特捜班が部屋を移ることとなり、引っ越し当日、浅輪直樹（井ノ原快彦）たちは朝から荷物と格闘してバタバタ。そんな慌ただしさの中で、突然、国土交通大臣・諏訪部孝一（神尾佑）から直に呼び出しが入る。いったい何事なのか、困惑しながら直樹と国木田誠二（中村梅雀）が議員会館に出向くと、諏訪部は衝撃の依頼を持ちかける。 彼の秘書・高石沙月（知念里奈）によると、実は先日、「今すぐ大臣を辞任せよ。さもなくば、1001人の人質の命を奪う。まずはお前の母校からだ」という脅迫メールが事務所に届いたという。よくあるイタズラかと思って無視していたところ、メールの予告どおりの時刻に、諏訪部の母校である神奈川県内の大学で原因不明の爆発があり、男性が１名死亡したというのだ。しかし、諏訪部は事件と脅迫メールの関係がハッキリしないことを理由に神奈川県警に脅迫メールのことを報告しておらず、脅迫状を送りつけた犯人を特捜班に極秘裏に突き止めてほしいと直樹たちに頼み込む。 脅迫どおりなら、人質があと1000人いることになる…。直樹は今すぐ神奈川県警に連絡すべきだと進言するが、国木田は何を思ったのか依頼を受ける判断を下し、特捜班は秘匿捜査に乗り出すことに…。ところが直後、「翌日の午後５時までに辞任会見を開かなければまた誰かが爆死する」という２通目の脅迫メールが舞い込む。1000人もの人質を抱えるこの難事件を、特捜班はタイムリミットまでに解決することができるのか!?　顔の見えない爆弾魔と直樹たちの戦いがはじまって…!?

「大臣を辞任しなければ1000人を爆死させる」――国土交通大臣・諏訪部孝一（神尾佑）を脅す謎の爆弾魔の捜査を極秘裏に進めていた浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班。第二の爆破事件が起きた直後、諏訪部の秘書・高石沙月（知念里奈）から3通目の脅迫メールが届いたという知らせが入る。そこには「こちらは本気だ。残り999人を救いたければ、明日の17時までに過去の罪を認め辞任しろ」と書かれていた。いったい諏訪部の“過去の罪”とは何のことなのか、直樹は引っかかる。 そんな中、また新たな爆破事件が発生！　しかも直樹が諏訪部をかばって爆発に巻き込まれてしまう…。直樹は無事なのか――がく然とする特捜班メンバーに対し、班長・国木田誠二（中村梅雀）はなぜ諏訪部から依頼されて秘匿捜査を引き受けたのか、ようやく重い口を開いて…!? 第１話から特捜班が追いかけてきた爆破予告事件、その背後にからむ国家規模プロジェクトの全貌とは…!?　そして真犯人の正体とは…!?　ついに全真相が明らかに…！

ドキュメンタリー動画制作会社のディレクター・本条美緒（水崎綾女）が自宅寝室で死んでいるのが見つかった。浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場したところ、室内には争った形跡があり、何者かともみあいになった末、室内にあった三脚で殴られたものと思われた。 夫の悠太（鈴之助）は事件当日の朝、急いで出かける美緒を見送ったあと、近所のスーパーに買い物に行ったが、それ以外は自宅にいたという。美緒は悠太が不在の間に帰宅し、侵入した何者かに寝室で殺されたのだろうか…。直樹は現場から破られた不妊治療の同意書を発見するが、悠太に確認したところ、なぜ破れているのか覚えていないと言葉を濁す。 美緒の勤務先を訪ねた直樹は、彼女が生前、悪質商法や特殊詐欺などかなり危険な取材をしており、個人的に追っていたネタがあるとつかむ。それがどうやら同じ不妊治療クリニックに通う“妊活仲間”川崎留美（沢井美優）とその夫・斗真（古澤蓮）に関することらしいと発覚。いったい美緒は、夫婦の何を探っていたのか!?　村瀬志保（羽田美智子）らは美緒と留美が同じ妊活セミナーに出入りしていたことをつかむが、そんな中、悠太が青柳靖（吹越満）らの追跡をまいて姿をくらましてしまう。 美緒を殺害したのは、夫の悠太なのか、危険な取材相手なのか!?　それとも留美夫妻や、怪しげなセミナーがからんでいるのか!?　手がかりを求めて、直樹は高尾由真（深川麻衣）と夫婦を装ってセミナーに潜入するが…!?

