かうと、ミナトは仮面ライダードレッドに変身。あっという間にヴァルバラドを倒し、マッドウィールなどのカードを奪ってしまう。 「どうして、なんでなんだよ、ミナト先生！」 宝太郎の悲鳴も届かず、なんとかミナトと冥黒の三姉妹の前から逃走した宝太郎たち。その様子を錬金アカデミーのモニター越しに、グリオンが冷ややかな眼差しで確認していた。

ミナト先生（熊木陸斗）がグリオン（鎌苅健太）、冥黒の三姉妹と手を組み、敵対したショックから抜け出せない宝太郎（本島純政）。これからどうすれば…。りんね（松本麗世）を前に思い悩んでいると、ムーンマルガムが現れた。 すでに蓮華（安倍乙）と錆丸（富園力也）を影の中に取り込んでいたムーンマルガムはりんねをも取り込み宝太郎に迫る。と、そこへガッチャードデイブレイク（声・DAIGO）が出現。宝太郎もガッチャードに変身し、力を合わせてムーンマルガムを圧倒。しかし、ムーンマルガムは3人を影の中に囚えたまま姿を消していく。 ガッチャーイグナイターを使えというガッチャードデイブレイクに宝太郎は、自らの錬金術でガッチャーイグナイターを作ると宣言。ガッチャードデイブレイクは、そのためには過去の宝太郎が錬金術で作り上げた「この世にたった一つの宝物」が必要だと、宝太郎を過去の時代へと送り込む。 その過去の世界、10年前のウロボロス界で宝太郎は、幼いころに自分がホッパー1などのケミーと出会っていたことを確認。そして幼い宝太郎（大迫芽生）の「この世にたった一つの宝物」がゴーグルであることを知る。 ひょんなことで幼い自分と接触してしまった宝太郎だが、大切な宝物のゴーグルを欲しいなどとは言えない。宝太郎が逡巡していると、グリオンと冥黒の三姉妹、さらにはりんねの父・風雅（石丸幹二）が現れた。 風雅は暗黒の扉を開こうとするグリオンらの野望を阻止し、錬金術を正しく使うべきだとグリオンらと敵対。グリオンはそんな邪魔者である風雅を開発中のドライバーとケミーを持ち逃げした裏切り者だと、錬金連合幹部の記憶を改ざんしていた。 りんねの父が裏切り者になったのはグリオンのせいだったのか…。真実を知った宝太郎の前で風雅はケミーを守るために99枚のライドケミーカードを解放。幼い宝太郎もそんな風雅に加担すると、宝太郎も身を挺して幼い自分を守る。 宝太郎の捨て身の行動に感謝した幼い宝太郎はゴーグルをお礼に差し出す。喜んで受け取った宝太郎は現在へとタイムワープ、幼い宝太郎の前から消えていく。残った幼い宝太郎の行動に感謝する風雅は、幼い宝太郎の記憶を消去しつつ将来の再会をほのめかす。 現代に戻った宝太郎は「いつでも皆を助ける強いガッチャードになる」という強い思いでガッチャーイグナイターの作成に成功。再び現れたムーンマルガムの前でガッチャーイグナイターをガッチャードライバーに装着、ファイヤーガッチャードに変身する！ファイヤーガッチャードは圧倒的なスピードでムーンマルガムを翻弄。強烈なライダーキックで撃破するとネミネムーンを手にする。 ファイヤーガッチャードの鮮やかな勝利を見届けたデイブレイクは宝太郎に「仲間を大切に。お前なら掴めるはずだ、最高のガッチャを」という言葉を残し消えてしまう。 新たな力を手にした宝太郎はりんねらに自分たちだけでケミーをガッチャしていこうと呼びかける。そんな二人に蓮華と錆丸も合流、宝太郎をリーダーにした「キッチンいちのせ連合」の結成を宣言する！

新たに「キッチンいちのせ連合」として活動を再開した宝太郎（本島純政）たち。そんな折、りんね（松本麗世）の前にミナト（熊木陸斗）が現れた。アカデミーに戻ってこいという誘いをきっぱりと拒否するりんねだったが、父・風雅（石丸幹二）が教えたように連合の意志に従うというルールを守れ、と返され少なからず動揺する。 宝太郎の助けもあり、難を逃れたりんねは、風雅がグリオン（鎌苅健太）によって裏切り者の汚名を着せられたことを知り胸をなでおろす。そんなりんねに、自らを裏切り者扱いされても風雅には守らなきゃいけない大事なルールがあったんだ、と風雅の思いを代弁するような宝太郎の言葉に驚きを隠せない。 グリオンが新たに生み出したケルベロスマルガムが街に現れた。宝太郎はガッチャードに変身。ケルベロスと立ち向かうと、その戦いを見守るりんねの前にアトロポス（沖田絃乃）が現れた。 アトロポスはガッチャードの動きを封じたケルベロスを操り、りんねを襲わせる。ガッチャードはファイヤーガッチャードにチェンジ。ケルベロスを阻止するが、ガッチャーイグナイターがオーバーヒート。イグナイターを蓮華（安倍乙）らに託しスーパーガッチャードエックスレックスにチェンジするが、りんねを庇いながらの戦いに苦戦する。 その時、ケルベロスの攻撃の“流れ弾”を浴びたアトロポスが腕を負傷、ケルベロスを操っていた笛を破壊された。自由になったケルベロスはなんとアトロポスを攻撃。さすがのアトロポスもなすすべもなく追い詰められていく。 そんなアトロポスの姿を孤独だった自らの幼いころと重ね合わせたりんねは、思わずアトロポスを庇い、アトロポスからルール違反と非難される。しかし、りんねは「私のルールは私が決める！」と毅然と言い放つと。その強い決意に反応するように指輪は変形しアルケミスドライバーが出現。りんねはザ・サンとユニコンのカードを挿入、仮面ライダーマジェードに変身する！ 冷却が終わったガッチャーイグナイターでガッチャードもファイヤーガッチャードに再びチェンジ。そのファイヤーガッチャードのサポートを受けたマジェードがケルベロスマルガムを撃破！ヨアケルベロスをカードに封印する。 錬金術師としてのルールではなく、自らが決めたルールに従って行動することを決めたりんね。これまでにない晴れやかな表情で、宝太郎たちとにぎやかにケーキを取り合い、新たなりんねとしての一歩を晴れやかな笑顔とともにスタートさせた。

