ゼブラーマンこと市川新市(哀川翔)が地球の平和を守り、その姿を突如消してから15年後の2025年。東京都は付近の行政区を統合してゼブラシティへとその名を変えていた。ゼブラシティではゼブラタイムという特別な時間が設けられていた。
それは朝と夕方の5時から5分間だけ、警察官（ゼブラポリス）や議員などの権力者はあらゆる犯罪行為を許されるというもので、「弱者は淘汰されねばならない」という相原知事(ガダルカナル・タカ)の意志による狂気の独裁ルールだった。
だが、この「狂気の5分間×2」の効果で犯罪件数は逆に半分以下となり、ゼブラシティは表面上の平和を保っていた。その効果は国際的にも認められ、アメリカのいくつかの州では、犯罪減少を目的として「ゼブラタイム」を導入することを検討していた。
様変わりしたゼブラシティの道端で市川は突然目を覚ます。しかし、彼は記憶を失っており、超人的なパワーも「白」の部分しか存在しなかった。
ゼブラタイムによって迫害された人々が身を寄せるコミューン「白馬の家」に匿われた市川は、あるきっかけで自分がゼブラーマンであることを思い出し、本当の平和を取り戻すべくリハビリに励む。
一方、ゼブラシティのブラックヒロイン、ゼブラクィーンこと相原ユイ(仲里依紗)は、知事の娘であり超人気ロック歌手でもあった。
彼女の歌う「ゼブラクイーンのテーマ」は40週連続でゼブラシティのヒットチャート1位を獲得し、世界を「黒」と「悪」に染める彼女のパフォーマンスは絶大な人気を誇っていた。
私生活でも「黒」と「悪」に異常な拘りを持ち、白い色や癒し系アイドルに対して強烈な敵意を抱いた。
単なるロック歌手ではなく、世界の女王となる野望を持つ相原ユイだったが、そんな彼女の生い立ちには、恐るべき秘密と、世界を揺るがす巨大な陰謀が隠されていた。
全てを黒に、悪に染めることを生き甲斐とするゼブラクィーンにとって、正義のヒーローゼブラーマンは邪魔以外の何物でもなかった。
ゼブラーマンの復活を知った相原ユイは、ゼブラポリスに彼の抹殺を命令する。復活を遂げたゼブラーマンは、ゼブラポリスの襲撃を跳ね返し、相原ユイの秘密を暴き、その野望を打ち砕くべく活躍する。
哀川翔主演「ゼブラーマン」の続編。
白ゼブラーマンとゼブラクィーンの関係はヒーローの二面性、ゼブラタイムの設定の社会批評性、白ゼブラーマンが自分の中の悪をゼブラクィーンが自分の中の善を受け入れることでシン・ゼブラーマンとなり宇宙人と戦う展開は前作に匹敵する熱い展開です。ゼブラーマンを演じる哀川翔はもちろんかっこいいけど、仲里依紗演じるゴスでセクシーなゼブラクィーンがかっこいい。
