エージェントKの引退後、彼とバディを組んだエージェントJはMIBの一員として働いていたが、その昔、Kが解決した事件の犯人が再び地球へと侵略してきたのだ。
解決の鍵はKが握っているとの情報を掴んだJは、Kの復帰を打診するが、頑固ジジイになってしまったKはそんなもの知らんと一蹴する。
果たして、地球の運命は…
今作もMIBならではの世界観が満載で面白かった！
マイケル・ジャクソンがエージェントとして出演したり（しかも脇役という贅沢っぷり）、コインロッカーの中に住む宇宙人と映画の最後のシーンだったり、一般人の家に武器を隠していたりと、SF感とお得感が満載だった。
