CIAのフロント組織で分析官として働くジョーは、同僚と開発したプログラムで生物兵器テロの可能性を知るが、その後、オフィスを襲撃され同僚全員が死亡。ひとり逃亡者となったジョーは、CIA内部で中東でのテロ計画が画策されてることを知る。ジョーはCIA局員である叔父ボブの協力も得てテロを阻止するが、あまりにも多くの犠牲を払う。そして、自分を陥れたCIA副長官レウエルへの復讐を誓うのだった。 新シーズン、CIAを辞めヨーロッパを転々としていたジョーの前に、ロシア対外情報庁の大佐だという男が現われる。彼はボブが対ロシアのために雇っていた二重スパイで、それがばれてロシア側に命を狙われていた。彼はアメリカへの亡命を助けてくれたら、CIA内部に潜むロシア側の二重スパイ(モグラ)の正体を教えるという。そんな中、ジョーのもとにある悲報が届き…。