非情な私刑執行人パニッシャーは犯罪組織に単独で乗り込んでいたところを、国際平和維持組織S.H.I.E.L.D.の極秘ミッションを妨害したとして収監される。
S.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリーは彼を釈放する代わりにブラック・ウィドウとチームを組み国際テロ組織リヴァイアサンによって盗まれたS.H.I.E.L.D.の軍事テクノロジーを奪還してほしいと持ちかける。
アイアンマン、ハルク、ソーたちにも援護を要請し、2人は敵地へと潜入するが…。
軍人とスパイと似たり寄ったりのバックグラウンドを持ちながら、敵を大小に変わりなく容赦なく殲滅するパニッシャーと敵を泳がせ情報を得てから敵の大元を叩くブラックウィドゥ正義のポリシーが対立し合いながら共闘していくストーリーを、パニッシャーVSブラックウィドゥ、ブラックウィドゥVSレッドガーディアン、パニッシャー&ブラックウィドゥ&アベンジャーズVSメガソルジャーとヒーロー同士またはヒーローVSヴィランの迫力満点のバトルを、バイオレンス、かつての恋人レッドガーディアンがテロリストの側にまわった苦悩を背負い任務のために戦うブラックウィドゥや任務中にシールドの隊員を一時的に洗脳状態だったとはいえ誤って殺害した負い目を晴らしたいパニッシャーの葛藤を骨太に描く痛快ヒーローアニメ映画。
