このレビューはネタバレを含みます
本編前に武者ケロ。
武者バイパーが村娘を攫いに来る。
〜本編〜
古代都市マチュピチュに来た冬樹とケロロたち。
西澤家にダークケロロたちがやって来る。
ダークケロロはcvそのまま。クールな声。第3のキルルが生み出したケロロのクローン。（1体目＝1作目のプログラムは敵の孤立化、2体目は破壊、3体目は完全なる支配者）
またも第3のスイッチはケロロがマチュピチュで押したもの。
シヴァヴァ（cv高山みなみ）が声がクールすぎる、、！！！
タママに「やたら自信満々な主人公くさい姿が気に食わないと言っとんのじゃぁあタママインパクトぉおおお」www
一応モチーフは孫悟空らしい。
ケロン人やモア、冬樹、サブローには効いてない謎のパワーで夏美、小雪たちはダークケロロの部下になる。
つまりケロン製のものを持ってると効かないらしい。（モアはケロロにもらったリストバンド、冬樹はケロロにお使いを頼まれた時のお財布）
ケロロと冬樹の侵略者と侵略される者という異なる関係・種族の仲が理解できないダークケロロ。
冬樹がマチュピチュで見た謎の少女の正体はダークケロロの仲間ミルル。
ダークケロロは冬樹を部下にしようとするも断られる。
シヴァヴァたち部下へ命令するも「お前がごちゃごちゃ言うから」と無視され、
スーパーアンチバリア最大出力するも冬樹とケロロの絆で破られる。
ダークケロロの命令を聞かない者たちが、
誰にも命令されず互いにかばいながら戦うケロロと冬樹が認められない。
ダークケロロ「特別な力というのか、、？」
ケロロ「特別でもなんでもない。友達と思う気持ちに地球人もペコポン人も関係ない」
ダークケロロは間違いを認め、キルルを封印。
キルルを停止すれば王（ダークケロロ）の存在も消える。
それもまた王の使命。
キルルを壊せば自分も消滅すると思っていたが、ミルル曰く、「王としての彼は完全に消えたが、今ここにいるのは「友達」としての彼」。
ダークケロロは宇宙へ旅立つ。
キルルの赤かった眼は本物と同じ黒になっていた。
エンディングでダークケロロは地球みたいな星に行き（シヴァヴァとドルルもその星に向かうダークケロロを見つけて追いかける）、日向家っぽい異星人の家でアニメ第1話のケロロと同じ隠れ方とみつかり方をする。
幸せになってね。