住宅街にある階段の植え込みから、弁護士・上原弦太（平埜生成）の遺体が見つかり、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場する。被害者は何者かに殴られた勢いで転落し、頭部を打ったものと思われた。そんな中、青柳靖（吹越満）が植え込みの中から、小さなバッジを発見。現場近くの私立高校の校章だとわかる。 もしや生徒による犯行なのか…!?　直樹たちが副校長・下川修三（佐伯新）に事情を聴いたところ、上原は学校で起きた問題に法的立場からアドバイスする“スクールロイヤー”を務めており、最近ではダンス部のトラブルに対応していたことが明らかになる。ダンス部顧問・石上仁美（吹越ともみ）によると、1カ月ほど前から校外の練習場所に部員たちの活動をのぞき見するような不審人物が現れるようになり、上原に相談し追い払ってもらったという。だがその際、男ともめたようで、以来、上原はダンス部の放課後練習を毎日のように見張っていたらしい。 その矢先、現場に落ちていた校章バッジは、足のケガで休部中のダンス部部長・畑中美玖（長澤樹）のものと判明。美玖はどこで校章を落としたのかもわからないと関与を否定するが、やはりダンス部が事件と関係しているのか!?　それとも上原を逆恨みした不審な男の犯行なのか!?　捜査を進めた直樹たちは、やがて学校に潜む“闇”に突き当たることに…!?

居酒屋チェーンの社長・城川太一（戸井勝海）が殺されたと聞き、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は現場へ…。しかし臨場したところ、なんと“遺体がない”ことが発覚する。 通報者で城川の秘書・紺野亜由美（我妻三輪子）によると、朝から社長と連絡が取れなかったため、スマートフォンの位置情報を頼りに付近を探し歩き、路地裏に大量の血だまりと城川の携帯電話を発見。動転して「殺人事件が起きた」と通報してしまったという。その後、事件の夜、何者かがスーツケースを引いて歩くような音を耳にしたという近隣住民からの証言も浮上。犯人は殺害後、スーツケースに入れて遺体を運んだのだろうか!? まもなく、妻・早紀（片岡礼子）や専務の槇村俊平（大迫一平）の話から、城川は最近、生物学者・小田嶋博史（水橋研二）の研究に興味を持ち、1億円も投資していたとわかる。小田嶋は不老不死の能力を持つクラゲを研究しており、そのメカニズムを人類に転用できないかと模索していた。さらには、おしどり夫婦のイメージで知られていた城川夫妻の仲が実は冷え切っており、城川が数々の秘密を抱えていたことも明らかになる…。 やがて、この遺体なき殺人事件は予想だにしない展開へ…。監察医・早瀬川真澄（原沙知絵）は特捜班の依頼により、前代未聞の検視に挑むこととなるが…!?

人気洋食店の店主・今井信彦（大堀こういち）が厨房で頭部から血を流して殺害されているのが発見され、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場する。鍋の中には煮込み途中らしいビーフシチューが残されており、仕込みの最中に何者かに襲われたものと思われた。 今井は味に厳しい職人気質の料理人で、妻亡きあと、息子の安彦（山口貴也）と２人で店を切り盛りしていたが、５年前に父子は激しく衝突。仲違いした末に、安彦は出て行ったという。 そして３年ほど前からは、岸川恭弥（山口大地）という従業員が今井を手伝ってきたが、店の看板メニューであるビーフシチューに関しては今井が工程のすべてを担当。直樹は現場に未開封の野菜ジュースのパックが置いてあったことを不思議に思うが、岸川もなぜかはわからないという。 ところが、現場の遺留指紋を照合したところ、衝撃の事実が判明する。なんと岸川は未成年だった10年前、強盗致死事件を起こし、少年院に送致された過去を持っていたのだ。 しかも殺された今井が３週間前、800万円という大金を預金からおろしていた事実が浮上。もしや、岸川が金銭目的で殺害したのか…!?　そんな中、直樹は岸川の靴が泥で汚れていることに気づくが…!?

