平成モスラシリーズ第2作目。
本作の舞台は沖縄県石垣島、ニライカナイ伝説を基にかつてニライカナイ国が造り出したダガーラにモスラが挑む。
モスラは水中戦が苦手なため、反対に得意とするダガーラ相手に有効打を打てず、むしろ追い詰められる。しかし水の精ゴーゴによってパワーアップ。羽が虹色となりレインボーモスラに。更にトビウオのような形状のアクアモスラに変身することで水中戦にも対応可能に。恐るべしモスラ！
前作以上にジュブナイル要素が強めになっている。しかしご都合主義が多い。ニライカナイのピラミッドを破壊できなかったダガーラがモスラが来るまでの間に石垣島を襲ったり、トドメをさせるはずなのに海中でのんびり過ごしていたり、とにかくモスラのための時間稼ぎが目立つ。
前作の方がストーリーや演出はしっかりしていて面白い。とは言え、モスラの活躍は見所があるため一度は鑑賞して損はないかな。
