3ヶ月前の事件で人質となり、包囲攻撃の最中に銃弾を受けたジェーン・リゾーリは、ヒーローとして地元のイベントに呼ばれる。だがお祝い気分もつかの間で、恐ろしい事件が起きてしまう。そんな中、リゾーリは、高校時代の恋人で現在軍の曹長であるケイシー・ジョーンズに再会する。今、リゾーリの心の傷を癒せるとしたら、彼だけなのかもしれない。

リゾーリとアイルズは、久しぶりに屋外のスパで解放感にあふれ、ゆったりとした時間を楽しんでいる。だがその時、妊娠中の女性が殺害され、二人は即座に現実に引き戻される。また、女性は代理母だったということが判明し、リゾーリとアイルズは、彼女のおなかの中にいた子供の実の両親を捜し出すところから始めなければならなかった。

海軍週間で大勢の水兵たちが上陸しボストンの街が賑わってから間もないある日、一人の少女が遺体で発見され、リゾーリたちは調査に駆けつける。その頃、海軍の将官であるフロストの父もボストン入りし、フロスト刑事とフロスト提督の間には緊張感が高まる。一方、アイルズは以前仲よくなったアンジェラの修理工と今も付き合い続けている。

警察官の娘が、弟の目の前で誘拐される。リゾーリと殺人課チームは、彼女をなるべく早く捜し出すために全力を挙げる。だが、ほんの１時間前にある少女が遺体で発見されており、その事件と娘の誘拐事件との間に関連があるのではないかと疑うリゾーリたちは、時間との戦いを余儀なくされる。

野球チーム“ボストン・ピルグリムズ”のコーチがロッカールームで死亡しているのが発見され、リゾーリとアイルズは、調査のために駆けつける。だが、折しもピルグリムズのオーナーとスター選手は、チームの体制に関して闘争中だった。一方、リゾーリのもう一人の兄弟トミーが、服役を終え釈放されて家に帰ってくる。

一人の兵士が遺体で発見され、アメリカ独立戦争の再現イベントが本当の殺人現場になってしまう。リゾーリたちは調査のため現場に駆けつけるが、アメリカの歴史に詳しいアイルズの知識が事件の解決に役立つ。そんな中、美しく才気あふれるアイルズの母コンスタンス・アイルズ（ゲスト出演：ジャクリーン・ビセット）が、アートの展覧会のためボストンを訪れる。

セーラムという町で、現代の“魔女狩り”ともいえる、恐ろしい事件が発生する。調査のため、リゾーリと殺人課チームはセーレムへ向かう。一方、フランキーの昔のガールフレンドが驚くべき事実とともに町へ戻ってくる。そして、リゾーリは、この状況に対してはっきりとした自分の意見を表明する。

強盗に失敗したと思われる男が路上で殺される。そして、リゾーリとアイルズは彼の家族関係を詳細に調べ始める。一方、過去にアイルズと恋愛関係があったというミステリアスな人物が、二人の前に突然現れる。だがその頃から、リゾーリはアイルズが何か隠し事をしているのではないかと疑い始め、二人の間がぎくしゃくしてくる。

若い港湾労働者の女性が遺体で発見される。殺人課チームは、彼女が働いていた埠頭とマフィアの関連性を突き止める。だが、それは同時にアイルズの実の父とのつながりを示唆していた。一方、リゾーリは感受性トレーニングを受けることになるが、それを避けようとする。そんな中、アイルズはリゾーリのもう一人の兄弟トミーとますます親密になり、リゾーリを悩ませる。

服役中の男が、刑務所から釈放される前日に何者かに殺される。刑務所に駆けつけたリゾーリとアイルズは、そこで連続殺人鬼のチャールズ・ホイトに再会し恐怖におののく。ホイトが、自分はその事件の手がかりをつかんでいると宣言したからだ。一方、何か月もの準備期間を経て、フランキーはついに刑事の試験を受ける。

地域コミュニティーの活動家が凶弾に倒れ、勇気ある目撃者が証言台に立つ。そして、過去に15人を殺したといわれる有名なギャングの名を挙げる。やる気満々で美人の地方検事補ヴァレリーとともに、刑事たちは早くギャングを収監しようと懸命になる。そんな中、ニュース番組の司会者ビル・オライリー（本人）が本のサイン会と警察への批判を放送するため街を訪れる。

強盗に入られた銀行の支店長が殺害され、ボストン市警の殺人課はFBIと協力して事件を解決するため全力を挙げる。だが、杓子定規なＦＢＩ捜査官のアンナ・ファレルが、フロスト刑事と複雑な関係を持っているらしいことが明らかになる。そして、リゾーリのもう一人の兄弟トミーは、アイルズとの関係が親密になるにつれ多くの困難に直面する。

リゾーリは、高校の同窓会に参加するためアイルズの車で母校にやってくる。だが、フットボールの競技場でクラスメートの遺体が発見され、楽しい気分はすぐ台なしになる。リゾーリは、クラスの全員が容疑者であり得ることに気づき、過去に焦点を合わせて調査を開始する。一方、コーサックの前妻メロディが彼のもとを訪れ、彼女が始めた新しいビジネスへの投資について打診する。

ダンス競技会で、スター選手の母親が刺し殺されるという事件が起き、華やかな会場は一瞬にして騒然とした殺人現場となる。リゾーリと殺人課の刑事たちは手がかりを探るが、殺された女性の過去には不可解な点があった。一方、義理の息子が警官を撃ったため起訴され、コーサックはその対応に追われる。そんな中、彼の前妻メロディが現れる。

倉庫で火事が起き、一人の男性が死亡する。リゾーリとアイルズは、それが放火なのか事故なのかを調査するため現場に向かう。だが、ひき逃げ事件である人物が病院に運ばれると、二人の前に思わぬ問題が立ちはだかる。一方、FBI捜査官のガブリエル・ディーンは、リゾーリとの関係を取り戻したいという思いを新たにする。