警視庁が公開している身元不明遺体の似顔絵を見たという女性・関口エリ（宮田早苗）が、「どういうことか説明してほしい」と抗議にやって来た。エリによると、５年半前に亡くなった”行旅死亡人”の女性の似顔絵が娘・萌絵（工藤遥）にそっくりだが、萌絵は生きているはずだというのだ。いったいどういうことなのか!?　疑問を抱いた浅輪直樹（井ノ原快彦）は、エリから詳しい事情を聴くことに…。 エリの娘、萌絵は10年ほど前、劇団女優を志して家出同然で上京。エリは８年前、内緒で公演を見に行って以来、娘とは会うことも声を聴くこともしていないが、毎年、エリの誕生日には萌絵からプレゼントと直筆の手紙が届くという。エリはまた、身元不明遺体の服装が萌絵の趣味とはかけ離れて派手なものであることや、遺留品の中に愛用の指輪がないことも娘とは違う人物である証だと主張するが、似顔絵があまりにもそっくりなのが解せないと話す。 萌絵は生きていてるのか!?　それとも彼女の死を隠したい第三者が萌絵だと偽ってエリに手紙を送っているのか!?　手がかりを求めて劇団を訪ねたところ、代表の松島信人（おおたけこういち）、劇団出身の声優・小川奈央（北原里英）は、萌絵は６年前に理由も言わずに劇団を辞めたと証言。それ以来、行方を知らないと話す。 その後、３年前に萌絵の姿を見たという人物が浮上！　やはりエリのいうとおり、彼女は生存しており、犯罪に巻き込まれて身を隠しているのか!?　謎はさらに深まっていくが…!?

浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班に、特殊事件捜査係から緊急応援要請が入った。都内の大型ニュータウンに暮らす小学６年生・篠原吉宏（嶺岸煌桜）が学校帰りに何者かに誘拐され、父・信一郎（金子岳憲）の携帯電話に身代金を要求する脅迫メールが届いたという。現場は奇しくも直樹が子ども時代を過ごした場所で、直樹はまさか自分が住んでいた街の事件を担当するなんて…と驚きながらも極秘捜査をスタートする。 現在、幹線道路が工事中のため、ニュータウンに出入りするには３つの橋のいずれかを徒歩で渡らなければならず、監視カメラをチェックした結果、吉宏の姿は確認できなかった。つまり被害者は地域内で監禁されており、犯人はニュータウン内に暮らす住民である可能性が高いと思われた。 特捜班メンバーは、吉宏と同じ小学校に通う子どもたちに、それとなく聞き込みを開始。青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、吉宏が誘拐された日、サングラスをかけた見知らぬ男と一緒にいたという目撃証言を得る。一方、村瀬志保（羽田美智子）と高尾由真（深川麻衣）は事件当日の帰り道、吉宏がスーツケースを持った怪しげな女と話していたという目撃証言をつかみ、それぞれ行方を追跡する。 そんな中、直樹は吉宏の部屋から錆びた鉄の輪を発見。それがいったい何なのか、気にかかるが…!?　そして、刻一刻と身代金受け渡しのタイムリミットが近づく中、直樹は謎の少年を見かけて後を追うが…!?

特捜班主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は妻の倫子（中越典子）と参加した地域のゴミ拾い活動で、ボランティアの世話役を担当する真田雅弘（佐戸井けん太）と知り合う。奇しくも、真田は警視庁勤務で留置担当官だという。 その矢先、データサービス企業を営む社長・三倉陽平（イワゴウサトシ）が刺殺される事件が発生。捜査をはじめたところ、三倉に恨みを募らせる男の存在が浮かぶ。昨年、三倉の会社でデータ流出騒動が起きた際、犯行を疑われて自殺した社員・橋倉ゆかり（友利恵）の婚約者・小島裕太（永岡佑）だ。 まもなく、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）が小島を確保し、彼の所持品から凶器のナイフを発見。やはり三倉を恨んだ末の犯行と思われたが、小島は「ゆかりはあんなこと、やっていません」と亡き婚約者の無実を訴えるだけで、自分のことは何ひとつ語ろうとしなかった。 ところが、留置場に入る直前、突然、小島が「お世話になった人に、ひと言書きたい。それができたらすべてを話す」と言いだし、書くものを借りたいと頼んできた。小島の思いを理解した青柳は近くにあったメモ用紙とペンを渡すが、その夜、小島は留置場内で自殺。手には、「警察は無能だ」と書いたメモを握りしめていた…。 警察を非難するメモを遺したということは、誤認逮捕だったのか…!?　特捜班が揺れる中、上層部は青柳が紙とペンを小島に貸したことを問題視。翌日までに被疑者死亡で送検するなら青柳の処分は不問にすると宣告されるが、自らの処遇より真実を明らかにすることを望む青柳の“覚悟”を受けて、特捜班は改めて捜査を開始する。 しかし、小島が自殺した夜、当直だった留置担当官には停職処分が下ることが決定。その留置担当者こそ真田だとわかり、直樹はがく然とするが、その真田は直樹に思いもよらぬ相談を持ちかけて…!?　はたして特捜班の執念の捜査で明らかになった衝撃の真相とは…!?