ショッピングモール近くの空き地で、会計士テッド・ハービソンの変死体が発見された。目撃者の証言などから強盗殺人として捜査を開始したが、検死を行ったミーガンは腹部の手術痕や体内の異変に気づくと医療ミスを疑った。奇しくもテッドは、ミーガンの元勤務先であるノースイースト総合病院で、胆のう摘出手術を受けたばかりだった。捜査協力を求め、かつて友人だった病院の理事長グウェンを訪ねるミーガン。しかし、2人の間には深い溝ができていた。元脳神経外科医だったミーガンには、ある隠された過去があり…。

元夫のトッドと局長のケイトとの交際は順調に進んでいた。遂に娘レイシーを連れ3人でボストン旅行に行くと知ったミーガンは、動揺を隠せない。そんな時、森で身元不明の女性の遺体が見つかった。全身に暴行を受けた痕が残っていたが、ミーガンは遺体の骨折から乗馬中の事故と推測した。捜査を進めると被害者は、馬術の選手で受刑者の更生のために乗馬セラピーも行っていたブリン・ウォーカーと判明。事件を知った乗馬好きのレイシーは、思いがけず捜査に協力できるとわかると、ミーガンと共に捜査現場に向ってしまう。

白昼の大通りで、6歳の男児ノア・パーカーが誘拐された。一緒にいたベビーシッターのヘレンはノアを助けようとしたが、犯人の車にひかれ死亡する。FBIのデレクが捜査の指揮を執り、カーティスたちは遺体の太腿に残ったヘッドライト痕から誘拐犯の車を特定。容疑者ジェイソンが逮捕されるが、刑事バドの尋問中に急死してしまう。バドは故殺を疑われ、解雇の危機に直面。その頃ミーガンは、ヘレンとジェイソンの遺体を検死し奇妙な共通点を見つけ、デレクと捜査を共にする。そして、意気投合した2人は急接近してしまい!?

緊急通報用電話に助けを求めてきた高校生ジェイクが、フィッシュタウンで変死体となって発見された。遺体と周辺の壁には、謎の矢印が発光インクで描かれてあり、ミーガンたち捜査チームはジェイクが秘密のパーティーに参加していたと推測した。死因は薬とアルコールの過剰摂取と考えられたが、致死量には達していなかった。しかも通報したのはジェイクの友人とわかり、捜査は更に難航した。一方、元夫のトッドが突然引っ越しを決意。レイシーも連れて行くと言われたミーガンは、デレクとのデートもおざなりになっていく。

早朝、1台の車が土手から落ちて木に激突し、乗っていた男が死亡した。犠牲者はダニエル・デヴィッドソン。ミーガンは、遺体の状態を見るなり「車内に固定され、突き落とされた殺人」と断定する。早速、ダニエルの住む高級住宅街へ調査に向かうが、ミーガンは街に漂う不穏な空気を察した。捜査を進めると、人妻ヴィッキーは近所の人々とスワッピングをしているばかりか、偽の投資話も企てていた。そして事件前夜、ダニエルが彼女を訪ねていた事実も突き止める。そんな捜査中、ピーターは街のある女性に恋心を抱いてしまう。

家族で鹿狩りをしていたジュリー・ローブが、突然首を撃ち抜かれ死亡した。事故とは考えにくいが、殺人の証拠もない。しかしミーガンは殺人と疑わず、家族を前に「狙って撃たれた」と断言し、夫マーティンの首の傷を見つけると犯人の疑いをかける。憤慨するマーティンは大富豪である自らの権力を使い、市長を通しミーガンを事件の担当から外させる。局長のケイトが検死を行うと言い、ピーターも連れて行かれ落胆するミーガン。別の検死を渋々担当するが、ミーガンはそこでジュリー事件との意外な接点に気づかされる。

新人の遺体搬送係ダニーが、ドラッグの過剰摂取で死亡したアレックス・グラントの遺体を検死局に運んできた。イーサンはダニーの美貌に一目惚れしてしまう。その瞬間、まさかの遺体消失騒動が勃発する。検死局スタッフが探し回り、瀕死状態のアレックスを発見。ミーガンによると、彼は低体温症に陥り死亡と誤認されたという。銃創を負ったアレックスは「ルームメイトのポールに撃たれた」と言い残し、病院に搬送される。しかしその直後、ポールの射殺体が発見され事態は一転。ミーガンはアレックスを容疑者と疑い始める。

