連続殺人鬼にして殺人教団の教祖、ジョー・キャロルが再逮捕されて1年。キャロルの死刑執行が1カ月足らずに迫ったある日、ホテルで3人組の殺人鬼が夫婦 を殺害。現場にライアンを名指しした血文字を残す。彼らの目的は逃亡中のマークの復讐を手伝うこと。3人はさらに殺人を重ね、法を無視して母リリーや兄弟 を殺したライアンたちを非難するメッセージを残してゆく。ライアンと殺人鬼たちとの新たな戦いが幕を開ける。

復讐を開始したマークは、殺人鬼夫婦のカイルとデイジーを使いライアンの同僚、クラークを拉致。マークは「今夜8時までに真実を告白しないとクラークは死 ぬ」とメッセージを送る。メンデスから疑いの眼差しを向けられる中、ライアンたちはクラークの居場所を特定すべく必死に捜査を続ける。一方、クラークが連 行された場所では、生きたまま人の手足を折り曲げて箱に詰め込む殺人鬼、ニールが小さな箱を溶接していた。

マークに強要されたクラークの告白について、記者たちはライアンを追及するが、ライアンはあくまで否定。過去に起きた同じような殺人事件から、犯人を特定 してゆく。一方、ライアンの発言に怒りをかきたてられたマークは、記者を拉致し自分へのインタビューを撮影させようとするが、取り乱し記者を殺害してしま う。手が付けられなくなったマークを見たカイルとデイジーは、ジュリアナという名の、謎の女に会いに行く。

レジーという大学生を事故に見せかけて殺したカイルとデイジーは、マークとともに消防署に侵入し、消防士4人を殺害する。かつて父親が勤めていた場所を襲 われたマックスは動揺を隠せない。マイクに慰められ、抱き合う様子をカイルとデイジーが仕掛けた隠しカメラが捉えていた。さらに、カイルとデイジーは レジーの恋人マリソルを襲う。カイルとデイジーがマリソルを襲撃し、ライアンは本当の理由を探り当てる。

キャロルの恩師であるストラウスの裁判が始まる。証人として法廷に立ったライアンは、弁護側から予定外の証拠が出たことで動揺する。また、かつて関係を 持っていた証人のキャリー・クックが何者かに拉致されてしまう。翌朝までにストラウスとデイジーが共犯である証拠を見つけろと命じられるライアンたち。一 方、カイルとデイジーが自分を裏切ったと知ったマークは、ストラウスの弁護団のひとりであるジュリアナを突き止める。

逃走したストラウスを捕まえるため、ライアンは意を決し収監中のキャロルを訪ね、ストラウスが教え子のもとにかくまわれているのでは、というヒントを得 る。過去10年に失踪者が続出しているビーコンという町に向かったライアンたちは、森の中で複数の白骨死体を見つける。一方、ストラウスとデイジーが身を ひそめる小屋には、天才的なハッキングの腕を持ち、ストラウスのいちばんの教え子であるテオが呼ばれていた。

ストラウスの教え子のひとりダンカンを護送する車をテオが襲撃。ダンカンは逃亡し、保安官2名が犠牲になる。一方、怪我から復活しクラークの偽メールを調 べるマックスはFBIの情報を扱うセキュリティー会社を訪れる。そこには身分を偽って働くテオの姿が。マックスに魔の手が忍び寄る。一方、敵ばかりか FBIですら自分を信じてくれないと苦悩するライアンは、いつしかキャロルだけが自分を信じてくれている夢を見ることに。

捜査の失態の責任を負って停職中だったメンデスは早期退職を決意するが、ライアンの説得で現場に戻る。ライアンたちはサム・ルイスというマニテックの社員 が怪しいとにらんでリストの住所を訪ねるが、仕掛けられていた爆弾が爆発する。そのころ、ネット上のサムの写真は自動消去システムによってすべて変更され ていた。危ういところで助かったマイクとライアンは、サム・ルイスの本名がテオ・ノーブルだと突き止める。

逃亡したテオはストラウスの弁護団のひとりだったジュリアナの事務所に忍び込み、隠してあったノートを盗み出す。そのころ、生きていたマークがデイジーに 仕返しをしようとしていた。命乞いをするデイジーはマイクへの復讐の手助けを誓う。一方、テオは元軍人でキャロルが入っている刑務所の看守であるゲイリー に近づく。テオはストラウスが残したキーワードを手に入れるために、ゲイリーをキャロルのもとに行かせる。

ついにキャロルの死刑が執行される日が来る。その準備が進む中、立ち会いを断わったライアンはテオの捜査を続けていた。身体検査を受けるため監房を出た キャロルは、看守の隙を突いて人質を取り、ライアンを呼ぶメッセージを流す。刑務所に向かったライアンはキャロルに本心を問い詰められる。一方、ストラ ウスが残した暗号解読のキーワードを見つけたテオは、ストラウスの日記に書かれた暗号から仲間の居場所を知る。

キャロルの死刑に立ち会ったライアンは、ついに酒を飲んでしまう。そんな彼を心配したマックスは、新たに調べた資料を持ってライアンの部屋を訪れる。テオ が育った街フィラデルフィアで25年前、一家皆殺し事件が起き、ひとりだけ助かった長男が事件直後に姿を消したが、それがテオだという。フィラデルフィア に向かったライアンたちは、1990年代に連続殺人を犯した殺人鬼“マッドマン”が鍵とみて捜査を始める。

マークとデイジーはテオたちと接触するが、テオは2人に銃を突き付け自分に協力させようとする。マークはFBI内に利用できそうな捜査官がいると、手を貸 すようテオに迫る。テオの妹が今も生きていると知ったライアンたちは、麻薬売買の現場でその妹ペニーを見つけるが、彼女は建物に逃げ込み姿を消してしま う。一方、テオたちはマックスの部屋に仕掛けた隠しカメラに接続したパソコンを持っているのがトムだと突き止める。

マイクを拉致したテオは、妹のペニーとマイクを交換するとライアンに持ちかける。ライアンはマックスに、FBIには知らせずに人質交換するつもりだと打ち 明ける。FBIからシグナル防止装置などを盗み出し、指示された劇場へ向かったライアンは、監視カメラを使用不能にして無事にマイクとペニーを交換する。 職場に戻ったマイクは、マックスに「愛している」と告げる。しかしそのとき、マークが背後から忍び寄る。

マークに刺されたマイクは病院に運ばれる。ライアンはテオからの襲撃に備えて、マイクのほかに自分と関係する全員を厳重に警護するよう命令を出す。テオは 保護拘置されて林の中の家にやって来たメンデスと家族を襲い、人質にとる。グウェンが妊娠したことで立ち直る決心をしたライアン。この事件が終わったら FBIを辞めるとグウェンに告げる。そして、彼はメンデスたちを救うために捜査官を集めて林の家へと向かう。

林の中でライアンと捜査官バートンを拉致したテオは、2人を地下墓地へ連れていく。ライアンへの拷問を始めるテオ。イライザも来てライアンに尋問するが、 ライアンは隙をついて逃走する。グウェンが妊娠していると知ったテオは、殺すより子どもを奪うほうがライアンが苦しむと考え、彼女を拉致する。ヘリでテオ を追うライアン。上空から彼を見つけ、2人はダムの橋の上で対峙する。テオは人質のグウェンに銃を突き付ける。