アルツハイマーを患っている父親のため治療薬を作っている主人公の開発者は、新薬の治験のためにチンパンジーに投薬していた。
ある日、良い兆候が見えたので人間への治験を会社に申告したがチンパンジーが暴れ出してしまい許可は下りず、さらにチンパンジーたちは殺処分されてしまう。
しかし、その中で生まれたばかりのチンパンジーだけが生き延び、主人公は自宅に持ち帰り引き取る事になる。
シーザーと名付けられたチンパンジーは知能が人間の子供レベルになり、家族に対する愛情も芽生えた。
そんな中、主人公の父親が近隣住民と揉めてしまう事件が起きてしまう。シーザーは家族を傷つけられた怒りから近隣住民に暴力を振るった事により、類人猿を隔離するセンターに預けられる。
主人公は裁判が片付きシーザーを帰宅させられるよう奮闘するが、中々思うように事は運ばず、いつしかシーザーは家族に裏切られたと錯覚してしまい、同じ境遇の仲間たちを率いてサンフランシスコの森へと逃げる計画を立てる。
