シオンに導かれながらガイアタワーを目指すイツキとスバル。二人の前に立ちふさがったのは、デジフレが変化した存在・シェイド。コスモスファングとマスカレードゴーストの力を借りながら、目の前に現れたシェイドを打ち倒していく。素性を隠しながら住民に状況を説明しようとすると、助けを求める声が。だが、駆けつけようにも間に合わない！　絶体絶命の危機を救ったのは……。一方、ヒイロやマルグリットの要請で、歴戦のシャドバプレイヤーたちがシェイドとの戦いに協力。伝説のカードが待つ、シャドバカレッジに集まろうとしていた。

ガイアタワーでイツキとスバルを待ち受けていたのは、データ生命体を自称する存在、エルデだった。ガイアタワーを無力化する方法は二つ。一つは、エルデ自身がタワーに崩壊を促すこと。そしてもう一つは……エルデとのバトルに勝利すること。世界を救うべく、強い覚悟と共にバトルを挑む二人だったが、エルデとのバトルは変則的で、苦戦を強いられてしまう。そして何より、エルデには強力無比な切り札の存在が示されていた。エルデは語る。「この従者など、絶傑に至るまでの道のりに過ぎないのだから」と……。

バトルはエルデの後攻5ターン目を迎えていた。エルデの放つ波動は、フォロワーを破壊するだけではなく、強烈な衝撃となってスバルとイツキを襲う。イツキが一気に体力を削られ、駆け寄るスバルにも激痛が走る。何かがおかしい。この違和感の正体は、エルデの用意したルールにあった。公平なバトルのためにエルデの体力と手数が優遇されているだけではなく、敗北すれば消滅するエルデと同様に、スバルとイツキが体力を削られるとその命も削られていくのだという。敗北の先に待っているのは、死。それでも二人は恐怖を乗り越えようとし、正面からぶつかろうとするのだが……。データ生命体であるエルデには、人間の常識が通じない!?

舞台に立つのはイツキとスバルだけではなく、スレイドとバケルスも一緒――。相棒とともに二人が再び立ち上がると、シャドバのフィールドも復活。そして、決着をつけるというイツキの言葉に呼応するかのように、ブロッサムウルフ・スレイドが輝きを増していく。華の嵐が巻き起こると、そこに真の姿となったスレイドが現れるのだった。エルデはそのイレギュラーを安っぽい奇跡だとあざ笑うが、イツキはそれを否定。畳みかけるかのような猛攻は絶傑をも追い詰め、エルデを苛立たせていく。データ生命体にも予測不可能なものがある――。完璧ではないことを突きつけられたエルデは、それでも二人の未来を奪おうと強烈な反撃を仕掛けてくる。

スカイタワーへ向かうツバサとレンの前に立ちはだかったのは、「セブンシャドウズ」のアンドレアとヒナだった。なぜこの二人と戦わなければいけないのか。相対する二人に疑問をぶつけるレンとツバサ。だが、アンドレアは「人類を救うために――私は、人類を滅ぼす」と告げ、二人の言葉に耳を傾けようとしない。ターンを重ねても、言葉を交わしても、アンドレアとヒナには想いが届かない。それでも自分らしく進もうとするレンは、世界を守り、その世界の中に二人もいると真っ直ぐに立ち向かおうとする。レンとツバサの眩しさに照らされながら、自身の抱えた絶望の理由を明かすアンドレア。レンとツバサは絶望の闇を晴らすことができるのか!?

絶体絶命のピンチに陥りながらも、なんとか立ち上がったレンとツバサ。胸に灯る想いをぶつけるべく、迎えたのはレンの後攻8ターン目。ドローしたのは、レンが待ち望んでいたカードだった！　ヒーローの登場に興奮するレン。無限の希望を力にアミロスが真の姿を解放し、ヒナたちの体力を一気に奪っていく。かろうじて耐えるも、“奇跡”と“希望”を前に膝をついてしまうアンドレア。ヒーローの都合のよさに怒りをぶつけるヒナ。そんな二人に、レンとツバサは心を込めて手を差し伸べようとする。果たして、希望と絶望のバトルの行方は……。一方、レンとツバサの状況を把握したシオンは、ここにきて作戦の変更を余儀なくされる。

アンドレアとヒナ、二人とはもっと違った未来を歩めたのではないか――。仲良くなれる可能性を夢想しながらも、つらい現実を受け止めるレン。ツバサはそんなレンに寄り添い、悲しみを共有しようとする。シオンからの連絡でスカイタワーの状況を知った二人は、「今できること」のためにシェイド討伐の遊撃隊として動くことに。同じ頃、スカイタワーの戦いは4ターン目を迎えていた。一進一退の攻防を続けながらも、余裕を見せる両者。だが、リョウガとミカドに煽られたヒメルが少しずつ苛立ちを募らせていく。データ生命体が人間のすべてを知っているというのも嘘なのではないか。そう問われたヒメルが二人に隠された真実を明かす。