ゴジラの体内で核融合が進行、暴走してしまう。歩く巨大原子炉と化したゴジラが日本に迫る。爆発したら、地球は火の海である。一方でオキシジェンデストロイヤーが使用された海底の土から謎の生物が復活し、怪獣デストロイアに成長する。二大怪獣に人類はどう立ち向かうのか？というお話。
VSシリーズに決着をつけるため、ゴジラは始末しなければならない。過去作でゴジラを倒したのはオキシジェンデストロイヤーだけである。というわけで、一作目と関連づけて山根博士ゆかりの人物が登場、芹澤博士に近い研究者として、今回は京大出の秀才、辰巳琢郎が伊集院博士に扮する。まぁ、思いつきとしては面白いが、オキシジェンデストロイヤーから怪獣が生まれるというのは、やりすぎである。肝心のデストロイアは先カンブリア時代の生物という設定だが、やたらとオカルトチックな造形で、これではウルトラマンＡに出てくる怪獣である。ゴジラの融解ともほぼ関係なく、何のために出てきたのかはっきりしない。
