前シーズン最終話で脱獄したシリアルキラー13人は、逃亡者特捜班からBAUに出向してきたルーク・アルヴェスの活躍で8人が逮捕された。残りは5人。ロッシはルークの腕を見込み、正式にBAUに異動するよう勧める。そんなある日、「クリムゾン・キング」ことダニエル・カレンというシリアルキラーと同じ手口の事件が発生。被害者ブライアンは手かせで両手を縛られ、腹には「BAU」の文字が刻まれていた……。

とある深夜。放火事件を解決し、右手に包帯を巻いて帰宅したJJをウィルが迎える。風邪をひいてせき込む次男のマイケルに激しく動揺するJJ。話を聞くと、カリフォルニア州で発生した事件では、14歳の少女と11歳の少年が相次いでさらわれ、ベッドに鎖で縛り付けられ焼き殺されたのだという。2年前にサンディエゴで起きた放火殺人と同一犯と判断されたが、手掛かりはゼロ。そして新たに16歳の少女がさらわれ……。

ホッチが特別な任務でしばらくBAUを離れることになり、プレンティスがロンドンから助っ人に来る。そこに、フロリダ州でドラム缶にコンクリート詰めされた女性遺体が相次いで発見される事件が発生する。被害者はいずれも息子を持つ30代のシングルマザー。遺体にはロボトミーの施術痕があることも判明した。さらに3人目の被害者が見つかると、遺族の目撃証言からコンクリートに着目したBAUは現場を張り込む……。

アルツハイマー病を患う母親が画期的な治験を受けられることになり、リードは大喜び。そんな折、地元のバージニア州のアパラチア山道でバラバラに切断された人体が相次いで見つかる事件が発生する。確認された遺体は5人分。死後1年半近くたったものから1週間までと幅があり、犯行の間隔は徐々に狭まっているらしい。BAUと警察は雑貨店でドッグフードの缶詰を盗んだホームレスを容疑者として追っていく……。

ある夜、女子高校生アマンダがパーティーから帰宅すると父母と弟が撃ち殺されていた。治安のいい住宅街で起きた事件だが、幸せそうな家族の陰の部分が明らかになっていく。アマンダの父親は薬物依存、母親は不倫中だったのだ。容疑者としてその不倫相手が浮上するがプロファイリング結果に合わない。そんな折、アマンダと同じ高校に通うマシューの家族が殺された。ガルシアがアマンダとマシューのフェイスブックを調べると……。

ある朝、BAUに悲しい知らせが届く。ホッチ不在の理由が実は特別任務ではなく、「ひっかき男」ことピーター・ルイスから身を守るため証人保護プログラムが適用されたというのだ。果たしてホッチの取った行動とは……。そんな中、少年3人の失踪事件が発生する。その町では33年前にも同世代の双子が失踪していた。BAUは、この2つの事件になんらかの関連性があるものとして捜査を始めることに……。

ルイスの弟ガブリエルは、イェール大から学費免除で入学許可が出るほどの秀才だったがこれを蹴り、怪しげなもうけ話に乗って破産寸前になるなどのトラブルを引き起こしていた。救いの手を差し伸べていたルイスも愛想を尽かし、姉弟は疎遠に。そんな2人を心配した父アルバートが家族関係を修復しようと、ワシントンDCのカフェで会う計画を立てる。しかし、そこに現われたのは、自分がガブリエルだと主張する見知らぬ男だった。

ワシントン州ヤキマで売春婦の拉致事件が発生。発見現場に向かったJJとルークが周辺を捜索すると、2桁に及ぶ被害者が見つかり、どの被害者にも麻布と有刺鉄線が巻かれていたため宗教的な犯行を連想する。一方BAUは、5年前に殺された女性への危害が過剰だったため、彼女の知人による犯行とにらむ。その女性の勤めていた飼料店の顧客記録から、ある親子が浮上し、その父親がカルト宗教の元メンバーであることが分かり……。

シリアルキラーのトミー・イエーツは、未発見の被害者の遺体の場所を毎年ひとり、自分を逮捕したロッシの誕生日に教えることを条件に死刑を免れ服役していた。ピーター・ルイスの仕組んだ脱獄事件で外に出たイエーツは、ロッシに電話をかけて現役復帰を宣言し、これから殺す予定の人物とその埋める場所を告げた。ロッシはイエーツの手口に微妙な変化が生じたことから、健康状態に問題があるのではないかと考え……。

ウォーカーは、サンディエゴの高級住宅街で起きている連続強盗殺人事件について、友人から相談を受けていた。事件は裕福な家庭が強盗に押し入られ、部屋を荒らされた上、殺されるというもので、2組の被害家庭は裕福であることと居住地域が近いこと以外に共通点はない。BAUは犯行状況を分析し、ギャング集団の仕業であろうと推理する。そのリーダーはしらふだが、その他のメンバーはドラッグやアルコールで酩酊状態にあり……。

検視官のグレイソンは、自殺したらしき遺体の腕に付いた印に目を留める。それは以前、自殺として処理した遺体に付いていたものと酷似していたため、グレイソンは警察に連絡し、BAUが捜査をすることに。周囲の人の話によると、2人は自殺の予兆もなく、ボランティア活動に熱心だったことが判明。犯人に自殺を強要された疑いが強まる中、新たな被害者が出てしまう。彼もまたボランティア活動に携わっていたことが分かり……。

