勉強はできないが、釣りへの情熱と才能だけは誰にも負けない少年・トッタ。目標は、世界中の大物を釣り上げて父親を超えること！ある日、父親の墓の中から不思議なガジェット・バーロッドを手に入れ、爆釣に出会う。バーコードの中に広がる海から大物を釣り上げたトッタ。しかし、それもつかの間、父親が遺したメモから、さらに巨大なヤツが飛び出してきた！父親のメッセージに導かれるように、更なる大物を釣り上げるべくトッタは爆釣の聖地・盛魚町へ・・・！

トッタは盛魚町のトンペイおじさんの家へやってきた。盛魚町は、バーロッドを開発したコードバンク社があり、日本で唯一バーコードスキャンし放題の町なのだ。到着するやいなや、早速爆釣しまくるトッタ。ショッピングモール・ウオンモールで爆釣大会が開催されていることを知り、張り切るトッタ。ポテペンがバーソウルのにおいを辿り、ピザのバーコードを発見。苦戦しながらも大物のピザニアを釣り上げ、大会で見事優勝するトッタ。しかし喜びもつかの間、突然キバという少年が現れ、いとも簡単にピザニアをまとめて釣り上げてしまった！

コードバンク社の社長御曹司であるキバなら、キンギョダムのことを何か知っているかもしれない！トッタとポテペンはコードバンク社に潜入を試みるも、屈強な警備員たちに何度も阻まれてしまう。一方その頃、キバは悪魔の形相ですさまじい爆釣トレーニングに励み、シュワ次郎を震え上がらせていた。コードバンク社潜入に成功したトッタとポテペン。キバから、「シューティンクジラを捕まえたらキンギョダムのことを教えてやる」といわれ、ゲームセンターでシューティンクジラを爆釣！しかし結局、キバもキンギョダムの居場所は知らなかった。

父親が残したメモを手がかりに、キンギョダムのバーコードを探すトッタとポテペン。 途中トイレに立ち寄ったトッタは、紙がないことに気がつく。もう父親のメモで拭くしかないのか・・・と思われたそのとき、メモに隠された暗号が浮かび上がる！ 暗号の謎を解き、盛魚城でキンギョダムを出現させたトッタ。キンギョダムを横取りしようとキバも現れるが、父親であるコードバンク社長にバーロッドを停止されてしまった。 そして、ついに念願のキンギョダムを釣り上げたトッタ。すると、キンギョダムがトッタの父親の話を語り始めた！！

トッタが学校へ行くと、同級生のウオマサがアユに片思いをしているという。アユへの想いが高まってゾンビ化してしまうウオマサに、長身・伊達男に変貌したポテペンことポテペーノが相談に乗る。トッタは恋心を全く理解していなかったが、釣りが下手なウオマサと修行し、ついにウオマサは魚型のアレが出せるようになったのだった。 いよいよ漁船にのってマグロ釣りに出ると、怪しい船長がバーコードからマグロライダーを出し、船は真っ二つに！！果たしてトッタはマグロライダーを、ウオマサはアユの気持ちを釣り上げられるのか！？

ヌッシーはキンギョダムを含めて5匹いる！その頂点には、神ヌッシーという更なる大物がいるらしい。早速次のヌッシーを探しに街へ飛び出したトッタたち。そこへ、爆釣団の海老原ハネルと名乗る男が。あの手この手でトッタを爆釣団に執拗に誘い続けるハネルや爆釣団副団長・シャチを無視し、トッタたちはヌッシーを探して工場へ。ポテペンの嗅覚を頼りに探し出したバーコードから、深層海龍ゴクオロチが飛び出した！ゴクオロチを横取りしようと轟風のリールを駆使するハネル、そしてトッタも負けじと挑みかかる！！

