アマンダ殺害に端を発した一連の事件から、半年が経ったある日。検事の手により正体を暴かれたクインこと、本名リンジー・ドワイヤーの裁判が始まろうとしていた。容疑は2年前に起きたオフィスビル爆破による殺害。恋人のオフィスに小包爆弾を送り、7名を殺害したとして死刑を求刑する検事に対し、クインの弁護についたオリヴィアたちは徹底的に反論。しかし、有罪は免れない事態に直面する。一方、ホワイトハウスでは、オリヴィアと“ある取引”をした大統領夫人メリーが妊娠を発表。支持率の上昇を目論むメリーは…。

著名な公民権運動家のマーヴィン・ドレイク牧師が行方不明になった。捜索を開始したオリヴィアたちは、あるホテルに辿り着くが、そこで想像を絶する光景を目の当たりにしてしまう。なんと牧師は腹上死していた上に、遺体の下で助けを求めていた謎の女性はベッドに手錠で繋がれているという異様な姿だった。“知られざる牧師の素顔”を守るため、オリヴィアは検死の中止を大統領グラントに頼み込むが…。その頃、検事のデイヴィッドは、クインの裁判を機にオリヴィアを疑い始め「必ず手口を暴いてやる」と、調査に乗り出す。

「執務室からの夜中の電話はバレている」と、オリヴィアの前に突然謎の男が現れる。男は、アーティ・ホーンバッカ―と名乗り、NSA(国家安全保障局)に勤務しているという。そして「政府は“ソーンゲイト”というシステムを使い、秘密裏に国民を監視している。そのデータを持ち出した自分は命を狙われている」と、援護を必要としていた。「NSAと勝負をするのはやめろ」と、周囲から猛反対されるオリヴィアだったが…。一方、オリヴィアの調査を進めていたデイヴィッドは、クインの爆破事件が“隠ぺい工作”だったと気づく。

デイヴィッドはオリヴィアの下で働くアビーに接近。やがて彼は、爆死したクインの元恋人が、事件前に“ドイル・エネルギー社”の警備責任者と連絡を取っていたことを突き止める。石油業界の大物で大統領の支持者としても知られるホリス・ドイルの会社“ドイル・エネルギー社”と、爆破された“サイトロン社”の関係を怪しむデイヴィッド。その頃、オリヴィアは失踪した大学生ジェニー・ナイストロームの行方を追っていた。すると、ジェニーが大物政治家を相手にセックスと薬物に耽っていた、という素顔が明らかになり…。

クインの爆破事件の裏には“大きな陰謀”があると確信を持ったデイヴィッド。彼の動きを察したサイラス、オリヴィア、メリー、ホリス、そして最高裁判事のヴェルナの5人は極秘裏に集まりデイヴィッドへの対処について話し合いを重ねていた。そんなある日、メリーランド州知事のレストンが「妻をレイプした男を射殺した」と、政治生命の危機を救ってもらおうとオリヴィアを訪ねて来る。ところが、アニーの調査で妻はレイプされたのではなく、不倫をしていたことが発覚。オリヴィアはレストンの計画殺人を疑い始める。

オリヴィア宛てに差出人不明の楽譜と、10万ドルの小切手が送られてくる。楽譜を目にしたハックは、すぐにそれが「ドイツ軍が使用していた旧式の暗号」とわかり解析を進める。暗号には「スパイたち」「守れ」とあり、6名の名前も記されていた。ハックの名前もあったことから、全員がCIAの極秘事業“B613”に従事したスパイと推測。“B613”を狙う“敵”を暴くことを決意したオリヴィアは、国際的ハッカーのサーノフに接触する。一方、デイヴィッドは、爆破された“サイトロン社”が大統領選挙用の投票機を製造していたと知る。

ホリスの“パイプライン計画”までも調べ上げたデイヴィッドは、これまでの調査を誰かに引き継ごうと考え、記者のジェームズに近づいていく。そして、大統領選において“不正”が行われた疑惑があると伝え、調査資料をすべて彼に預ける。半信半疑のジェームズだったが、資料を読み込むうちに独自調査に動き出す。早速、オハイオ州の郡“ディファイアンス”に飛んだ彼は、投票機の操作による“不正”の証拠を探し始める。その時…大統領グラントの誕生祝賀祭に沸く会場で、突然…世界を震撼する大事件が勃発する!

