世界を脅かす化学兵器が開発され、それが悪者の手に・・、だが精鋭部隊で取り戻すってな話。
まあ、よくあるストーリー。
今回は、超人（1人いるんやけど…）でなく人間が科学の粋を集めて敵をやっつける！ってな感じ。
あー、これ続編あるね、確実に。の終わり方。
まあ、サクサク話は進むし、展開は小気味よいんやけど、詰め込みすぎ感ありで、あんまり記憶に残らないwけど、何にも考えずに見れる、丁度良い感じです。（続編は、特段興味ないですがw）
あらすじ〜〜
1641年フランス 国王への反逆の罪でマッカランは処刑される。
そして現代、化学兵器ナノマイト、金属を食い尽くす新たな兵器の開発。開発者は、マッカラン！
彼の企業MARSはNATOからの援助で開発を進め、ついに引き渡しの予定が・・輸送中に敵の襲撃。
応戦する軍の武器が通用しない！
軍のデューク率いる部隊は何とか弾頭を死守。が、彼の部隊は壊滅状態。突如現れたクレイトンの部隊に助けられる。
そして、彼らの部隊が護衛することに。
その名は、GIジョー。
敵の中にかつての婚約者アナの姿が…。
敵の正体。マッカランはナノマイトを利用し、世界の指導者になろうとしていた。また、ナノマイトを人体に使用し、生物兵器の開発も実行。
軍で生き残ったリップとデュークは、採用訓練を経てGIジョーへ仮入隊…
したのも束の間、GIジョーの基地へ敵が侵入。
死闘の末、弾頭は奪われてしまう。
再びアナに再開し、デュークは、「私はあなたに一度殺された」つ告げられる。それは、昔、アナの最愛の弟レックスと南アフリカで従軍中に、彼を死なせてしまったことが原因。
マッカランは、弾頭を因縁のフランスで試すことに。
アナの偽装の夫の研究所で弾頭を兵器化。
そこへー！GIジョーが登場！
パリの街を走る装甲車とスーパースーツの二人の追走劇。ど派手！ｗ
エッフェル塔の金属が目的！
後一歩のところで打ち込まれてしまう。起動装置を解除するしかない！
追撃の末、逃亡を図るアナ達のヘリにデュークが乗り込み起動装置を停止し、塔の倒壊程度で食い止めることができた。が、彼は捕らわれてしまう。
やり過ぎた捜査に彼らはフランス政府に捕まり、釈放の交換条件として、本部への帰還を命じられる。
帰還前、敵の死体の脳から情報を入手し、敵が北極にいることを突き止め、
帰還の寄り道を考える。
敵の本拠地への侵入。そこで、デュークはナノマイトを完成させた悪の科学者が、死んだはずのレックスだと知る。彼にナノマイトの投与の危機！
遂に３発のナノマイト弾頭が発射される。一発は、地上から追撃に成功。
残り２発。
リップが追撃へ。
デュークを救ったアナ。彼女にもナノマイトが打ち込まれていた。
二人はタッグを組み、逃亡するマッカランとレックスを追い詰める。そして、他の仲間達が敵のアジトを壊滅！リップも弾頭を破壊！
マッカランとデストロイと名を変えたレックスは、収監される。
アナもナノマイトの除去治療へ。
そして。彼らは、ＧＩジョーへ正式に入隊する。
だが、アメリカ大統領は、何者かに入れ替わられて・・・。
