浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班メンバーはオフィスの模様替えについて話し合うも、意見がバラバラで打合せは大モメ。そんな中、事件発生の知らせが舞い込み、一同は現場の低層マンションに急行する。早朝、マンション内で大きな落下音が響いたため複数の住人が廊下に出て確認したところ、中庭で管理人・林田浩二が頭から血を流して死んでいたという。遺体のそばには割れた植木鉢が落ちており、鉢と頭部の傷は合致したが、自分でぶつかったのか、殴られたのか、はたまた上から落ちてきたのかは不明だった。 特捜班は、直樹と新藤亮（山田裕貴）、村瀬志保（羽田美智子）と高尾由真（深川麻衣）、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）の３チームに分かれて住民への聞き込みを開始。被害者との関係や動機、アリバイを探りはじめる。ところが、現場のマンションは間取りや家賃がバラバラなこともあり、住人たちもプログラマー、元教師、経営者、クラブ勤務、求職者など仕事や生活ぶりはさまざまだった。バラバラなのは捜査に当たった特捜班も同じで、６人はそれぞれ異なる住人に疑いの目を向けて…!?

ある休日、特捜班メンバーの高尾由真（深川麻衣）は先輩の小宮山志保（羽田美智子）を誘って、高校時代の親友・寺本麻里佳（長井短）が営む、人気の古民家カフェを訪れた。麻里佳と開店前に待ち合わせして店に入ったところ、麻里佳の共同経営者で調理を担当する藤沢睦美（宮﨑香蓮）が厨房で刺殺されているのが見つかる。麻里佳やアルバイトの熊井寛人（草野大成）によると、睦美は事件の夜、ひとりで店に残っていたらしい。 臨場した特捜班の主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は、遺体の右手が何かを握っていたような形になっているのが気にかかる。また、カフェの前に集まった野次馬の中に挙動不審な男を発見。彼は以前、よく店を訪れていた元常連客の長谷渉（長谷川ティティ）だとわかるが…。 そんな中、睦美はフードコンサルティング会社の社員・樽谷宏（見津賢）と最近、トラブルになっていたことも発覚する。樽谷と彼の上司・小林沙織（河井青葉）がいうには、経営について様々なアドバイスをし、順調に売り上げが伸びていたにもかかわらず、１週間前にすべての契約を白紙に戻すと睦美から一方的に告げられたという。 その矢先、麻里佳と睦美が店の経営をめぐって言い争いをしていたことが発覚。さらに、麻里佳について次々と知らない事実が浮上していき、周囲の人間にたくさんの嘘をついていたことが判明。麻里佳への疑惑がふくらむ中、由真は刑事として、最後まで真実を追求することができるのか…!?そして苦悩する由真を見つめる直樹が取った行動とは…!?

特捜班刑事の新藤亮（山田裕貴）、高尾由真（深川麻衣）、捜査支援分析センターの分析官・三ツ矢翔平（向井康二）の若手３人は、出先で事件に遭遇する。雑居ビル内にあるレンタルスペースで、人気コミック誌編集長・門倉裕一（天野浩成）が刺殺体となって見つかったのだ。折しも、特捜班主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は休暇を取得し、妻・倫子（中越典子）と旅行中…。３人は直樹がいなくても若手だけでできるところを見せようと、張り切って初動捜査を開始する。 新藤たちが第一発見者の編集者・星川敏志（大津尋葵）に事情を聴いたところ、現場のレンタルスペースではその日、デジタルコミック誌へと異動になった小松翔吾（小松和重）の送別会が行われる予定だったとわかる。送別会は午後６時からなのにもかかわらず、星川は門倉になぜか２時から会場を借りておくよう指示されたという。 まもなく、殺された門倉の携帯から「送別会の前に一人で会場に来てほしい」と小松を呼び出したメッセージが見つかり、異動を恨んだ小松による犯行ではないかという線が浮上する。しかし、小松は私用があったため呼び出しには応じなかった、と関与を否定して…！？ 一方、直樹と倫子は旅先でデッサンの描かれたノートを拾ったことから、持ち主の平花鈴（平澤宏々路）と知り合う。彼女は東京で“ある人物”にだまされたと打ち明けて…！？ そんな中、班長の国木田誠二（中村梅雀）は、特捜班のメンバーひとりひとりに意味深な言葉を掛けていき…！？

浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、1年前に絵画修復師夫妻――井吹光一郎（三嶋健太）、華（足立梨花）――が殺傷された事件の捜査を引き継ぐこととなった。当時、夫妻の工房では世界的評価も高い新進画家・千堂小夏（清水葉月）の代表作『愛の記憶』を修復中で、犯人は光一郎を刺殺し、華をベランダから突き落とした上で、『愛の記憶』を盗み出していた。捜査本部は絵画窃盗グループの犯行とにらんだものの証拠がつかめず、盗まれた『愛の記憶』も行方不明という状況で長らく動きがなかったが、なんと事件以来、昏睡状態が続いていた華が１年ぶりに意識を取り戻したのだ。 唯一の目撃者である華の証言が得られれば事件はすぐに解決するものと思われたが、直樹と新藤亮（山田裕貴）が医師を訪ねたところ、衝撃の事実が判明！なんと華は事件の１年前から当日まで一切の記憶を失っていたのだ。事件を思い出すのは彼女にとってつらいことでしかないのでは、と直樹はためらうが、華は記憶を取り戻すため事件現場の工房に連れて行ってほしいと言いだす。工房は現在、事件の第一発見者でもあるスタッフの九條学（堀家一希）が、華の代わりに守っていたが…。 一方、小宮山志保（羽田美智子）と高尾由真（深川麻衣）は小夏から事情を聴く。小夏は１年間、毎週のように華の病室を見舞っていたが、彼女が目を覚ました日にかぎって病室に顔を出すことはなかった。小夏は井吹夫妻とは美術大学時代の同期で、『愛の記憶』は光一郎と華をモデルに描いたものだと打ち明けて…。

ある夜、特捜班主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は妻・倫子（中越典子）から連絡を受け、後輩の新藤亮（山田裕貴）、高尾由真（深川麻衣）とともに雑居ビルの一室に駆けつける。なんと倫子が鉄パイプの下敷きになって絶命している男性を発見したのだ。 現場はプロテイン製造販売会社が倉庫として借りている一室で、社長の江田陽一（和田正人）からコラボスイーツの制作を持ちかけられた倫子がプロテインのサンプル受け渡しのため現場を訪れたところ、遺体に遭遇したという。江田の会社では最近、メディアでも引っ張りだこで、若者を中心に絶大な人気を誇るカリスマフィットネストレーナー・高野紗希（ソニン）とコラボするなど、コラボ商品開発に力を入れているようだった。 江田によると、この雑居ビルは改装工事中で廊下に資材が立てかけられていたらしく、空き巣に入った男が物色中に資材を倒し、運悪く後頭部に鉄パイプが当たったのではないかと思われた。だが、直樹は現場の状況に不自然なものを感じ、何者かが男を殺して事故に見せかけようとしたのではとにらむ。 やがて、死んでいたのは空き巣ではなく、フリーの週刊誌記者・柴崎宏隆（伊崎右典）で、紗希と江田とは浅からぬ因縁があることが判明。 しかし、紗希と江田はそれぞれ死亡推定時刻には完璧なアリバイがあると主張し、捜査によってそれが証明される。直樹ら特捜班を前に不敵で大胆な振る舞いで犯行を否定する紗希の鉄壁のアリバイを崩し、真相を暴くことができるのか!?