鏡花（福田沙紀）がスパナ（藤林泰也）のために制作中のドライバーを手に宝太郎（本島純政）、りんね（松本麗世）らを訪ねてきた。スパナも仮面ライダーに！？ 期待に胸を膨らます宝太郎だったが、鏡花は“黒い炎”に飲み込まれたらスパナはライダーになれないという。 そのころライダーに変身する宝太郎やりんねに力の差を見せつけられ、焦りを募らせるスパナの前に父（尾崎右宗）と母（大賀埜々）が現れた。が、武装錬金術のエキスパートだったスパナの両親は10年前にグリオン（鎌苅健太）によって消滅させられていた。 10年前の記憶を失っていたスパナは両親との再会を素直に喜ぶが、そこに現れたエンジェルマルガムは非情にも自分が両親を蘇らせただけと現実を突きつけ、スパナの目の前で再び父と母を亡き者にしようとする。 両親を逃がそうとするスパナは素手でエンジェルマルガムに立ち向かうが、一方的に痛めつけられ駆けつけた宝太郎とりんねに助けを求めるしかない。宝太郎とりんねはファイヤーガッチャード、マジェードに変身。しかし、突如現れたグリオンによってスパナの両親は消滅させられてしまう。 10年前の悪夢を思い出したスパナは怒りとともに全身から“黒い炎”を放つと、ここぞとばかりにグリオンは「金色に染まれ」とスパナをウィールマルガムへと変貌させてしまう。すべてはスパナの悪意を利用しようとするグリオンが仕掛けた策略だった。 両親を失ったと怒りと悲しみに暴走するウィールマルガムを止めることができないガッチャードとマジェード。エンジェルマルガムが逃走するとウィールマルガムは変身を解除するが、宝太郎の「スパナ！」という呼びかけにも「そんな奴、最初からいなかった」と吐き捨て立ち去っていく。 両親を目の前で亡き者にされたスパナを冥黒の力に飲み込まれないよう必死で守ってきた鏡花。しかし、今、すべての記憶を取り戻したスパナは、鏡花が自分を守ったせいで宝太郎やりんねのように強くなれなかったのではないか、と鏡花を激しく非難する。 スパナをなんとか救おうと駆けつけた宝太郎とりんねの前にエンジェルマルガムが現れた。すでに悪意に染まったスパナはグリオンのしもべとなる運命、というエンジェルマルガムに、そうはさせないと宝太郎とりんねはライダーに変身し立ち向かう。 そこへ鏡花に別れを告げたスパナが現れた。「スパナ！」「黒鋼先輩！」と呼びかけるガッチャードとマジェードに「そんな奴はいない！」と再び言い放つスパナはウィールマルガムに変貌。雄叫びとともに目の前の“敵”に襲いかかった！

ウィールマルガムの暴走を抑え込み、宝太郎（本島純政）らはスパナ（藤林泰也）をキッチンいちのせへと連れ帰るが、意識を取り戻したスパナは宝太郎の胸ぐらをつかみ「これは俺の戦いだ」と出て行ってしまう。 スパナのためにできることをやりたい。宝太郎らキッチンいちのせ連合のメンバーは鏡花（福田沙紀）を訪ね、ドライバーの制作を手伝いたいと申し出る。そんな宝太郎らの申し出を鏡花も快諾、鏡花と宝太郎らは夜を徹しての作業を続ける。 ついにヴァルバラドライバーが完成した。が、そこへエンジェルマルガムと、冥黒の三姉妹が乗り込んできた。どうやら鏡花を亡き者にし、スパナの怒りと憎しみを増幅させようとしているらしい。 宝太郎とりんね（松本麗世）はガッチャード、マジェードに変身。蓮華（安倍乙）、錆丸（富園力也）とともにエンジェルマルガムらに立ち向かうが、そのスキに現れたミナト（熊木陸斗）が鏡花に近づき、鏡花の命と新たなドライバーを奪いに来たという。 そのミナトがヴァルバラドライバーとダイオーニのカードを手にスパナの前に現れた。鏡花をグリオン（鎌苅健太）の命令で亡き者にした、というミナトの言葉にスパナの怒りが爆発。ウィールマルガムへと姿を変え、ミナトに襲いかかった。 ミナトはドレッドに変身しウィールマルガムの攻撃を受け止めると、怒りと憎しみをむき出しに襲いかかるウィールマルガムに「このままだと醜い化け物に成り果てるだけだ」と言い放つ。 そんなドレッドの言葉で亡き両親、そして自分を守ってくれた鏡花の思いを蘇らせたウィールマルガムはスパナの姿に戻ると「俺に託された思いを…願いを叶える！」とヴァルバラッシャーを手にドレッドを攻撃。その強い意志に応えるかのようにマッドウィールのカードは自らマッハウィールに再錬成した。 怒りや憎しみの醜い炎を真っ赤な炎へと変えたスパナは燃えるヴァルバラッシャーでドレッドを撃破、変身解除へと追い込みドライバーとガッツショベル、ゲキオコプター、ダイオーニのカードを手に入れる。 スパナはエンジェルマルガムと戦うガッチャードらと合流、ヴァルバラドライバーを装着するとマッハウィール、ダイオーニを装填！仮面ライダーヴァルバラドに変身する。 ライダーヴァルバラドは凄まじいパワーでエンジェルマルガムを圧倒、オロチショベルカスタムにチェンジしついにエンジェルマルガムを撃破、エンジェリードを手に入れる。 スパナとの戦いに敗れたミナトだが「これで悪夢が消え去るわけじゃない」と謎めいた言葉を口にする。そして再び鏡花のもとを訪れたスパナはチェスの駒を並べ直し、改めて鏡花とともに歩んでいく思いを示すのだった。

