イスカンダル人の本性やガミラスの誕生秘話など、旧作には無かった新たなシナリオで整合性を持たせたのは良かった。ガミラス襲来から数年で地球の技術や復興が飛躍し過ぎる部分も時間断層という概念で辻褄を合わせてある。
ただ、これだけ宇宙の種族が交流しておきながら、地球人に関しては、日本人しか登場しないというのはかなり違和感がある。2199で海外の軍隊はほぼ壊滅し、日本の軍隊しか残ってなかったという設定はあったと思うが、日本人以外の人種が滅亡した訳ではないのに、復興後も登場しない・・・
旧作同様、自己犠牲を「愛」に置き換える部分や、登場人物全ての行動にも同調できない部分だらけで、どうもスッキリしない。やはり、最初の2199でヤマトは完結したと思った方がまとまりはよい。その辺は旧作も一緒だが。