『ミュウツーの逆襲』にて、コピーポケモン達を連れて旅立ったミュウツーは、ピュアズロックという絶壁の台地の頂上に居を構え、平和に暮らしていた。しかし、彼は未だに「自分が誰なのか」という自問に答えを出せずにいた。
『劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲』の続編という位置づけで作られたTVアニメ特別編。ドラマCD『ミュウツーの誕生』から始まり、劇場版を経て本作の三部作構成。新無印編で同個体とされるミュウツー（CV：市村正親）が登場するも真偽不明。
僻地で隠れ住んでいた彼らが偶然サトシ達と再会。しかし、前作でサトシ達は記憶を消された為に実質初対面。必然的にロケット団の襲撃。そして親玉のサカキが降臨。「人間に作られたポケモンの存在意義」がテーマの終始シリアスな話。本作ゲストのサカキ直属の部下であるドミノは名悪役。