珍しくおしゃれしてウキウキと出かける蓮華（安倍乙）。どうやら誰かと恋に落ちたらしい。気になるお相手を見定めようと宝太郎（本島純政）らが尾行すると、たくさんの老若男女を魅了する一人の青年（山中柔太朗）が現れた。 まるで青年の崇拝者のようになった人々の中には蓮華だけでなく、なんと加治木（加部亜門）まで！呆気にとられる宝太郎らをよそに青年は魅力に取り憑かれた人たちを引き連れ去っていく。 グリオン（鎌苅健太）によって強化されたクロトー（宮原華音）が、スパナ（藤林泰也）を闇に引きずりこむため鏡花（福田沙紀）に襲いかかった。スパナはライダーヴァルバラドに変身。クロトーを追い詰めるが、サーベルマルガムが乱入。クロトーらは逃走する。 蓮華らを虜にした青年がズキュンパイアというケミーであることがわかった。錆丸（富園力也）によると、ズキュンパイアは人間のエネルギーを吸収し自分のパワーに変えるという厄介な特性があるらしい。宝太郎らは蓮華らを救うため、ズキュンパイアのもとへ急行する。 宝太郎らの前で「僕には使命がある」と開き直るズキュンパイアは、宝太郎やりんね（松本麗世）、錆丸と次々に憑依。宝太郎らが翻弄されている間に、さらに人々からエネルギーを吸収してしまう。 このままズキュンパイアがエネルギーを吸収すると人々の命すら危険な状態に…。宝太郎らはズキュンパイアを止めようとするが、クロトーとサーベルマルガムが立ちはだかりズキュンパイアを逃してしまう。 宝太郎とりんねはガッチャード、マジェードに変身。ガッチャードはパワーアップしたクロトーに押され、エクスガッチャリバーにカマンティスのカードを装填しようとするが、クロトーに奪われてしまう。 クロトーはカマンティスのカードでマンティスマルガムに変貌、ガッチャードはファイヤーガッチャードにチェンジすると、ライダーヴァルバラドも参戦する。エンジェコプターカスタムにチェンジしたヴァルバラドの攻撃でマンティスマルガム、サーベルマルガムを粉砕する。しかし、爆炎の中からクロトーがなおも現れた。 クロトーはカマンティス、サーベライガーのカードを強奪すると、属性を越えた多重錬成でさらに強力なマルガムに変貌。ファイヤーガッチャードに強烈な一撃を浴びせる。 一方、ズキュンパイアはビルの屋上から「みんなを救ってあげる」と、空へ向かって手を向けると…！

宝太郎（本島純政）らは、空に巨大なハートを作ろうとするズキュンパイア（山中柔太朗）のもとへ急行。ズキュンパイアはハートを感性させ、自分のズッキュンをフルパワーで発動。世界に平和をもたらそうとしていた。 しかし、宝太郎らはズキュンパイアのズッキュンによって人々がエネルギーを吸い取られているとズキュンパイアを説得。ズッキュンで失恋から立ち直ったという結逢（希代彩）も体力の限界に近づいていることを知らされ、ズキュンパイアは衝撃を受ける。 「ぼくのしていたことは、皆を苦しませていただけ…？」 ユアの必死の慰めにも耳を貸さず、ただ落ち込むズキュンパイアを突如現れたクロトー（宮原華音）が拘束。そのエネルギーを強制的に空の巨大なハートへと送り込ませる。クロトーはズキュンパイアに人々のエネルギーを吸収させ、その巨大なパワーを自らのものにしようとしていた。 何も知らないズキュンパイアを利用するとは！怒ったりんね（松本麗世）はマジェードムーンケルベロスに変身！クロトーが変貌したマンティスマルガムサーベルタイガーミクスタスに襲いかかる。 その間にズキュンパイアのエネルギーは空の巨大なハートへと送られ、フルパワーのズッキュンが発動寸前に！スーパーガッチャードは拘束されて動けないズキュンパイアに「違うやり方でも世界中の人々を幸せに出来る」と必死に励ます。 そんなガッチャードの言葉を信じたズキュンパイアは自らの力で拘束していた鎖を破壊し、ガッチャードが構えるブランクカードへと入った。ガッチャードはエクスガッチャリバーにズキュンパイアのカードを装填、マンティスマルガムに一閃した。 するとマンティスマルガムのサーベライガーとカマンティスがズッキュンされ戦意を喪失。ガッチャードはファイヤーガッチャードにチェンジし、マジェードムーンケルベロスとともに強烈な一撃を放ちマンティスマルガムを粉砕。クロトーは逃走する。 ズキュンパイアがズッキュンして奪ったエネルギーも元の人のところへ。結逢も無事に体力を回復した。宝太郎とズキュンパイアは友情を確認してガッチリと握手、共闘を誓う。 そのころグリオン（鎌苅健太）はミナト（熊木陸斗）にレプリユニコンのカードとドレッドドライバーを預け、「彼らの『全て』を頂こう」と不気味な指示を出していた。 そしてズキュンパイアと別れた結逢は、失恋した相手から復縁を迫られるが、ズキュンパイアの言葉を思い出し拒否！清々しい笑顔で男性の前から立ち去るのだった。

宝太郎（本島純政）が仲間になったケミーのケスゾーを蓮華（安倍乙）が使った途端、大切なPCのデータが消去されてしまった。なんとか復旧しようとする錆丸（富園力也）のため、宝太郎はガッチャードのこれまでの行動記録を振り返ることに。 ホッパー1、スチームライナーと出会い、りんね（松本麗世）の父・風雅（石丸幹二）から託されたガッチャードライバーでガッチャードに初変身。冥黒の三姉妹、マルガムらとの壮絶な戦い、そしてグリオン（鎌苅健太）の出現からミナト（熊木陸斗）と敵対するまで、を思い出していく。 そんな宝太郎らのもとへミナトから手紙が届けられた。中には「グリオンを討つ」とあり、その場所も指定されている。やはりミナトは正義のヒーローだったんだ！宝太郎らは決意も新たにミナトが指示した場所へと向かう。 約束の場所で見つけたミナトに駆け寄ろうとする宝太郎。しかし、そこへプテラノドンマルガムが出現、ワープ能力で宝太郎、りんね、スパナらのカードを奪ってしまう。ホッパー1まで奪われてしまった宝太郎の前で、ミナトは残るすべてのカードを回収しようとドレッド壱式に変身。マジェード、ライダーヴァルバラドが戦う間に宝太郎は退却を余儀なくされる。 ホッパー1はもちろん、すべてのケミーを取り戻さないと。焦る宝太郎だが、手元にあるスチームライナーだけではガッチャードに変身できない。1枚のカードで変身し戦う方法はないのか？禁術でも構わないと訴える宝太郎に鏡花（福田沙紀）は、禁術を使えば宝太郎の体がもたないと逡巡する。そんな万策尽きかけた宝太郎らの前に“ある人物”が…。 マジェードはムーンケルベロスに、ライダーヴァルバラドはエンジェコプターにチェンジするが、プテラノドンマルガムのワープ能力を使った戦いに大苦戦。フォームチェンジ用のカードも奪われてしまう。 マジェード、ライダーヴァルバラドのすべてのカードとドライバーが奪われそうになったその時、金色の指輪をつけた宝太郎が現れた。 「俺はまだ、一人じゃない！」 力強く宣言した宝太郎はスチームライナーを再錬成すると、テンライナーへ。そしてテンライナーのカードをドライバーに装填し、テンライナーユニットで変身する！ 「俺はアイアンガッチャードだ！」

