第11番惑星での危機を脱したヤマトだったが、更なるガトランティスの大艦隊が集結する。巨大な砲塔を形成し、地球を破壊しようというのだ。スターシャとの約束で波動砲は封印されていたが、古代は止むを得ず発射してしまう。死んだはずのデスラーも巻き込んで、ヤマトの闘いも苛烈になっていく…というお話。
クローンで命を繋ぐガトランティス人と愛で新たな命を得る人間が対立的に描かれ、愛を否定するズォーダーに、古代は究極の選択を迫られる。旧作の５倍の時間をかけているだけに、ガトランティス側の複雑な事情も語られて物語も厚みを増している。
