30年以上の時を超えて、マーベリックが訓練生ではなく教官としてトップガンに帰還。訓練生の中には亡き親友グースの息子であるルースターがいた。マーベリックは、ルースターに対して申し訳なさからか気を遣う。かつての戦友であり、余命宣告を受けているアイスマンに会いに行き、自身の悩みを打ち明けた。「過去は水に流せ」という言葉を受けてから、マーベリックは自身と向き合い、訓練生のときに行っていたようにスポーツでチームの仲を深めていった。その最中、アイスマンの死によりマーベリックは意気消沈してしまう。しかし、ペニーとの会話により再びパイロットとして自覚を持ち行動するように。そして最終訓練でマーベリックはルースターと組み、お互いに被弾してしまう。敵地で起死回生のF-14操縦でなんとか死は免れる。ミサイル、弾薬、撃ち返しの全てが切れた、F-14を敵機から救ったのは、ルースターをライバル視していたハングマンであった。マーベリックの「考えるな、行動しろ」がルースターの枷を外した。