宝太郎（本島純政）はアイアンガッチャードに変身。プテラノドンマルガムを瞬殺するが、体力を消耗し変身を解除してしまう。意識を失い倒れ込む宝太郎を、突如現れた風雅（石丸幹二）が抱きとめた。風雅はドレッドに「未来ある若者の希望を奪うのか？」と問いかけると、宝太郎らとその場から撤収する。 りんね（松本麗世）は父・風雅と喜びの再会を果たすが、宝太郎は意識を失ったままだ。禁断の術を使う宝太郎の背中を押したのも風雅だったが、やはり宝太郎の体にはかなりの負担となっているようだ。 宝太郎抜きでライドケミーカードの奪還へ動こうとするスパナ（藤林泰也）らに、風雅は10年前にグリオン（鎌苅健太）によってミナト（熊木陸斗）が可愛がっていた後輩の錫屋（山﨑光）を亡き者にされた事実を明かす。 錫屋を死に追いやったのも自分の責任。ミナトはグリオンによって宝太郎ら大切な生徒を錫屋のように再び失うことを恐れ、あえてグリオンに従うことで宝太郎らを遠ざけ、自分だけでグリオンを倒そうとしているらしい。 風雅から錬金アカデミーに侵入する方法を聞いたりんねとスパナらはライドケミーカード奪還へ行動を開始。そんなマジェード、ライダーヴァルバラド、蓮華（安倍乙）、錆丸（富園力也）らの前にミナトが立ちはだかり、ドレッド壱式に変身する。 「先生！そこを退いてください！」 呼びかけにも耳を貸さないドレッド壱式は、マジェード、ライダーヴァルバラドと激突。クロトー（宮原華音）もゴリラマルガムラフレシアミクスタスに変貌し参戦するが、ドレッド壱式はゴリラマルガムを排除。マジェードらと激しい戦いを繰り広げる。 そこへ完全に回復していない宝太郎が合流、アイアンガッチャードに変身してドレッド壱式に挑む。アイアンガッチャードは戦いながら「俺たちを信じて」とミナトに訴えかける。その声に呼応するようにマジェード、ライダーヴァルバラド、蓮華、錆丸もミナトとともに戦いたいと声を上げる。 体力を消耗するアイアンガッチャードはかろうじて堪えるとドレッド壱式に必殺技を発動。変身を解除した宝太郎は、同じく変身を解除したミナトに共闘を訴えるが、ミナトは痛む頭を抑え何も答えずに去っていく。 クロトーはドレッドドライバーを回収して帰還。グリオンはラケシス（坂巻有紗）にミナトの処分を命じると、10年前より凶悪なケミストリーを、と不気味な笑いを浮かべる。

グリオン（鎌苅健太）は暗黒の扉を開くために必要なレベルナンバー10のライドケミーカードを手に入れるため、ドラゴナロスのカードからドラゴンマルガムを生成。最後の1枚のカードを手に入れるよう解き放つ。 グリオンが狙う最後のレベルナンバー10のケミーとはガイアード。グリオンの動きを察知した鏡花（福田沙紀）は、スパナ（藤林泰也）にガイアードがいる地球環境科学館へ行くよう指示する。 スパナは博物館に現れたドラゴンマルガムの前でライダーヴァルバラドに変身。その戦いに宝太郎（本島純政）らも合流。りんね（松本麗世）はマジェードに変身し参戦するが、強力なパワーを誇るドラゴンマルガムにマジェード、ヴァルバラドともに圧倒される。 ドラゴナロスとガイアードは最初に生まれたケミーでその強さは規格外と、マジェードらを倒し勝ち誇るドラゴンマルガムに対して、宝太郎はアイアンガッチャードに変身する。 しかし、ドラゴンマルガムは暗黒の扉を開くカギとなるガッチャードライバーを奪おうとアイアンガッチャードを圧倒。変身解除に追い込まれた宝太郎を守ろうとしたマジェードとライダーヴァルバラドも同じく変身を解除してしまう。 反撃する力を失った宝太郎らに迫るドラゴンマルガム。万策尽きたと思われたその時、風雅（石丸幹二）が現れた。世界の未来を決めるのは正しく信じる道を歩み進む若者たちだ、という風雅は、宝太郎らの目の前で仮面ライダーウインドに変身する！ ドラゴンマルガムが仕掛けた空中からの炎による攻撃にウインドも華麗な空中戦で対抗。ウインドの攻撃に怯むドラゴンマルガムに「大切なのはケミーとともに戦う意志だ」と言い放つと、空中からのライダーキックでドラゴンマルガムを粉砕する。 ウインドはドラゴナロスとガイアードをカードの召喚。ウインドの勝利を喜ぶ宝太郎とりんねだったが、変身を解除した直後、背後からのグリオンの一撃を受けてしまう。グリオンは風雅からカードを奪って逃走。風雅は宝太郎とりんねに未来を託し消えていく。どうやら風雅の肉体は錬金術で作られた義体だったらしい。 気を取り直し、前を向いた宝太郎は輪廻等とケミー奪回に立ち上がる。その一方ですべてのレベルナンバー10を手に入れたグリオンは、暗黒の扉を開こうとしていた…。

