日本征服を狙う志々雄を阻止するため､京都に辿り着いた剣心は志々雄一派に立ち向かうが､その志々雄は甲鉄艦･煉獄で東京へ攻め入ろうとしていた｡
志々雄に連れ去られた薫を助けるために剣心は海へ飛び込み､一人岸へ打ち上げられたところを師匠の比古清十郎に拾われる｡
今の自分では志々雄を倒せないと悟った剣心は､師匠に奥義の伝授を懇願する｡
一方､剣心が生きていると知った志々雄は政府に圧力をかけ｢人斬り時代の暗殺の罪｣で剣心を公開打首にするよう命じさせる｡最大の危機に立たされた剣心｡
果たして最狂の敵に打ち勝ち､連れ去られた薫と生きて再び会うことができるのか?
今回の完結編は、「京都編」に「人誅編」の要素を加えてオリジナルの展開になっています。
飛天御剣流の「どの権力にも組しない」という掟を破って破門同然だった剣心が、清十郎から死に物狂いの特訓を経て、「生きようとする意志は何よりも強い」という真髄に気づいて奥義を会得する中で描かれる剣心の葛藤と様々な人の想いを背負って覚醒する心情、明治政府に切り捨てられた同志のために剣心を倒して最強の座を捧げたい蒼紫の想い、弱肉強食の世を実現させようとする志々雄の怨みと怒りを丁寧に描きつつ、剣心と蒼紫の壁と木を八の字をえがくように高速で走り回りながら戦うハイスピードバトル（九頭龍閃が炸裂）、巨大戦艦煉獄での剣心対宗次郎戦（脚を狙う剣心の戦法に注目）、左乃介と安慈のガチンコな殴り合いバトル、剣心・左乃介・斉藤・蒼紫と志々雄の限界を超える臨界点バトル（４人相手でも手に余る志々雄のバケモノじみた圧倒的な強さが印象的）と前作をさらに超えたバトルの連続が組み合わさって、原作ファンも納得の圧倒的な興奮と感動を約束する完結編になっています。