ゴクオロチの攻撃を受けてリールが壊れて以来、別人のように腑抜けてしまったトッタ。ポテペンはそんなトッタに一度は愛想を尽かすが、プラカラーキッドというA魚ランクのバーソウルがトッタ復活の鍵になると聞き、進化して仕留めようと決意する。意気投合したシュワ次郎と山奥に篭り、命を懸けた特訓の末にプラカラーキッドに挑むポテペン。そんな姿を見てようやくトッタは正気を取戻し、ポテペンはポテペンキングに進化！苦労の末に入手したプラカラーキッドは結局関係がなかったが、トッタは新しいリールを手に入れたのだった！

海流のリールの扱いに苦戦するトッタは、どんなリールも使いこなす伝説のリールマスターの特訓を受けるため、トラフグスーパープールを訪れる。だがプールの監視員・フグ姐さんにバイトをさせられる羽目になり、カキ氷作りやプール掃除、ショータイムのダンスをすることに。そんなトッタの前に、ゴクオロチのバーコードがプールにあることを突き止めた爆釣団の海老原ハネルが現れる。ゴクオロチと対峙し、知らずにリールの特訓を受けていたことに気がつくトッタ。海流のリールを使いこなし、遂に2匹目のヌッシーもゲットしたのだった！

トンペイがトローリング娘の遠征ライブに出かけたため、トッタは留守番中に家にあるカップラーメンを片っ端から食べてはスキャンし、丸々とした太ッタに変貌。大物フード属性バーソウルの情報を知り、太ッタたちは街中のラーメン屋へ。その店の店長は、すべてのバーソウルを手なづけることができる心優しき男・爆釣団のキング左門だった！大物バーソウル、辛ズール・ズールのバーコードをスキャンするため、超激辛ラーメンを完食すると決めたトッタは、修行を積んで新しい身体を手に入れ、自らの限界に挑む！

ヌッシーを5体集めて神ヌッシーに挑むため、限界まで追い込み爆釣の特訓に励む、爆釣団メンバーの鮫島キバ。コードバンク社社長である父親・ホオジロウはキバに爆釣を止めるよう命じるが、キバはそれを意に介さず、コードバンク社が開発中のシカケメモリーのデータを盗み出して家出してしまう。キバは爆釣団の団員たちが持っているリールを奪うため、手始めに海老原ハネルを呼び出す。そこへ駆けつけたトッタが目にしたのは、キバとハネルの壮絶な爆釣バトル・バト釣りと、ボロボロになりながらも戦い続けるキバの姿だった。

ゴロゴロコミックにエンタメ属性のヌッシー・創造手コミックラーケンが描かれている！？トッタは漫画家・小杉ケタロウ先生の身の回りにコミックラーケンのバーコードがあると聞き、ケタロウのアパートへ押しかけ、ケタロウのサイン会までついていく。猛烈な速度でサインをするケタロウの腕毛をスキャンすると、コミックラーケンが出現！そこへキバも現れ、二人は同時にキャスト！コミックラーケンは描いたものを自在に具現化する能力を駆使して、トッタとキバに応戦する。3体目のヌッシーを爆釣るのはトッタとキバ、どっちだ！？

父・トウマが残したメモに極小サイズの「第6のケツ属性ヌッシー・キングケツチラス」が描かれていることを発見したトッタ。クリスマスムードの街中で聞き込みをしてみると、どうやら中年のベテラン女性に寄ってくるヌッシーらしい。トンペイを餌におびき寄せると、巨大な蟹に食われながらキングケツチラスこと爆釣老人じーさんが現れた！バーソウルなのにバーロッド（オバーロッド）を使い、トッタを爆釣って番組を乗っ取ろうとするムチャクチャなじーさんに、トッタたちは翻弄される。じーさんの暴走を止められるものはいないのか！？

くじらが島に里帰りするトッタとポテペン。父親との秘密の釣場にポテペンを案内すると、そこには巨大魚を釣り上げる爆釣団団長・海堂ムゲンの姿が！トッタはムゲンと意気投合し、ムゲンが昔トッタの父トウマから釣りを教わったことを知る。トッタたちは新装開店した島田商店へ出かけると、フード属性ヌッシー・無限食バイクウガが出現！そしてポテペンを丸ごと食べて姿を消してしまった！！ポテペンを取り戻す決心をするトッタに、ムゲンはかつてトウマから受け継いだ太陽のリールをトッタに渡すのであった。