テンライナーに乗ってウロボロス界にやってきた宝太郎（本島純政）らは、暗黒の扉を開こうとするグリオン（鎌苅健太）によって苦悶するケミーたちを目の当たりにする。怒りに燃える宝太郎、りんね（松本麗世）、スパナ（藤林泰也）はライダーに変身。グリオンは新たなドレッド弐式に変身し、3人のライダーを迎え撃つ。 ドレッド弐式の狙いは暗黒の扉を開くために必要なガッチャードライバーのみ。そうはさせまいとアイアンガッチャードはマジェード、ライダーヴァルバラドとの連携でドレッドを圧倒。さらに蓮華（安倍乙）と錆丸（富園力也）も錬金術でアトロポス（沖田絃乃）、クロトー（宮原華音）と互角以上の戦いを見せる。 しかし、ドレッド弐式は参式へとパワーアップ。マジェード、ライダーヴァルバラドを一気に変身解除へと追い込んでしまう。そして蓮華と錆丸もクロトーの反撃にあうと、アイアンガッチャードも体力の限界を迎え変身を解除してしまった。 勝ち誇るグリオンは宝太郎からガッチャードライバーを剥ぎ取ると、いよいよ暗黒の扉が開こうとする。嬉々とするグリオンだが、なおも反抗しようとする宝太郎に苛立ち、錬金術で手にした剣で最後の一撃を！ が、そこに突如現れたミナト（熊木陸斗）が食い止めた。ミナトはグリオンの脅しをはねつけると、生徒たちの共闘を呼びかける声こそ自分に響いていたと言い放ち、グリオンに立ち向かう。 ミナトの復活にりんね、スパナも宝太郎をサポート。勇気づけられた宝太郎はふらつきながらも懸命にケミーたちに向かって叫ぶ。 「闇の力になんか負けるな！乗り越えろ！お前たち自身の力で！」 次の瞬間、宝太郎の声に反応したホッパー1に10枚のレベルナンバー10が収束、ホッパー1はクロスホッパーへと進化する。クロスホッパーはガッチャードライバーを掴むと宝太郎の手の中へ。思わぬ展開に怒り心頭のグリオンは再びドレッド参式に変身。宝太郎もアイアンガッチャードに変身する。 アイアンガッチャードはケミーたちを解放すると、クロスホッパーをガッチャードライバーに装填。プラチナガッチャードへと変身する！ プラチナガッチャードはケミーたちの力を借りてドレッド参式を圧倒。ついにグリオンを倒し、同時に開きかけた暗黒の扉をも閉じることに成功する。 ケミーたちを取り戻し、ミナトも宝太郎たちと合流。錬金アカデミーは新たなスタートを切ることになった。しかし、アトロポスはグリオンが残した金色のキューブを拾い、「まだ終わってないよ」と不気味につぶやく。

グリオン（鎌苅健太）を倒し、ミナト（熊木陸斗）も復帰。錬金アカデミーを奪回した宝太郎（本島純政）らは久々に平穏な日常を取り戻していた。そんな中、蓮華（安倍乙）は休日を利用して祖母・民子（根岸季衣）と久々の再会を果たす。 その蓮華から祖母の家に現れた妖怪を退治してほしいと宝太郎らに連絡が入る。宝太郎はりんね（松本麗世）と民子が住む村にやってくるが、さっそく妖怪と遭遇。宝太郎は蓮華とりんねに操られるようにガッチャードに変身！妖怪を退治しようとする。 ガッチャードが妖怪相手に苦戦していると、退魔師を自称するスターシャイン星野（青柳尊哉）が弟子の加治木（加部亜門）を連れて現れた。星野は数珠から不思議な光を放つと妖怪は退散。その直後、宝太郎から飛び出したファイヤマルスを数珠に収めるとさっさと立ち去ってしまう。 宝太郎が錆丸（富園力也）に問い合わせたことで、妖怪の正体がオカルトケミーのケアリーとベロソルであると判明。ということは、星野の力は霊能力などではなく数珠に宿したケミーの力に違いない。宝太郎らはケミーの回収に乗り出すことに。 しかし、そんな宝太郎らの前にカラカサオバケマルガムとフェアリーマルガムが現れた。星野の力もマルガムには通用せず、宝太郎はプラチナガッチャードに変身。村を破壊しようとする2体のマルガムと激突する。 プラチナガッチャードは少々手こずりながらもカラカサオバケマルガムとフェアリーマルガムを撃破。ベロソルとケアリーを無事カードに召喚する。ホッと胸をなでおろす宝太郎だったが、マルガムから分離された男たちの正体が村の土地を狙う地上げ屋であることがわかった。 男たちは村を廃村にして産業廃棄物の最終処分場にしようとしていたらしい。思わぬ形で村の危機が判明したが、ケミー騒ぎはなんとか一件落着…と思いきや、星野が「まだ終わらない」と不気味な預言めいた言葉を口にする。 そして、次の瞬間、村長（喜多川2tom）の悲鳴が！やはりまだ事件は終わっていないのか！？

村長（喜多川2tom）と地上げ屋の男が相次いで何者かに襲われ意識を失う事件が発生した。民子（根岸季衣）ら村人たちは、スターシャイン星野（青柳尊哉）と加治木（加部亜門）を犯人と決めつけ、二人を蔵に閉じ込めてしまう。 加治木が人を襲うとは思えない。宝太郎（本島純政）は、同じ思いの蓮華（安倍乙）と真犯人探しに乗り出す。しかし、もう一人の地上げ屋の男も襲われ、さらに星野と加治木までもが！これで加治木らが犯人ではないことが証明されるが、ならばいったい誰が…？ キュウビマルガムが突如出現、りんね（松本麗世）に襲いかかった。駆けつけた宝太郎はガッチャードに変身するが、ことごとく攻撃をかわされまんまと逃げられてしまった。ガッチャードを倒そうとするでもなく、逃げてしまったマルガムに宝太郎は違和感を抱く。 蓮華は意識を失っていた人たちがある方向を指さしていたこと、そしてキュウビマルガムが狐のモチーフだったことから、昔から村の守り神となっていたお狐様を祀った社へ宝太郎とりんねを連れてやってくる。 そこへ再びキュウビマルガムが現れた。宝太郎は今度こそ倒すとプラチナガッチャードに変身、キュウビマルガムに立ち向かうが、マルガムは闇の球体を放つとりんね、蓮華、そして民子を包みこんでしまう。 闇の中で巨大な目玉の化け物に襲われる３人。りんねはマジェードに変身しようとするが、指輪の力が回復しておらず変身できない。恐怖に震え上がる蓮華だったが、大好きな祖母・民子を守ろうと勇気を振り絞り立ち上がった。 「うちがおばあちゃんを守るんや！」 蓮華は星野から奪った５つのコズミックケミーの力を借りて化け物を倒すと、闇の空間を撃破！無事に生還し５枚のコズミックカードをプラチナガッチャードに投げる。 プラチナガッチャードはカードを読み込むと、なぜか岩の前で攻撃を受け止めようとするキュウビマルガムへ向けてライダーキックを放った。すると強力なパワーで巨岩が砕けると温泉が湧き上がる。実はケミーはお狐様に宿っており、ライダーキックの力を借りて村に温泉をもたらしたのだった。 温泉があれば村に観光客が集まり廃村になることもない。明るい未来が開けたことで民子ら村民も笑顔で宝太郎らに感謝する。平和ないつもの村を取り戻し、安堵する民子。蓮華はそんな祖母と仲良く手をつなぎ、帰路につくのだった。