誕生祝賀祭の会場で3発の銃弾を受けた大統領グラントは、ジェームズ・マディソン病院に緊急搬送される。副大統領サリーは、サイラスの指示も待たずにホワイトハウスに入り、勝手に陣頭指揮を執り始めていた。混乱するホワイトハウスで、サイラスとサリーは激しく対立。そんな中、報道官のケイガンも銃弾に倒れたため、オリヴィアが一時的にホワイトハウスに戻ってくる。グラントの容態を案じながらも、かつての思い出に心を寄せ、毅然とした態度で再び会見の場に立つオリヴィア。予断を許さぬ状況が続くグラントは…。

一向に回復の兆しを見せない大統領グラント。さらに、医師から「意識が戻っても脳損傷による後遺症の不安は免れない」と報告を受けたホワイトハウスは、不穏な空気に包まれていた。そんなある日、密かに閣僚たちへの根回しを進めていた副大統領のサリーが、大統領職を引き継ぐことになる。早速、彼女は葬儀の準備を始め…。一方、大統領狙撃事件の容疑者として指名手配されているハックは、事件当夜に起きたことをハリソンたちに告白。彼らはハックの恋人が罠を仕掛けたと睨み、オリヴィアを呼び戻すと調査に動き出す。

愛国者法違反でFBIに逮捕されたハック。ある晩、オリヴィアを訪ねて来たヴェルナは「彼は私のせいで捕まった」と、真実を打ち明け謝罪する。そしてサイラス、メリー、オリヴィアを前にした彼女は「ホリスが大統領暗殺を企てた」と、仲間による裏切り行為を語り始める。するとメリーは、大統領代理となったサリーに急接近するホリスからグラントを守ろうと、“大統領は意識を取り戻した”という復権要求書を偽造してしまう。この嘘を真実に変えるため、根回しに奔走するオリヴィアたち。しかし、メリーを怪しむ人々は…。

恋人のエディソンは復権要求書の偽造、そして大統領グラントとの関係までも疑いオリヴィアを問い詰める。激怒する彼女に「怒るのは何かを隠している時だ」と、食い下がるエディソンだったが、別れを告げられ家から追い出されてしまう。核心を突かれたオリヴィアの“罪”の数々…。それは、2年前から始まった。当時、大統領選で苦境に立たされていたグラント陣営は、対抗馬レストンを倒す秘策を模索していた。応援に現れたグラントの父ジェリーはレストンの汚点を探れと命じ、ホリスは投票機による不正選挙を提案する。

「サイトロン社爆発事件は隠ぺい工作。大統領選挙の不正にはあなたが関与。官邸の上層部には共謀者がいるはずだ」と、遂にデイヴィッドがホリスを呼び出し、司法取引を持ちかける。すぐにホリスは「デイヴィッドを黙らせろ」と、オリヴィアに事態の修復を図るよう指示を出す。しかし、不正に関わった罪の意識に苛まれていた彼女は「彼は善人。私たちは悪人」と、ひとり苦悩してしまい…。その頃、ホワイトハウスでは、大統領グラントが離婚を決意。サイラスの説得にも応じず、グラントは“真実の愛”に生きようとする。

ホリスの命を狙う者がいると知ったオリヴィアは、ハックに助けを求める。危機一髪のところで、ホリスを救い出すハック。無事を知ったオリヴィアは、ホリスへ司法取引には応じないよう命じる。その頃、デイヴィッドは大統領選での不正に関する証言を求め、ジェームズに大陪審への召喚状を送っていた。一方、ホワイトハウスでは、大統領夫妻の新生児お披露目撮影会が開かれる。離婚を迫るグラントをよそに、メディアの前で幸せな妻を演じるメリー。そしてこの時、グラントの“真実の愛”に再び試練が訪れようとしていた。

ヴェルナが死亡した上に、大統領グラントから「待つな」と別れを切り出されたオリヴィア。10カ月の時が過ぎた、ある朝。連邦検事局の職を失ったデイヴィッドから、ベッドには血まみれの女性の遺体、手には血糊のついたナイフがあり「助けてくれ」と、慌てふためいた様子の連絡が入る。早速デイヴィッドの家へ向かったオリヴィアたちは、遺体を処理し、女性の身元調査を開始。すると、殺害された女性ウェンディと国防総省に接点があることが判明。デイヴィッドの“正義”を信じ、オリヴィアは国防総省に乗り込んでいく。

デイヴィッドの家で殺害される直前、ウェンディがダウンロードしていた極秘ファイル“アルバトロス”を発見。オリヴィアは、国防総省のジェイクから“アルバトロス”は内通者の偽名だと知らされる。その矢先、何者かに尾行されていると感じたデイヴィッドは、身の危険に怯え始める。一方、選挙での不正の事実を知って以来、心を閉ざし酒に溺れる大統領グラントは、ジェイクにオリヴィアの監視を命じていた。海軍時代の戦友という堅い絆で結ばれている2人。しかし、ジェイクは密かにオリヴィアへの想いを募らせていた。