廃工場で目を覚ました特捜班刑事・青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、ギョッとする。２人の手はなぜか手錠でつながれており、警察手帳、携帯電話、手錠の鍵まで何者かに奪われていた…。 その日、特捜班は朝から建設会社社長・大槻道長（林和義）が殺害された事件の捜査を開始。第一発見者でもある部長・船岡達郎（六角慎司）によると、最近、被害者とトラブルがあったのは2名――1カ月ほど前に退職した元社員・浪口正徳（倉沢学）と、会社の金を使い込んで解雇された息子の純也（滝川広大）だった。主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）と新藤亮（山田裕貴）は浪口を、小宮山志保（羽田美智子）と高尾由真(深川麻衣)は純也を調べることとなり、青柳と矢沢は会社周辺の聴きこみへ。すると、社員・勝呂文平（高橋努）の不審な行動が浮上。２人で勝呂を追跡していたところ、何者かに殴られてしまい意識を失ったのだった…。 勝呂が夕刻発のカナダ行き航空券を所持していたこともあり、青柳たちは一刻も早く廃工場を出て勝呂を追わなければと焦るも、手錠が邪魔して追跡に大苦戦して…!? 一方、青柳たちと連絡が取れないことを心配した直樹は、２人が勝呂を追っていたことを察知。ところがその矢先、突然、直樹たちの前にひとりの女性が出現。高峰千尋（佐藤江梨子）と名乗る彼女は「自分が社長を殺した」と言いだすが…!?

昼休み、特捜班メンバーから弁当を頼まれて買いに出た新藤亮（山田裕貴）は、街角でボストンバックを抱え、うずくまっている男性を見つける。男性は苦悶の表情で「お願いします…娘を助けて…」と言い残し、意識を失ってしまった。彼が見せたスマートフォンには「娘は預かった。1億円用意しろ。13時までに駅に持ってこい」という脅迫メッセージと拘束された女の子の画像が残されていた上、バッグの中には大量の札束が…。驚いていると、追い打ちをかけるように「１秒でも過ぎれば娘の命はない」という非通知のメッセージが届く。 誘拐事件が起きていること、しかも身代金受け渡し時刻まであまり猶予がないことを悟った新藤は、通りかかったフードデリバリー配達員に救急要請を依頼して男性のことを頼むと、自分はバッグを抱えて指示された駅に向けて走りだす。 新藤から連絡を受けた主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、すぐさま新藤のバックアップにまわるべく捜査を開始。倒れた男性は、議員秘書の谷繁秀輝（吉田悟郎）で、彼の父は黒い噂が絶えない国会議員・谷繁正秀（山田明郷）と判明。そして誘拐されたのは、秀輝と妻・明里（早瀬マミ）の娘で小学５年生の風花（中村たんぽぽ）とわかる。だが、警察に通報は入っておらず、谷繁家が内々で対処しようとしたものと思われた。 その頃、なんとか指定された時間内に目的の駅に到着した新藤。だが、犯人から場所の変更指示が入り、新藤はまた全力で走ることに…。さらに、犯人とは別に、身代金を狙う謎の2人組が出現して…!?

ある休日、特捜班の主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）と小宮山志保（羽田美智子）は、かつて鑑識官だった猪狩哲治（伊東四朗）の依頼を受け、古びたマンションに向かった。実は、猪狩の知人・佐々木敏江（中田喜子）が２カ月前に自室で孤独死したのだが、猪狩は生前、敏江から「自分はロクな死に方をしないと思う。死んだら調べてほしい」と頼まれていたという。 マンション管理組合理事長・堀井一郎（真砂京之介）や管理人・小坂真子（笛木優子）によると、敏江は30年前に夫と死別。定年まで弁当工場を勤め上げたあと、猪狩も所属する俳句の会に参加したものの気難しい性格で周囲となじめず、孤独に暮らしていたらしい。発見されたときは死後数週間経過しており、持病もあったことから心臓発作と判断されたようだった。 さっそく、敏江の部屋を確認した直樹たち。彼女には家族も友人もいないとのことだったが、室内には若者に人気のゲーム機や容量の大きな炊飯器も置かれ、誰かを家に呼んでいたような形跡があった。さらに、金庫の中には銀行通帳と古い写真、彼女が参加したらしい“終活セミナー”の書類が残されており、死亡推定日の少し前に銀行口座から400万円がおろされていたことが判明する。いったいその400万円はどこへいったのか…!?　また、写真には若き日の敏江と夫らしき人物、幼い女の子がおさめられており、敏江に娘がいる可能性が浮上して…。 そんな中、ある人物が捜査線上に浮かぶ。それは終活セミナーのスタッフ・新田春斗（島村龍乃介）で、彼は青柳靖（吹越満）が更生を見届けてきた人物だった。敏江は病死ではなく殺人なのか!?　そして彼女の死に春斗はかかわっているのか!?　真実を突き止めるため、直樹は猪狩の“弟子”でもある鑑識官・佐久間朗（宮近海斗）に、“ある検証”を要請するが…!?　遺品が語る孤独死の真実とは…!?