新学期。富良洲高校の宝太郎（本島純政）のクラスに宝太郎の幼なじみ・静奈（松澤可苑）が転入生としてやってきた。思わぬ再会に宝太郎の手を握って喜ぶ静奈。そんな二人に、なぜかりんね（松本麗世）の心もザワついて…。 演劇部が部員不足で廃部の危機にあることがわかった。部長の御厨（松藤史恩）が同じクラスとわかり、宝太郎は一念発起。りんねと加治木（加部亜門）、さらには蓮華（安倍乙）、錆丸（富園力也）まで巻き込み、新入生勧誘のための『ロミオとジュリエット』の上演を手伝うことにする。 御厨は宝太郎をロミオ役に指名。ならばジュリエット役はりんねか…、加治木？？ 思わず主役は…と躊躇するりんねだったが、そこへ静奈が現れるとジュリエット役に立候補。腕を組んだり距離を縮める二人に、りんねの心は揺れる。 宝太郎と付き合っているの？ 静奈から唐突に聞かれたりんねは「あなたの思うような関係じゃない」と答えたものの、「なんの気兼ねなくアタックできる」と笑顔を見せる静奈に思いは複雑だ。 そんな二人の前にアトロポス（沖田絃乃）がマンモスマルガムを引き連れて現れた。脅える静奈はりんねに言われるまま逃げ出すが、アトロポスが放った鎖に拘束されてしまう。 助けを乞う静奈にアトロポスが「ボクはりんねちゃんに頼まれたんだから。君が邪魔だって」と言い放つと、静奈はりんねに怒りの目を向けた。必死にウソだと否定するりんねだが、これまでの複雑な思いが頭をよぎり思わず口ごもってしまう。 マンモスマルガムは静奈に向けて冷凍ガスを噴射、静奈は冷凍人間と化してしまった。りんねは襲いかかるマンモスマルガムの前でマジェードに変身するが、自分が原因で静奈を悲惨な目に合わせてしまったショックから思うように戦えない。 そこへ宝太郎、プラチナガッチャードに変身しマンモスマルガムを攻撃するとマジェードにかけよるが、静奈の悲惨な姿に目を奪われたすきにマンモスマルガムの反撃を受けてしまう。 変身を解除したりんねを冷凍ガスから守ろうとしたプラチナガッチャードは下半身が凍りついてしまった。静奈に続いてガッチャードまで…！りんねは「私の弱さのせいで…」と身も心も追い詰められ…。

追い詰められたりんね（松本麗世）だったが、静奈（松澤可苑）の無事を確認したミナト（熊木陸斗）の「お前らしく戦え！」との言葉に覚醒。再びマジェードに変身すると、プラチナガッチャードとの連携でマンモスマルガムを撃破する。 りんねは欠席する静奈の代役としてジュリエット役に担当、宝太郎（本島純政）らと稽古を再開する。ジュリエットのセリフを完璧に覚えているりんねにメンバーたちが目を丸くしていると、突然静奈が現れりんねが自分の役を奪おうとしていると非難する。 宝太郎はそんな静奈に、りんねに辛く当たるのを見るのは辛い、と言うと、自分は仲間と力をあわせて同じ夢を見たいだけだと優しく諭す。宝太郎の言葉に幼いころに自分も宝太郎の優しさに救われたことを思い出した静奈は、りんねに嫉妬したことを認めて反省。ようやく心を開く。 ホッとしたのも束の間、アトロポス（沖田絃乃）がクラーケンマルガムとともに現れた。スパナ（藤林泰也）はライダーヴァルバラドに変身するが、クラーケンマルガムのスミの闇に取り込まれると幻覚に惑わされ倒されてしまう。 スパナが闇の沼に取り込まれると、宝太郎とりんねはガッチャード、マジェードに変身。しかし、ヴァルバラド同様、闇の中でクラーケンマルガムが宝太郎やりんねに見えてしまい攻撃をためらうガッチャードとマジェードは追い詰められてしまう。 窮地に追い込まれた二人だったが、その時マジェードの脳裏に「ロミオとジュリエット」のワンシーンが蘇った。意を決したマジェードはガッチャードに「マルガムを攻撃して」と指示。一瞬戸惑いながらもマジェードの言葉を信じたガッチャードが攻撃すると、マジェードが倒れてしまった。 しかし、マジェードが復活。ネミネムーンのカードで自らを仮死状態にし、あえてガッチャードの攻撃を受けて倒れたフリをしていたのだった。互いの愛を信じた“ロミオとジュリエット”のように…。 マジェードの反撃で闇をもたらすスミをつことができなくなったクラーケンマルガムは、プラチナガッチャードとマジェードのダブルライダーキックで爆散。マックラーケンをカードに封印する。 戦いに勝利した宝太郎はジュリエット役のりんねを相手にロミオ役を好演。「ロミオとジュリエット」の上演に成功した演劇部の存続が決定、りんねも静奈との友情を確認する。 一方、錬金アカデミーではスパナの反対を押し切り、鏡花（福田沙紀）とミナトがラケシス（坂巻有紗）を新たな戦力として迎え入れることに。「脅威に備えるため」というミナトの思惑でもあったが、その言葉を裏付けるかのように、ウロボロス界である異変が…！