バイクウガに食われてしまったポテペンを助けるため、トッタとトンペイはフード属性が潜んでいそうな場所を探すが、トッタはムゲンからもらった太陽のリールをうまく使いこなせないでいた。コードバンク社が主催する魚魚魚フェスでバーコードを発見したトッタは、バイクウガの腹の中にまだポテペンがいると確信し、口の中へ飛び込む。一度入ったら二度と出られないブラックホールと言われているバイクウガの腹の中は、なんでも揃う住みやすさ満点の場所だった！ポテペンと再開したトッタは脱出を試み、太陽のリールでバイクウガに挑む！

盛魚小の七不思議を確かめるため、トッタたちは夜の学校に忍び込む。お化けが苦手なトッタの目的は、学校にあるバーコードで爆釣すること！しかしトイレのサバ子さんや職員室の口鮭(シャケ)女、歩く二宮金魚郎など、おかしな七不思議に遭遇するたびに鮭内やウオマサ、アユが姿を消していってしまう。そこへ謎の少年が現れ、忘れ物を取りに来たという。トッタは少年と一緒に音楽室やプールを巡り、やがて七不思議はランス・ロードというバーソウルのせいだと気づく。少年と二人でランス・ロードを爆釣して、友達を救い出せ！！

社会科見学で世界のトイレ展にやってきたトッタたち。古代人のおまるのバーコードを読み取ったら、おかしな世界へ飛ばされてしまい、ポテペンを「伝説の勇者」と呼ぶポテペン原人が現れた！この地の守り神である絶滅危惧種のバーソウル、シーラ・ジ・カンスが暴走しているため、爆釣ってほしいと懇願するポテペン原人。シーラ・ジ・カンスの時間を操る能力で、トッタは父トウマのがかつてこの地を訪れていたことを知る。そしてトッタの秘められた能力が覚醒し・・・新章・古代バーコード文明編、ここに開幕！

神星のリールを手に入れ、ポテペン原人たちに真の勇者としてもてはやされるトッタ。今度は絶滅危惧種ディノボルケーノREXを鎮めてほしいと頼まれて、張り切ってディノパークを訪れる。別名・ジュラ紀の破壊神とも言われるディノボルケーノREXは、これまでトッタが出会ったことがないほど巨大で凶暴なバーソウルだった！初めて感じる恐怖から逃げ出してしまうトッタ。ポテペンの身を挺した励ましで本来の自分を取り戻したトッタは、神星のリールで新たな必殺技を繰り出し、ディノボルケーノREXに再び立ち向かう！

危険外来種・危険魚デスソウルシップを爆釣るため、ポテペン原人の家族と作戦会議を開くトッタ。積み上がったフライドポテトを崩すトッタを見て、古代バーコード文明の言い伝えを思い出す原人。デスソウルシップのマストを抜いて隙を作る作戦を立てる。星の外からやってきたデスソウルシップの目的は、すべての生物を食いつくして地球を侵略することだった！必殺技・ヴェノム魚雷砲にあたった者は毒魚に侵されて凍りついてしまう。家族を庇って犠牲になってしまったポテペン原人。トッタの怒りは頂点に達し、新たな力が覚醒する！

盛魚町へ戻った途端、最後のヌッシーを何者かが爆釣ったという知らせが入り、そしてトンペイの家が爆発！トッタのヌッシーソウルアーも何者かに盗まれていた。そこへコードバンク社が主催する爆釣カップの知らせが舞い込む。優勝商品はなんと、全てのヌッシーソウルアーだ！爆釣団や学校の同級生と共に爆釣カップに挑戦するトッタ。初めのお題は、「珍魚種バーソウル」。「珍」な特徴を持つバーソウルたちに苦戦するトッタと、バーハンターたちに追われる身になった珍魚種ポテペン。トッタたちは無事に第一ステージをクリアできるのか！？