スクールキル川から、製薬会社の営業担当エイミー・グリーンの溺死体が上がった。遺体は下着しか身に着けておらず、体に傷はあるが致命傷はなかった。しかし、検死を始めたミーガンは遺体の異常さに唖然とする。なぜか全身の血液がすべて失われていたからだ。胃の中の成分を調べると、エイミーは死ぬ直前に珍しい種類の牡蠣を食べていたことがわかり、その牡蠣を提供している店を手掛かりに捜査が始まった。同時にミーガンはレイシーのために部屋を改修しようと懸命になるが、そんな母の姿を見てレイシーは思い悩む。

ペンヒル大学で、解剖実習のための遺体がすり替えられる事件が起きた。通報者は、学生のドーラ・メイソン。安置室で確認したはずの男性遺体は消え、そこには身元不明の女性遺体が横たわっていたという。解剖学教授フィッシャーは病院の手違いだと主張するが、ミーガンは遺体を一見するなり事件を疑い検死を開始する。遺体の背中一面に彫られたトンボのタトゥー、死後に帯状変色を起こした瞳の色から捜査チームは身元確認を急ぐが、局長ケイトは恩師フィッシャーへの疑惑が拭えず、ひとり病院へ乗り込んでいく。

宝くじで5000万ドルを当てたウォルター・ブラウンが、自室の窓から大量の紙幣をバラまいた後に刺殺体となって発見された。ミーガンは遺体の損傷から、怨恨による犯行と推測。実際、大金を手にしてからのウォルターは仕事も辞め、チャリティー活動や元同僚たちへの贈り物に金を使う日々を過ごしていたが、そんな彼を「金で変わった」と怒りを持つ者もいた。しかしミーガンは検死を進める中で、ウォルターの人格変化の原因は金ではないことに気づく。一方レイシーは、母ミーガンから検死局でのバイトを強制されてしまい!?

残酷な処刑を思わせる男の銃殺体が空き地で発見された。身分証明書から、被害者は麻薬の売人で知られるジョニー・ヴァスケスと判明。しかし翌日、検死局にやって来たピーターの元同僚である刑事チャーリーによると、ジョニーは潜入捜査用の偽名であり、殺害されたのはエディという刑事だったという。遺体に付着していた髪の毛から、警察はかつて薬物所持で逮捕したホイットセットを犯人と断定するが、ミーガンは否定。それは真犯人による偽装だと訴える。困惑するピーターをよそに、警察と検死局は対立してしまい…。

メリッサ・ワックスマンが挙式当日、ホテルのバルコニーから転落して死亡した。バドは他殺と疑わず、花婿のマーク、実父レナード、元恋人のザックを執拗に取り調べていく。検死を始めたミーガンは、メリッサがボトックスを使用しているばかりか、全身に整形手出術を施した痕を見つけ、担当医サラのもとへ調査に訪れる。そこで手術代金はすべてザックが支払っていたことが判明。同時にバドは、ザックの決定的な証拠探しに奔走する。ちょうどその頃、レイシーも美容に強い関心を持ち始め、ミーガンは不安を募らせていく。

街の伝統あるレストラン“サネラズ”の経営者ジョーが、店内の冷凍室で凍死していた。発見者は従業員のデリア。バドとピーターが床に浸みこんだ血の痕を追っていくと、そこには血のついた靴を洗う男がいた。なんと彼は、店の共同経営者であるジョーの義兄ヘンリーだった。取り調べを始めるが単純な会話も成立しない様子に、ミーガンは彼が認知症患者だと判断する。そこでカーティスとイーサンを連れ遺体発見現場をつぶさに再検証すると、ミーガンはある状況証拠からヘンリーは事件の目撃者であると確信を持つが…。