カリフォルニア州のパームスプリングスで、腕・足・首を切断された胴体だけの遺体が連続して発見される。被害者の身元は運よく判明し、聞き込みの結果、2人とも離婚や離別の悲しみから酒浸りだったことが分かる。そうこうするうちに、ゲイ・タウンのど真ん中で胴体が相次いで発見されたため、犯人はゲイ・コミュニティーと関わりのある人物だと推測。被害者の行動を追ううち、あるゲイのカップルが捜査線上に浮上してきて……。

ヒューストンに行ったはずのリードが、麻薬の不法所持によりメキシコで逮捕され、BAUに衝撃が走る。逮捕当時のリードは、明らかに薬物の影響下にあり、自分の名前すら思い出せずにいた。プレンティス、ロッシ、アルヴェスはリードの潔白を信じ現地に向かう。更に、国際捜査班のシモンズとクララも応援で現地に駆け付ける。リードは自分の腕にローザ・メディナという名前が書かれていることに気付く。

フロリダの同じ道路で同じモデルの車が通行人をはねた後、衝突するという不審な交通事故が相次ぐ。ドライバーの話によると、突然車が制御不能になったという。犯人は車のシステムをハッキングしているらしく、ガルシアがBAU機で現地に同行することに。BAUたちの到着後、新たな事故が起きるが今回は車種も道路も違っていた。さらに、被害者がはねられる前、車が被害者とは別の通行人をよけていたことが分かり……。

拘置所の定員オーバーで刑務所に移送されたリードは、保護拘置のはずが一般棟に入れられてしまう。勝手の分からないリードは早速いじめを受けるが、元FBI捜査官の受刑者ショーに救われる。一方ガルシアは、リードとの面会の予定を張り切って立てていたが、通りすがりに高濃度の硝酸を浴びせられ、死傷者が相次ぐという事件が発生する。目撃者の証言から、犯人が旧約聖書の一節をラテン語で叫んでいたことが分かり……。

リードと面会したJJ。刑務所での日常を忘れるため最新の事件について知りたがるリードをふびんに思いながら、JJは事件について語り始める。事件は、指や手足の骨を砕いて大量出血死させるという手口で、犯人には「ボーン・クラッシャー」というニックネームがついていた。被害者はいずれも20代の知的な女性たちで、体内からはアルコールとMDMAが検出されており、一見外見が魅力的なサイコパスの仕業のようだったが……。

リードとの面会から戻ったガルシアから、リードが刑務所で暴力を受けていると聞いたアルヴェスはこの事態をなんとかすべく動き出す。そんな中、バージニア州の小さな町で2つの連続殺人事件が発生。手口も被害者の特徴もまったく異なり、一見何の接点も無い2つの事件だったが、どちらの事件も被害者が心臓への一撃で死んでいることが分かる。BAUは署名的行動の一致から、2つの事件が同一犯によるものと考え始め……。

ロッシはリードのいる刑務所を訪れるが、受刑者が麻薬を持ち込んだという理由で、刑務所が突然封鎖されてしまう。一方、刑務所内で唯一の友人をフレイジャーに殺されたリードは、刑務所内で厳しい日々を送っていた。そんな中、マンハッタンでは、16歳のケイティが拉致され血液を抜かれるという事件が発生。同様の事件は以前にもあったが被害者は薬物依存症の家出人で、健康的な高校生が襲われたのは初めてで……。

アリゾナ州サワロ国立公園で3体の遺体が発見され、いずれも磔のように杭に縛られ、首には電気ショックの首輪、肩には青い布が掛けられていた。それぞれの遺体の前には岩と水の入ったペットボトルが置かれており、そこから犯人と思われる人物のDNAが発見されるが、犯罪者データベースと照合しても何も出てこない。被害者が貧しい家庭から大学に進んだ学生だったことから、優等生への嫉妬や恨みが犯行動機かと思われたが……。

ウォーカーのBAP時代の同僚サムが心臓発作で倒れた。フルマラソンを走るくらい健康なサムの心臓発作に違和感を覚えたウォーカー。倒れたときの状況から、サムは放射性物質を注射されていたことが分かり、さらにサムは被爆による多臓器不全を起こしてしまう。サムが無作為に選ばれた被害者だとにらんだBAUは、サムの前にも連邦職員が2人、いずれも心臓発作に似た症状で入院し、多臓器不全で亡くなっていたことを知り……。

メキシコのモーテルでナディ・ラモスを殺害したのは、10年前の誘拐事件の被害者リンジー・ヴォーンだった。当時からサイコパスの一面を見せていた彼女は、証人保護プログラムに入って足を洗った父親に代わり殺し屋の道を歩んでいた。BAUはダイアナの安否を確認するが、リードの部屋はもぬけの殻で、ダイアナはリンジーに誘拐されたと推測する。やがて、リンジーがリードのアパートの同じ階に部屋を借りていたことが分かる。

リードと再会したキャットは、ダイアナの生死を懸けたゲームを提案する。4時間以内に正解を出さないとダイアナの命はないという。再びリード対キャットの頭脳戦が始まり、やがてキャットが妊娠していることが分かる。子どもの父親が誰かについて、話す2人。動揺するリード。一方、ダイアナを拉致していたリンジーは、BAUを待ち受けていた。そして決着がついた後、BAUに意外な人物が訪れてきた。それはいったい……。