繰り返される戦争により荒廃した世界が復興の兆しを見せ始めた時代。ショク・エリアに住む劉備ユニコーンガンダムは、自警団『ドラゴンズ・ウォッチ』を率いて街を守っていた。 そんなある日のこと、BUGに追われた二人の男を見かける。同じく街を守る馬超ガンダム・バルバトスと趙雲ダブルオーガンダムと共に救出に向かう劉備。 運命に導かれて出会った少年達による、世界を救う冒険譚が今始まる。

劉備達がBUGの大群から助けた二人の男。彼らの名は関羽νガンダムと張飛ゴッドガンダム。二人と義兄弟の誓いを交わした劉備は、世界を救う鍵と言われる諸葛亮フリーダムガンダムを探す旅へと出た。諸葛亮の研究所へと続く洞窟に辿り着いた劉備達。中を進む彼らを待ち受けていたのは無数のトラップだった。果たして劉備達は諸葛亮と無事に出会うことが出来るのか。

ギ・エリアの軍産複合企業「ブルーウイング」をまとめるのは若きCEO、曹操ウイングガンダム。ラクヨウ・エリアの惨状とトリニティの供給問題を解決する為、領主である董卓プロヴィデンスガンダムに問い詰める曹操であったが、聞く耳を持たない董卓。司馬懿デスティニーガンダムの仲裁もあり、話を終えた曹操であるが、ラクヨウを後にしようとした彼に魔の手が襲い掛かる。

董卓を討つ為、敵対関係でもあった曹操と同盟を結んだのは、流通ギルド「レッドタイガー」の代表である孫堅ガンダムアストレイ。それぞれの勢力はラクヨウへの出陣の為、急ぎ準備を進める。いっぽうその頃劉備達は、ある廃れた研究所を訪れていた。そこは、かつて諸葛亮が張角と共に研究をしていた素粒子研究所であった。はたして一行は、世界を救う為の手掛かりを見つけ出せるのか。

『董卓を倒す』曹操と孫堅の目的を知った劉備達は彼らに志願し、同行を許された。両エリアの連合軍と共にラクヨウ・エリアへと続く高速道路を走る劉備達。戦闘前の束の間、会話が弾む一同であったが、そんな彼らにBUGの魔の手が襲い掛かる。数に圧倒される連合軍であったがそこに、張飛がBUGを食い止める秘策を持って名乗り出た。

曹操と孫堅の指揮の下、連合軍は董卓の居城“ビクトリータワー”に突入したが、内部は大量のBUGがひしめいていた。曹操と共にタワーを攻略していた劉備だが、彼らの前に最大最強の敵、呂布シナンジュが立ちはだかる。その頃、一人別行動を取っていた諸葛亮は小さな手がかりを頼りに、師である張角の元にたどり着いていた。

隠しルートを進んでいた大喬ガンダムアルテミーと小喬GNアーチャーの前に立ちはだかる貂蝉クシャトリヤ。周瑜アカツキも駆け付けたが、貂蝉の毒により苦戦を強いられる。一方、関羽と張飛は真の姿を現した董卓と戦闘を開始。劉備と曹操は少しずつ呂布を追い詰めるが．．．仲間たちが最後の戦いを繰り広げている中、張角と再会した諸葛亮は悪魔のような真実を知ることとなる。

董卓達との死闘を制した連合軍。劉備達が勝利の余韻に浸る中、ビクトリータワー頂上の転位門を一人訪れた曹操。トリニティ枯渇の現実を目の当たりにして絶望する曹操に、司馬懿が囁きかける。「曹操様。あなたが世界を救うのです。」― 時が経ち、孫堅の下で修業していた劉備達は逞しく成長していた。そんな束の間の平和が流れる中、曹操が世界にその決意を突き付ける。

「ごく少数の選ばれし者を除き、国民全てをBUG化する。」この宣言と共に曹操は、黄化トリニティに侵されたBUGを地上へ放った。現実を受け入れらない劉備であったが、真意を確かめるために曹操の元へ向かうと決意する。対話で曹操を止められなければ、自らが倒す覚悟を持って。そんな中、孫堅率いるレッドタイガーはブルーウイングの将やBUGの軍勢との戦闘に突入。ついに今、最終決戦の幕が切って落とされる。

互いの思いは通じず、完全装備となった曹操が劉備達に襲い掛かる。新たなる姿を見せた曹操に手も足も出ず苦戦を強いられる劉備だが、そんな彼の前に現れたのは、死んだと思っていたかつての仲間であった。秘策を持って動く諸葛亮、真意不明の司馬懿、刃を交えるレッドタイガーとブルーウイング。そして、劉備は曹操を止めることが出来るのか．．．それぞれの思惑が交差して今、物語はクライマックスを迎える！！