深夜、ゾンビと化した不気味な男たちに襲われ気を失ってしまう赤井葵。 そこへ偶然、手に日本刀を握った着物姿の侍が通りかかる。 侍は日本刀を抜くと流れるような剣さばきでゾンビの集団を切り倒し、葵を救い出す。 しかし、近くを走る電車のライトに照らされて見えたその侍の姿もまた、ゾンビであった。 しばらくして、葵は見覚えのない部屋で目を覚ます。にょっと視界に入る老人の顔に驚き、一撃を見舞う。 殴られた老人は頭を押さえながら自らを名探偵と名乗り、ゾンビに襲われた原因を探ってやろうと詰め寄ってきた。 どう見ても頭脳明晰な名探偵には見えないが、どうやら先ほどの侍ゾンビと同居しているらしい・・・。 そうして葵は、侍ゾンビ上下左右衛門之介と自称名探偵横井昭吉と共に、自らがゾンビに襲われた謎に挑むこととなる。
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