爆釣カップの第一ステージを通過した勝者たちに与えられた次の課題は、「チキチキ爆釣ビンゴ勝負」！カードに表示されているバーソウルを3つ揃えたらクリアだが、トッタはルールが全然理解できずに出遅れてしまい、アユ・ウオマサ・鮭内に騙されたりしている間にキバとキングは早々に3回戦へ進出。トッタはトビウォーカーを釣り上げてビンゴを揃えようとするが、シャチとハネルの妨害でピンチに陥る。そこへ現れたのは現代社会にすっかり染まったポテペン原人！ポテペンをナポテオン13世に進化させ、窮地を乗り切ろうとする！

爆釣カップは決勝トーナメントに突入！トッタVSキング、シャチVSキバの対戦で爆釣るのは、コードバンク社がクローン技術で生み出した絶滅危惧種データイタン！キングはデータイタンの異様な様子を感じ取り、あの手この手でトッタとの戦いを先延ばしにしようとする。実は、シャチが特殊な装置を使いデータイタンを苦しめ暴れさせていたのだ。会場が混乱しているのに乗じて、シャチはヌッシーのソウルアー5つを盗み出してしまう。シャチを追うトッタ、爆釣団、そしてコードバンク社社長。トッタたちはシャチの野望を止められるのか！？

神主（カミヌッシー）がついに目覚めてしまった！シャチは改造シカケメモリーで神主を従わせようとするが、近づきすぎて石化してしまう。神主は外へ飛び出し、盛魚町の建物、人々やハネルを攻撃し石化していく。トッタ、キバ、キングは神主を追うが、バクツリシールド（通称BTシールド）に阻まれてフックできない。そこへムゲンが颯爽と現れ、オーロラのリールを駆使して超究極テクニック・メビウスムーブにより神主を捉える！必死にムゲンの技を盗もうとするトッタとキバ。そして神主は第二形態へと姿を変える・・・

神主（かみぬっしー）第二形態を前に、キバは自分ひとりで釣らせてくれとトッタに頼み、神主に無茶な戦いを挑む。捨て身の攻撃でBTシールドをこじ開け、一度は爆釣ったかに見えた神主だが返り討ちにあい、絶望するキバ。 一方そのころ、トンペイ、ポテペン、シュワ次郎は神主に対抗する秘策を得るため、コードバンク社の最上階を目指して色々なものと戦っていた。 トッタは、キバが爆釣をする本当の理由を知り、キバにある約束をする。そして休眠状態の神主が目覚めて最終形態の姿を現し・・・ついにトッタと神主の爆釣が始まる！！

神主（かみぬっしー）最終形態との爆釣勝負で苦戦するトッタ。神主のウロコを目にした途端、ウロコに心を奪われて自分の爆釣を見失ってしまう。 コードバンク社社長ホオジロウも同じくウロコに魅了されていた。ウロコを手に入れるため、盛魚町に隠されていた長年の秘策・銛ビルプロジェクトを遂に実行する！ トンペイたちと秘策を見つけて戻ってきたポテペンは、爆釣よりもウロコを求めるトッタに駆け寄り必死で説得する。あらゆるものをデータに変えて吸収し、神主はどんどん巨大化！トッタは自分を取り戻すことができるのか！？

巨大化した神ヌッシー最終形態を前に、進化したポテペン・海帝ポテカイザーが応戦するが、歯が立たない。トンペイが持ってきた秘策の海創主ゼノバーゴッドはなぜかかくれんバーの姿のままだ。このままでは世界全体が神ヌッシーにデータ化されてしまう！ そんなとき、かくれんバーがデータのチリから父トウマを再生し、二人をバーコード海へ移動させる。トッタはトウマとの再開を果たし、自分の爆釣りへの気持ちを確信。これまで戦ってきた仲間たちの力を携えて、神ヌッシーに立ち向かっていくトッタ。無限の力を覚醒させ、神釣りに挑む！