レッドが偽者だという衝撃の事実を知ったリズは、ジェニファーと協力して彼の正体を暴こうとする。FBIではナヴァ―ビがチームに復帰し、レッドからの情報をもとにハンス・コーラー医師の捜査を開始。コーラーは裏社会で名高い美容整形外科医で、多くの犯罪者の顔を作り替えてきた。元患者が武器商人のヴラダキスだと分かり、レッドは彼のもとを訪れる。

リズとジェニファーは、コーラーの顧客リストにレッドの秘密が隠されていると確信し、削除されたデータの復元を急ぐ。一方、FBIから逃れた「コルシカ人」ことバスチャン･モローは、トルコの特使アルブレヒトになりすましていた。レッドはモローの目的が国連ビルの爆破であることを突き止め、爆弾を作った張本人ルディガーを連れて国連ビルに向かう。

リズからの思わぬ裏切りでレッドは逮捕されてしまう。そして、遂にアメリカ合衆国VS最重要指名手配犯レッドの裁判が始まる。しかし、レッドはすぐさま弁護人をクビにし、クーパーを巻き込んで免責の合意がある事実を訴えるのだった。バージニアの倉庫では5人の死体が発見され、リズは闇の医療実験を行っているバイオハッカーのスポルディング・スタークを追う。

劣悪な環境のコルトン刑務所に入れられたレッド。過去に恨みを買ってしまったバルドメロと再会したことで、刑務所内でマズい立場に置かれる。チームは犯罪者御用達の質店を経営するオールマン夫妻の捜査中、国家機密が質草になっていることを突き止める。一方、リズとジェニファーは、レッドの削除した顧客データについてバックから報告を受けるが…。

レッドは早くも刑務所で地位を確立し、裁判ではみずからの弁護に力を注ぐ。しかし、取引相手だった億万長者のヴァン・ネスが事故に見せかけて殺された事件を知り、レッドは敵が動き出したことを察知する。そして、リズたちにネスの事件を捜査させる一方、デンべには「票集め」に動くよう指示。そんな中、ナヴァ―ビはある後遺症に苦悩していた。

裁判で自身の精神鑑定を要請したレッドは、ミズーリ州の医療施設に移送される。彼の狙いは、その施設にいるある人物と接触することだった。リズはジェニファーとの調査に行き詰まり、チームにレッドからの情報と偽って「死の天使」ことジェラルド・クレッパーを追跡させる。私立探偵によれば、クレッパーは命の価値を計算し、それをもとに人殺しをするのだという。

バイオ産業の重役が昆虫兵器によって殺害された。チームはレッドの情報から「ジェネラル・シロー」と名乗る人物の捜査を開始する。リズはレスラーと共にジョナサン・ニキラ博士に聞き込みを行うことに。一方、レッドは自分に有利な陪審員を確保するため、デンべを陸運局のグレンのもとへ向かわせる。しかし、候補者として法廷に現れたのは思わぬ人物で…。

刑務所で過ごしていたレッドは、所長から一触即発状態にあるギャングの仲裁を頼まれる。一方、リズとジェニファーは、コーラーの看護師だったマルグリート･レナードを誘拐しようとする。しかし、そこで見知らぬ男たちに襲撃され、ジェニファーが拉致されてしまうのだった。レスラーに助けを求めたリズは、レッドの正体を秘密裏に調査していることを告白する。

通報の音声を手に入れたレッドは、デンべに通報者を調査するよう告げる。一方、リズはレッドからの指示で「D大臣」という正体不明の連続恐喝犯を捜査することに。レッドによれば、彼の無罪を唯一証明できる人物だという。そんな中、レスラーが証言台に呼び出されてしまう。嘘をつけば彼も刑務所行きになってしまうが、シマはレスラーの応答に違和感を覚え…。

ペースメーカー会社の社長が、娘のペースメーカーを人質に身代金を請求されていることが分かる。ビットコインの資金洗浄を請け負う「クリプトバンカー」と手を組んだグロモフのしわざだ。一方、裁判所ではレッドとシマの熾烈な戦いが続いていた。しかし、シマがFBIとの免責合意について公表しようとしたため、レッドはみずから有罪を認めてしまう。

レッドの死刑執行日が決まる。面会に訪れたクーパーは、レッドから事態を回避する唯一の方法として、ある口座情報をルクセンブルクの銀行から盗むよう頼まれる。リズは危険なミッションにデンべと2人で挑もうとするが、そこへレスラーたちも合流。チームは口座の名義が意外な人物のものであることを突き止める。しかし、レッドの死刑は刻一刻と迫っており…。