オリヴィアのもとへ、新たな依頼人サラ・スタナーが現れる。彼女は大企業“ライオ社”のCEOを務め、夫フィルと2人の子供と共に幸せに暮らしていた。しかし今、ロースクールに通っていた15年前の“不倫関係”が、メディアにリークされたという。なんと不倫相手は、最高裁判事候補のマレー・ランドール。“大スキャンダル”になると確信したオリヴィアは「全力であなたを守る」と言うと、メディアにすべてを告白するよう提案する。一方、ハックとクインは、人質事件への関与が疑われるCIA長官オズボーンの尾行を始め…。

オリヴィアのもとへ、ホリスが依頼人として現れる。彼の娘であるメイベル・ドイルが誘拐されたという。犯人は身代金を要求してきたが、ホリスは犯罪歴のある娘に嫌悪感を示し「出す金は1セントもない」と、頑なに拒否。その矢先、切り落とされた“メイベルの片耳”が送られてくる。オリヴィアは、犯人との直接交渉に挑むが…。一方、ホワイトハウスでは、大統領グラントが人質事件の情報源を探ろうと、ジェイクを呼び出す。ジェイクは“ある証拠”を手に、「オズボーンのような人間には、すぐに対処すべき」と進言する。

オズボーンが車の中で自殺を図り、死亡した。ただちに大統領グラントは、記者会見の席で「オズボーンを政府内の内通者と断定した」と発表。事件はすべて解決したと思われたその時、オリヴィアのもとへ助けを求め、駆け込んできたのはオズボーンの妻スーザンだった。彼女は「夫は殺された」と言い、遺書に記された“ある言葉”の違和感が拭えないと訴える。早速、調査に動いたオリヴィアは、オズボーンをハメた“ある罠”に気づく。オリヴィアの一部始終を監視していたジェイクは、その事実を“謎の男”へ伝えに行き…。

ジェイクと争い頭を強く打ったオリヴィアは、意識を失ったまま病院に搬送される。連絡を受けた大統領グラントは、オリヴィアに寄り添い夜通しで看病を続けていた。目覚めたオリヴィアに、これまでのことを謝罪し愛を告げるグラント。しかし、深く傷つけられた彼女は「信じられない」と、グラントを冷たく突き放してしまう。その頃、倉庫から救出されたハックは、部屋の隅にうずくまったまま、意味不明な「752」という言葉を繰り返し呟いていた。クインたちの問いかけにも反応せず、正気を失ったかのようなハックは…。

倉庫の監視カメラ映像を精査していたクインたちは、ハックに襲いかかった男をチャーリーと特定。そして、チャーリーがサイラスに雇われていたことをオリヴィアに報告した彼らは「内通者はサイラスかも」と、疑い始める。唖然とするオリヴィアだったが「彼を“アルバトロス”と疑うからには確実な証拠がないと」と言い、密かに調査を進める。一方、大統領グラントに「時間が来たら、オリヴィアとの関係をブチまける」と宣言したメリーは、迎賓館へ移り住む。“その時”が迫る中、グラントはオリヴィアの家へと向かっていた。

遂にメリーが、大統領グラントの浮気を暴露。取材合戦が白熱する中、ホワイトハウスは連日メディア対策に追われていた。オリヴィアは、フィクサーとして今の状況を解決したいと提案するが、大統領グラントは「何もするな。時には傍観者になれ」と、自力で乗り越えることを約束する。そしてグラントは、サイラスを前に辞職も覚悟の上で「隠さずに愛したい」と告げ、次期大統領選にも出馬しない意向を伝える。一方、オリヴィアたちは、副大統領のサリーを“アルバトロス”と睨み調査を続けていたが、ある新事実が発覚する。

チャーリーから“アルバトロス”の名前を聞き出したハックとクイン。その直後、オリヴィアの金庫から“サイトロン社のカード”が盗み出されていることに気づく。とっさにクインたちはチャーリーを疑うが、オリヴィアは“アルバトロス”の背後にレストン知事がいることを確信する。しかし、既に大統領グラントを脅迫し、取引を持ちかけていたレストン。早速、彼女は「ディファイアンスでの不正の証拠を用意する」と言うレストンとの交渉に臨むが…ほどなくして“オリヴィアの最も危険な秘密”も暴露されようとしていた。