マルガムを倒し、アクマノカリスをガッチャ。蓮華（安倍乙）らとご機嫌で帰還する宝太郎（本島純政）に突如クロトー（宮原華音）が襲いかかってきた。 必死で抵抗しながらも争いはやめようと宝太郎は説得するが、そんな二人の前にカッシーン軍団を引き連れたアルファ（宮澤佑）が現れた。ガッチャードを排除すると襲いかかるカッシーン軍団を相手に戦う宝太郎。しかし、そんな様子を伺っていた何者かによって宝太郎とクロトーらは蓮華らの前から突如姿を消してしまった。 特別な錬金術が施された迷宮のような場所で逃げ道を探す宝太郎とクロトー。なおも宝太郎は一緒にここから出ようと、クロトーに手を差し伸べるが、クロトーはあくまでも宝太郎を突き放す。 一方、錬金アカデミーでは鏡花（福田沙紀）がラケシス（坂巻有紗）を人間に変えようと研究を始める。しかし、ラケシスが禁忌の錬金術によって生まれたホムンクルスであることを知り、鏡花らは思わず声を失う。 宝太郎とクロトーが再びアルファとカッシーン軍団に襲われた。宝太郎はガッチャードに変身、まずは眼の前の敵を倒してここから脱出しよう、とクロトーに呼びかける。その言葉を受け入れたクロトーは自らの力では扱えない参式ではなく、ドレッド弐式に変身する。 次々とカッシーンを倒すドレッド弐式にアルファも撤退を余儀なくされるが、ガッチャードはプラチナガッチャードにチェンジ。ドレッド弐式との強烈なライダーキックでアルファを撃破、ついに迷宮からの脱出に成功する。 改めて共闘を呼びかける宝太郎だが、やはりクロトーは拒否。そんな二人の前にアトロポス（沖田絃乃）と冥黒王ギギスト（声・置鮎龍太郎）が姿を現した。強力な重力波で宝太郎らの動きを封じたギギストは、クロトーの首を掴むと「お前の望む物を与えよう」と突き放す。 次の瞬間、黒い邪気に包まれたクロトーは漆黒の鎧をまとった強化体へと変貌。凄まじい力を手に入れたクロトーはアトロポス、ギギストとその場から去っていく。 そのころオーロラのようなカーテンからハンドレッドの幹部サイゲツ（高木勝也）、ミメイ（谷口布実）、タソガレ（橋渡竜馬）の3人が姿を現した。ガッチャードの破壊を狙うサイゲツら、その恐ろしい目的とは！？

宝太郎（本島純政）のもとに加治木（加部亜門）とよく似たバトラー（加部亜門＝二役）がやってきた。平行世界からやってきたバトラーによると、これまで数々の異なる世界を侵略してきた謎の組織ハンドレッドの脅威がこの世界にも迫っているという。 ハンドレッドの幹部、サイゲツ（高木勝也）、ミメイ（谷口布実）、タソガレ（橋渡竜馬）が宝太郎らの前に現れた。この世界にある「超兵器」を奪うため、とカッシーン軍団を招集。街の人々を襲い始める。 宝太郎らに襲いかかったハンドレッドは、サイゲツは仮面ライダーダークキバに、ミメイは仮面ライダーグレアに、タソガレは仮面ライダーエターナルに変身。宝太郎、りんね（松本麗世）、スパナ（藤林泰也）もライダーに変身し激突する。 人々を守りながらカッシーンと戦う蓮華（安倍乙）、錆丸（富園力也）らにラケシス（坂巻有紗）が合流。ヴァルバラドに「鉄鋼！」し、カッシーン軍団に立ち向かう。 グレアの力でマジェードが暴走、ライダーヴァルバラドに襲いかかった。そんな戦いの輪に突如、クロトーレビス（宮原華音）が飛び込んできた。見境なく攻撃するクロトーレビスにマジェードは変身を解除。グレアの洗脳が溶けるとライダーヴァルバラドはヴァルバラドとの合体技でグレアを撃破する。 暴走を続けるクロトーレビスはラケシスにもキックを浴びせようとするが、ギリギリで静止。静かにその場から去っていく。 一方、戦いから逃走しようとしたミメイの前に、すべての悪を駆逐する仮面ライダーゼインが現れた。ミメイはグレアに変身するが、ゼインは強力なライダーキックでグレアを撃破。ミメイは消滅する。 ダークキバとエターナルに苦戦するガッチャードもフォームチェンジで対抗するものの、エターナルの強力なキックを浴び変身を解除してしまった。エターナルの必殺技から少女を守った宝太郎は、人々の応援に勇気をもらうとプラチナガッチャードに変身。一気に形勢を逆転するとエターナルを倒し、タソガレを消滅に追い込む。 残るはダークキバのみ！が、ハンドレッドはこの世界にさらなる戦力を大量に送り込もうとしていた。世界が破壊されてしまう！が、次の瞬間、なんと鳳桜・カグヤ・クォーツ（永田聖一朗）が姿を現した。 カグヤはハンドレッドの戦力ダイマジーンをすべて破壊して降臨。さらに仮面ライダーレジェンドに変身すると、ゴージャスライダーに次々とフォームチェンジしカッシーン軍団を一掃する。 怒り心頭のダークキバはフエッスルを使い、世界を崩壊させる強力な技を発動。しかし、レジェンドは「超兵器」LKライザーを召喚、装着すると仮面ライダーレジェンダリーレジェンドに変身した！

