クローン技術みたいなものの応用で誕生したミュウツーが「自分は何者なのか」「自分はなぜ生きているのか」と苦悶する。みずからを生み出した人間と、それに仕えるポケモンたち、そしてみずからのオリジナルのミュウへの逆襲を始める。
オリジナルとコピーのバトルは地獄絵図。同じ生き物というけれど実際はたしかにオリジナルとコピーの違いはあるのであり、いかに身体的な表層に思考が影響を受けているかを自覚する。
そこに人間がみずからの命を投げ出してまで介入することで「それでも私たちはもうこの世界を生きている」という真理にたどりつく。少し強引な気もするが、その後の記憶を消されたサトシたちの「どうしてここにいるのか」「ここにいるからここにいる」「まあいっか」のやりとりで物語が綺麗にまとめられている。