建設現場から生き埋めにされたとわかる女性の遺体が発見された。被害者は5歳の息子の殺人容疑で、無罪判決を受けたばかりのヒラリー・ストーン。渦中にある人物の殺人事件にマスコミ合戦が過熱する中、犯罪系テレビ番組“正義の神殿”の名物司会者シーラ・テンプルは、ヒラリーは有罪だったと断言。加えて無罪判決を下したミーガンの母・ジョーンを糾弾し、検死担当のミーガンまでも徹底的に批判した。そんなある日、ミーガンはシーラの取材を受けると、カメラの前で「シーラがヒラリーを殺害した」と発言してしまう。

選挙に敗れた無職の母ジョーンとレイシーを連れ、NY旅行を企画していたミーガン。しかしその矢先、事件の連絡が入る。タクシーが事故を起こし、追突された車のトランクの中から男性の銃殺体が発見されたという。車の所有者は誰かがトランクに入れたと主張し、遺体は身元不明。被害者の体に残された傷痕や、銃弾に付着していた黄色の塗料を唯一の手がかりに捜査が開始された。その頃、ミーガンを待つジョーンとレイシーは、あるSNSサイトを見つけミーガンに成りすましアクセスすると、デートの約束までしてしまい!?

母と娘のいたずらから始まったエイデンとの交際が急ピッチで進行中のミーガン。レイシーが留守の日を選び、遂に２人きりの夜を迎えられたものの…、またもピーターの電話で呼び出され、現場へ急行することに。自宅で殺害された被害者は宝石店の経営者マイケル・ラックスと妻のロビン。マイケルは頸動脈が切られ失血死、ロビンはアレルギー反応のせいで窒息死していた。ミーガンは妻の殺され方に着目し、ある仮説を立て捜査を進めていく。そしてピーターは、マイケルとロビンの間に隠された子供がいることを突き止める。

女子大生のドナとキャリーが車で事故を起こし救急救命室に運ばれるが、キャリーは昏睡状態となり、ドナは死亡する。運転席のドアポケットからビールの空きビンが見つかり、当初は飲酒による事故と思われたが、ミーガンの検死によって2人は何者かに撃たれたことが判明。ピーターとバドは2人の交友関係を探りに大学を訪れ、事件に関連するような一枚の写真を入手する。一方、ミーガンは医師会の功労賞に選出され、エイデンと共に授賞式に出席。ところが、式の途中に母ジョーンから「レイシーが倒れた」と電話が入り…。

ピーターの目の前で、ダニーが死亡した。突然、意識朦朧状態に陥り、車にひかれ、大量の血を吐き即死したという。ミーガンが検死を担当するが、翌日になると思いもよらぬ事態がフィラデルフィア市を襲い出す。ダニーと同様の患者が、次々と病院へ搬送されてきては、死んでいく…。突然高熱を出し、血を吐き、苦しむ患者たちをミーガンは謎のウィルスに感染したと断定する。そこへテロリストから犯行声明の映像が届き、FBIも捜査に加わるが、彼らは市民の混乱を案じ“髄膜炎の流行です”と嘘の声明を発表してしまう。

検死中の怪我でウィルスに感染したケイトは、記者会見中に倒れ隔離病棟に搬送される。こうした患者が増加する中、FBIと警察は、大半の被害者が６つの場所で感染源であるテロリストと遭遇していたことを解明する。しかし、どの場所にも属さない“孤立値”と呼ぶ10人の足取り調査は難航し、FBIはこの“孤立値”の中に犯人がいると睨んでおり、その１人であるダニーも疑っていた。そして検死局では、遂にミーガンが全患者共通の死因が脳の出血にあると突き止める。その結果、発症から72時間で死に至ることも判明し…。

喉をかき切られ、下着も着けていない無惨な女性の遺体が路地で発見された。被害者は18歳のニキ・シューメイカー。ミーガンはレイプによる犯行と思い検死を始めたが、想像を絶する事実を遺体から突きつけられる。彼女の脳はすべて掻き出されており、その残忍な手口には見覚えがあった。かつてミーガンの検死により有罪が確定、終身刑で服役中の連続殺人鬼・ウィルソン・ポーリーのそれと、まったく同じものだったのだ。彼を崇拝する模倣犯の仕業か？まさか彼自身が？ミーガンは意を決して、刑務所のウィルソンを訪れる。