仮面ライダーレジェンダリーレジェンドはゴージャスにダークキバを撃破。宝太郎（本島純政）も忘れていたカグヤ（永田聖一朗）のことを思い出し再会を喜ぶ。 元の世界に戻るまでこの世界を楽しんで、と歓迎した宝太郎だったが、カグヤは富良洲高校に突然現れたり、街頭インタビューのTVカメラの前で変身しようとしたりと宝太郎らを翻弄。さらには富良洲高校のアイドルのような存在となり、宝太郎らもお手上げに。 倒したはずのハンドレッドのカッシーン軍団が再び現れた。宝太郎とカグヤはライダーに変身。が、レジェンドはガッチャードにクウガと555のカードを装填したり、ホッパー1のカードで攻撃を繰り出すなど勝手な振る舞いを。さすがの宝太郎も苛立ちを露わにするが、カグヤはそんな宝太郎が気に食わないのかさっさと立ち去ってしまう。 なぜカグヤは不機嫌に？真意がつかめない宝太郎だったが、バトラー（加部亜門）は不器用なカグヤは、実は宝太郎に会いたくなりこの世界に来たのではないかと言う。その言葉を受け止めた宝太郎もカグヤともう一度話してみることに。 復讐に燃えるサイゲツ（高木勝也）がカグヤの前に現れた。サイゲツはアークドライバーゼロでアークゼロに変身。カグヤもレジェンダリーレジェンドに変身するとディケイドコンプリートにフォームチェンジし迎え撃つ。 アークゼロを圧倒するレジェンダリーレジェンドだったが、アークゼロはその動きをすべてラーニング。アークワンにチェンジし反撃に転じる。が、そこへ現れたアイアンガッチャードが強烈なパンチを放ち、レジェンドのピンチを救う。 変身を解除した宝太郎はカグヤのことを忘れていたことを詫び、今回は忘れられないようにあえてゴージャスな振る舞いをしていたカグヤのことを理解。手を差し出し、仲直りの握手をしようとする。 しかし、そこへ再びアークワンが襲来。宝太郎とカグヤも変身、プラチナガッチャードとゼロツーにチェンジしたレジェンダリーレジェンドの攻撃によって完全に粉砕する。敗れたサイゲツはハンドレッド上層部の力で命を奪われ、時を刻む謎の時計へと変化させられてしまう。 その時、カグヤは異変を察知。宝太郎に「ここでお別れだ」と告げると再びレジェンドに変身しようとして…！

カグヤ（永田聖一朗）はレジェンドに変身すると宝太郎（本島純政）を急襲。宝太郎もガッチャードに変身するが、危ういところライダーヴァルバラドに救われる。変身を解除したカグヤは「これからはカグヤ様一人でやる」と言い捨て去っていく。 ハンドレッドの破壊兵器ドゥームズクロックが出現した。バトラー（加部亜門）によると、世界に災厄を起こし崩壊を刻む時計で、かつて幼いカグヤも巻き込まれたという。宝太郎はりんね（松本麗世）、スパナ（藤林泰也）とともに現場へ急行する。 ギギスト（声・置鮎龍太郎）はサイゲツ（高木勝也）の肉体を再錬成。復活したサイゲツは仮面ライダーアークワンに変身すると、クロックを止めようとするカグヤに襲いかかった。カグヤはレジェンドに変身するが、ギギストは4種のケミーでアークワンを錬成、アークワンマルガムへと変貌させる。 駆けつけた宝太郎、りんね、スパナもライダーに変身。レジェンドを救うべくアークワンマルガムに立ち向かうが、ケミーの恐るべき力に撤退を余儀なくされる。 クロックがこの世界に出現したのもハンドレッドがカグヤを狙っているから。カグヤはすべての責任を背負い、あえて宝太郎を突き放そうとしていたのだった。宝太郎はそんなカグヤに共闘を申し出るが、カグヤは住む世界が違うからと聞き耳を持たない。 残り時間もわずかとなったクロックの前にやってきたカグヤに前に宝太郎が現れた。宝太郎はにこやかに一緒にではなく、カグヤの隣で戦うと宣言。クロックの前でアークワンマルガムと退治する。 世界の破滅の原因はカグヤだと罵るアークワンマルガムに、宝太郎は悪いのはカグヤを理由に世界を襲うお前たちだと毅然と言い放つ。そんな宝太郎の言葉にカグヤも心を開くと共闘を宣言。宝太郎はプラチナマルガムに、カグヤはレジェンダリーレジェンドに変身！アークワンマルガムに戦いを挑む。 ガッチャードはケミーの力で、レジェンダリーレジェンドはゼロワン3ライダー、ジオウ3ライダーの力でアークワンマルガムを攻撃。マルガムからケミーを奪いアークワンへとパワーダウンさせると、最後は二人の合体攻撃で粉砕。クロックの破壊にも成功する。 カグヤとの友情を確認した宝太郎らはカグヤの歓迎パーティーを開くが、カグヤはバトラーとともに元の世界へ帰ることに。宝太郎とカグヤはがっちりと握手、互いの友情を確認し合った。 そのころ、ギギストはアークワンマルガムと戦うプラチナガッチャードの体内に潜む“あるもの”を発見していた。「見つけたぞ」と不気味に笑うギギスト、その目の先にあるものとは？

錬金連合の本部に冥黒王ギギスト（声・置鮎龍太郎）が現れた。スパナ（藤林泰也）とミナト（熊木陸斗）の眼の前で連合の幹部を消滅させたギギストにスパナの怒りが爆発。ライダーヴァルバラドに変身し、ギギストに立ち向かう。 しかし、ライダーヴァルバラドはすべての攻撃を跳ね返され、逆にギギストの強烈な一撃に変身を解除。ミナトは錬金術を使い、スパナとともにその場から撤退する。 買い物中にタイムロードによって空間移動させられた宝太郎（本島純政）の前にギギストが現れた。ギギストは宝太郎の体に潜む“あるもの”を奪おうとするが失敗。ならば、とスケボーズとアントルーパーを奪ってしまう。 苦しむスケボーズたちを助けようとする宝太郎だったが、ギギストは「ケミーは本来、人に害を成す存在」と言い放つと、悪意を媒体にすることなくスケボーズをマルガムへと変えてしまう。 宝太郎は駆けつけたりんね（松本麗世）とともにガッチャード、マジェードに変身。スケボーマルガムと戦うガッチャードのサポートをしようとしたマジェードだったが、突如現れたクロトーレビス（宮原華音）に邪魔をされてしまう。 以前とは違うスケボーマルガムの格段の強さに苦戦を強いられるガッチャードに、蓮華（安倍乙）と錆丸（富園力也）も援護。ガッチャードはスーパーガッチャードクロスユーフォーエックスにチェンジし、スケボーズを助けようと戦うが、なぜか「このまま戦っていいのか？」と奇妙な違和感を抱く。 ガッチャードが攻撃をためらう間にマルガムの標的は蓮華、錆丸へ。二人を守ろうとするガッチャードはプラチナガッチャードにチェンジ、必殺のライダーキックでついにスケボーマルガムを撃破する。 しかし、スケボーズは宝太郎が手にしたブランクカードに戻ってこない。驚いた宝太郎はなんと真っ白になったスケボーズを発見する。 「おい、どうしたんだよ、スケボーズ！」 スケボーズにいったい何が…！？