クーパーは大統領に強気な姿勢を見せ、あと一歩のところでレッドの死刑を阻止する。しかし、司法省のマクレーンからレッドに言い渡された取引は、48時間以内にジーグラー暗殺犯を捕らえれば免責合意の契約を結ぶが、失敗すれば今度こそ死刑執行は免れないというものだった。一方、ナヴァ―ビの後遺症について知ったアラムは、彼女を心配してクーパーに報告するべきだと伝える。

無事に免責合意の契約を結んだしたレッドは、仲間を招いてパーティを楽しんでいた。そんな中、彼が師匠と呼ぶ伝説的な犯罪者ロバート・ヴェスコが死を偽装していたことが分かる。ヴェスコの墓に埋葬されていた遺体はアンダーソン・マウントという別人のもので、リズとレスラーはマウントの住所があるカナダに向かう。ナヴァ―ビはモサドを辞めるため、ポリグラフテストを受ける。

モサドを辞めることができたナヴァ―ビは、アラムと2人で旅行に出かける。一方、レッドは各国諜報機関の裏切り者始末を請け負う組織「オスターマン・アンブレラ社」の情報を手に入れる。彼らの次の標的がアメリカ国内にいることが分かり、クーパーはCIAの友人の協力でオスターマンのホッブスと接触。リズとレスラーはターゲットを突き止めるが…。

レッドはリズに自身の商売敵ともいえる「オリヴィア・オルソン」の情報を与える。彼女は敵対的買収のコーディネーターで、マクマーンとも関わりがあるようだ。しかし、今やチームはマクマーンの傘下となってしまったため、彼女に情報が漏れぬよう慎重に捜査を進める必要があった。一方、ナヴァ―ビのことが諦められないアラムは、ある大胆な方法でレッドを脅迫する。

レッドは自分を警察に通報した裏切り者を探す中、リズに「レディ・ラック」を捜査するよう頼む。ギャンブルで破滅寸前の人々をある方法で救済するという都市伝説的な犯罪者で、今回ターゲットとなった人物が「第三身分」に関わっている可能性があるという。レッドの正体を暴こうと独自に調査を進めるレスラーは、リズに過去を掘り返さないよう釘を刺される。

「第三身分」が富豪の子供を誘拐し、巨額の身代金を巻き上げては貧しい人々に分け与えているという。マクマーンが「第三身分」のファイルを司法省に提出していないことから、レッドとチームは彼女の関与を疑う。一方、引き続きレッドの正体解明に力を注ぐレスラーは、カタリーナの母と再婚したテッド・キングに会う。そして、新たな手掛かりを手に入れる。

6年前に解決したはずの女子大生連続凍死殺人事件が、ポッドキャストで再び注目を浴びる。犯人と思われていたトバイアス・カーライルの服役中、同じ手口で殺害された別の死体が発見され、チームは真相究明に乗り出す。一方、裏切り者探しに拍車をかけるレッドを止めようと、遂にリズは真実を告白する。リズとデンべの裏切りにショックを受けたレッドは…。

リズはドムのもとを訪れ、レッドの正体とカタリーナの身に何が起こったのかを聞き出す。カタリーナはケープメイで死んでいなかった。彼女は自力で岸にたどり着き、シェルターで静養後、幼なじみのイリヤ・コズロフと再会していたのだ。2人はKGBの追っ手と戦いながら逃走を続ける。カタリーナが死を覚悟したある日、イリヤは世界を欺く衝撃の計画を思い付く。

裏切り者を排除することで裏社会を生き抜いてきたレッドは、リズを殺すことも許すこともできない自分に葛藤を覚えていた。リズはそんなレッドの様子に困惑しながらも、彼の情報からある子供たちの行方不明事件の捜査を開始することに。レッドから、現場でマクマーンが誘拐犯「ミスター・コットン」と会っていたという事実を聞き、事件と彼女の接点を探る。

マクマーンが必死に捜索していた「文書」は、モローが通りすがりの子供パーカー・グリムのリュックに隠していたということが発覚する。チームはすぐに追跡を開始するが、マクマーンの部下のサンドキストはすでに家族のもとを訪れていた。しかし、メモリの中身がテロ計画の文書だと知ったグリム一家は、危険を察知してみずから避難。リズはレッドの人脈を頼りに家族の保護を急ぐ。

クーパーを始めとするFBIのチームは、マクマーンに大統領暗殺計画の罪を被せられ逮捕されてしまう。一方、隠れていたリズは、タダシの力を借りて仲間を脱出させようとする。レッドもリズに協力するため、ルディガーや「シャドウ・ファイブ」と共に「郵便局」へと向かう。しかし、ロバート・ディアス大統領やマクマーンによる暗殺計画は着々と進んでおり…。