特捜班主任の浅輪直樹（井ノ原快彦）と後輩刑事の新藤亮（山田裕貴）は宝石店強盗事件の捜査中、繁華街で容疑者とよく似た男・朝倉昭雄（森谷勇太）と遭遇する。実は事件後、強盗犯が路地で覆面を脱いで顔をあらわにする動画がネット上に出回っていたのだ。２人は必死に朝倉を追うが、あえなく取り逃がしてしまう。追跡の最中、直樹は新藤から「自分は“主任”を目指している」、つまり今の直樹の立場と取ってかわるつもりだと、ハッキリ告げられて…。 一方、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は拳銃密売犯を追い、あるバーを張りこんでいた。この店のトイレで行われた取り引きが撮影された動画がネットに上がっていたのだ。２人は動画と似た男・馬場（フェルナンデス 直行）を発見し、追い詰めるが…。 そして小宮山志保（羽田美智子）は高尾由真（深川麻衣）から応援要請を受け、現場の高級住宅街に急行。その付近では最近、ペット窃盗事件が立て続けに起きていることがわかり…。 その後、捜査支援分析センター（SSBC）副所長・村瀬健吾（津田寛治）と分析官・三ツ矢翔平（向井康二）の解析により、３つの事件をつなぐ戦慄の事実が判明！　捜査は思いもよらぬ局面へと突入していくことに――。さらに、直樹は警務部人事第二課に呼び出され、“まさかの打診”を受けるが…!?

宝石店強盗、拳銃密売、連続ペット窃盗という３つの事件がすべてフェイク動画による冤罪であることに気づいた浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、真犯人が新たに作成したと思しき犯行予告動画を調べていた。しかし、「150歳の老人の誕生祝いに、男は祝砲の弾を込め、女は皿に鳥の頭を盛って、新しい指揮者が古い指揮者を殺す」――という不気味なメッセージの謎が解けないばかりか、動画の最後に出現した真犯人らしき男についても手がかりは皆無で、犯行予告の日まであと３日しかないにもかかわらず、捜査は暗礁に乗り上げていた。 そんなとき、犯行予告日に警視庁150周年記念式典が開催されることが判明。真犯人の狙いは、このイベントなのか…!?　奇しくも150周年記念式典は、警視庁音楽隊に異動した特捜班前班長・国木田誠二（中村梅雀）の初舞台でもあった。 すぐさま式典の予定会場に向かった特捜班は、犯行予告動画に映っていた男・出口一郎（柏原収史）を発見して確保する。ところが、その背後で突然、爆発が…!?　さらに、捜査支援分析センター（SSBC）副所長・村瀬健吾（津田寛治）と分析官・三ツ矢翔平（向井康二）が、ネット上にまた新たな犯行予告動画を発見！　その動画に出現したのは、またしても見知らぬ女の顔だった…。 他人の“顔”を利用してディープフェイク動画を作り、その顔を次々と脱ぎ捨てて犯罪を重ねていく真犯人は、いったい何者なのか…!?　そして、なんと直樹の“顔”まで盗まれる衝撃の事態が発生!?　大勢の観客が集まる式典で大パニックが巻き起こる事態に！その式典で、何を思ったか、新藤亮（山田裕貴）がバディを組む直樹とは別行動を取りはじめて…。 犯人の顔も目的もつかめない、すべてが謎に包まれた犯罪に、特捜班はどう立ち向かうのか…!?　最後まで結末が読めない衝撃の展開が待ち受ける、シーズン最終回！