大きな時代の転換期を迎えようとしていた幕末。母姉殺しの罪を着せられていた次郎は、旅僧・天海に助けられ、仇と目される太郎左を倒す。
その後、天海の下で忍びの修行をうけ、数年後ツノピリカ・コタンへとおもむいた次郎は、そこの長老より本当の母オヤルルの存在と、真の父は太郎左であると知らされる。オヤルルはすぐに毒殺され、天海への復讐に燃える次郎。
彼の昔より持つ短剣・カムイの剣がキャプテン・キッドの財宝を解く鍵と老学者・安藤昌山より教えられ、宝の有りかはアメリカと知る。そして、天海の追手に昌山は倒れ、次郎は追手の一人・お雪と共にカリフォルニア号に乗り込んだ。
敵同志士のはずが互いに恋心をいだく次郎とお雪だが、ちょっとしたトラブルで黒人奴隷サムと共にカムチャッカで下船させられてしまう。大雪原をべドロパブロフスクへ進むが、又も天海一行の追撃ではなればなれになる三人。
－－時がたち、アメリカに渡った次郎は、インディアン娘・チコ（実はフランス人）を助け、街で新聞記者マーク・トウェインより目的地サンタカタリナ島の場所を聞き出し、ついに目的地にたどり着く。
そして莫大な宝をみつける。が、またしても現われた天海とさし違えて死んだお雪が実の姉とは。
哀しみと怒りにふるえる次郎は、やがて帰国した。そしてまだ生きていた仇・天海を伊賀の頭領の助けをかりて倒す。
すべてが終り、箱館の戦の中、西郷隆盛との出会いもつかの間、次郎は白狼と共に霧の中へ風のように消えていった。時代は明治となる－－。
矢野徹の同名冒険小説のアニメ映画化。
かつて父が求めたキャプテン・キッドの財宝探しと争奪戦に抜け忍の次郎が巻き込まれていく冒険ストーリーと学者の安藤昌山や新聞記者のマーク・トウェインたちとの出会いの中で成長していく次郎の青春ストーリーが組み合わせって、冒険ロマンを強調した仕上がりになっている。
次郎と敵忍者との奇想天外な術のぶつかり合いは、特に次郎VSお雪や松前三人衆との忍者バトルは劇画的なスタイリッシュな躍動感のある作画によって痛快な忍者アクションになっている。
次郎と関わるお雪やチコたち女性と次郎のロマンスも、切ない。
