任務失敗によりハンターズが解散して2年。ジョナはナチ・ハンターであることを隠し、パリで婚約者のクララと暮らしていた。やがて彼は、史上最も有名なナチがまだ生きている可能性があると知る。ロサンゼルスでは、ミリー・モリスが残虐な戦犯を起訴しようとする。またハンターズ結成の数年前、マイヤー・オファーマンは正体を暴露されかねない危険な人物に遭遇する。

ジョナは一緒にヒトラーを追い詰めようとミリーを説得し、最も重要かつ最後となるミッションのためにハンターズを再び集結させる。南アメリカに到着して間もなく危険な敵たちに脅かされるハンターズ。ニューヨークではマイヤー･オファーマンが、彼を破滅に追い込もうと脅しをかける元ナチの居場所の解明に近づいていく。

ハヴァの正体とジョナとのつながりが判明。ハンターズとミリーは不本意ながら彼女と手を組むこととなる。チームはアルゼンチンの田園地方にある高級ホテルへ向かい、ヒトラーの居場所を知る唯一の人物で、ナチスの有名な暗殺者「クロウ」を捕らえようとする。一方、マイヤーは、彼を脅迫していたナチスの元同僚と対決する。

ハンターズがヒトラーの居場所の発見に近づくなか、婚約者クララがアルゼンチンに現れ、ジョナの秘密の人生が危機にさらされる。一方、トラヴィスと洗脳されたジョーは今回こそはハンターズを根絶やしにしようと執拗に追いかける。過去の回想では、マイヤーとルースのつながり、そしてハンターズの起源が明らかになる。

ホテル・パラディオでの事件に動揺しつつも、ジョナはチームを率いて、手遅れになる前に最愛の人を救出しようとする。その頃、別のナチ・ハンターも死の淵で闘っていた。過去の回想では、マイヤーが新たなメンバーを勧誘するためにドイツへ。ルースはマイヤーに疑念を抱き始める。

ハンターズはアルゼンチンの広大な谷の中にヒトラーの隠れ家を発見。究極の悪人を目の前に、善と悪の壮絶な戦いが勃発する。過去の回想では、マイヤーがハヴァと以前に会っていたこと、その真実をルースに何年も隠していたことが明らかになる。一方でルースはマイヤーの正体に対する疑念を募らせていく。

ジョナは史上最悪の戦犯に正義の裁きを受けさせるため、密かにアルゼンチンから移送しようとする。その間に、戦乱時のドイツで風変わりな老夫婦が暮らしていた家の話が語られる。その物語はジョナの作戦の成否にも関わっていた。

世紀の裁判が始まり、アドルフ･ヒトラーがついに世界の舞台で裁きにかけられる。 ジョナはクララと過ごした人生を何とか取り戻そうとする。そして、マイヤーの正体を突き止めようとしたルースに訪れた恐ろしい結末がついに明らかになる。過去、現在、未来がぶつかり合い、ジョナ、マイヤー、ミリー、そしてハンターズのメンバーたちは、悪を追う旅が本当に終わるのか迷い続けていく。