アメリカ・ニューヨーク、学生生活を謳歌する黄色いスクール・バスを追いかけるピーター・パーカー（トビー・マグワイア）は大通りから数百mに渡って、バスを追いかけダッシュする。フラッシュ・トンプソン（ジョー・マンガニエロ）と運転手（ピーター・アッペル）は構わず進もうとするが、メリー・ジェーン・ワトソン（キルスティン・ダンスト）だけは可哀想だからと無理矢理バスを止めようとする。遅刻常習者のパーカーは大切な社会科見学のこの日も遅刻していた。ミッドタウン高校に通う同級生であるパーカーとMJは6歳の頃から隣同士に住む幼馴染だった。幼い頃に両親を亡くしたパーカーはベン・パーカー（クリフ・ロバートソン）とその妻のメイ（ローズマリー・ハリス）に育てられていた。叔父は35年間必死に働いて来た会社をクビになり、昼間から家にいた。代父とも呼ぶべき叔父との細やかな交流、天涯孤独なピーターは冴えない学生生活を送っていたが、社会科見学でコロンビア大学の研究室を訪れる。親友ハリー・オズボーン（ジェームズ・フランコ）との朝の挨拶、息子を送りに来ていたハリーの父親ノーマン・オズボーン（ウィレム・デフォー）と挨拶程度の会話を交わしたパーカーは、密かに思いを寄せるMJの背景にケージの中の15匹の蜘蛛を収めるのだが、どういうわけか1匹だけ足りない。
『ブレイド』シリーズに続き作られたマーヴェル製作のサム・ライミの『スパイダーマン』トリロジーの第一弾。学園のいじめられっ子で、意中の女子が振り向いてくれない様子は真っ先にロバート・ゼメキスの『BTTF』シリーズの父親を連想させ、実父のいない天涯孤独な主人公の様子はスティーブン・スピルバーグの一連の作品とも親和性が高い。それどころか今作における科学技術vs政治利用のジレンマはそのまま『ジュラシック・パーク』シリーズを見事に換骨奪胎する。あと数日で実験の効果を出せとスローカム将軍（スタンリー・アンダーソン）に命令された天才科学者は何故か自分自身を被写体に魂を売り飛ばすことで、会社の延命を図ろうとする。今作はベビー・フェイスなアメコミ・ヒーローも哀しきヴィランも半径数十mの中から生まれ、互いが葛藤の中でいがみ合う。密かに思いを寄せていたヒロインとの大願成就の物語なのだが、スタン・リーの原作に思いを寄せるサム・ライミは今作の結びを勧善懲悪ではなく、仄暗い事実に苦悩するパーカー、MJ、ハリーとのトライアングルの屈折した陰影として結ぶ。舞台女優になりたいというヒロインの夢は、「Moondance」と称された場末のファミレスのバイト現場で夢と消え、卒業式と代父の喪失という喜びと悲しみを同時に背負わされた主人公はリトマス試験紙のようなJ・ジョナ・ジェイムソン（J・K・シモンズ）と出会い、正義と悪の葛藤に揺れる。すっかり悪役が板に着いたウィレム・デフォー扮するヴィランに漂うどうしようもない哀しみ、雨の路地裏でヒロインの唇に触れた一瞬の愛だけが、主人公をアメリカの英雄へと駆り立てる。
