主人公・柊京一郎は最高学府である帝國大学で学ぶため、故郷の桃木村を後にして帝都へとやって来た。しかし、帝都の雑踏に降り立った京一郎が目にしたのは、なぜか可愛らしくなってしまった己の姿であった――。

帝都でも噂に名高いおせんべいを頬張り、幸せを噛みしめていた京一郎。だがその耳に、死霊の雄叫びが届く。駆けつけるとそこでは五本刀頭領時雨と、特殊遊軍部隊の館林開らが刃を交えているのだった――。

大日本帝國陸軍特殊遊撃部隊に所属する伊勢馨と薫の双子の兄弟もまた、目覚めると可愛らしく変貌を遂げてた。さらには隊長である館林開までもが――。しかし、任務は果たさねばならない。雄真を加えた四人は帝都の警邏に向かい、因縁の相手である時雨と邂逅するのであった。

館林たちと激しい戦いを繰り広げる時雨だが、死霊を操る伊瀬兄弟により押されていく。そんな彼を京一郎は守ろうとするが、どこからともなく現れた男、ミサキにその覚悟を問われる。京一郎の出した答えとは――。

根の路を進む京一郎、ミサキ、時雨の三人。京一郎は道中現れた五本刀衆の一人・臣から五本刀衆とは何なのかを告げられる。また、ミサキからは「これ以上関わるな」と言われ――。一方、大日本帝國陸軍少将・千家伊織の執務室では、千家が京一郎の情報を手にしていたのだった。

大日本帝國陸軍の小会議室では、館林と千家が可愛らしい姿で対峙していた。館林の窮状を見かねたという千家は、みずからが京一郎に接触すると告げる。それを知る由もない京一郎は、夕暮れの帝都で、軍人が死霊を回収している場面に遭遇する。

京一郎の元に、帝國大学から教科書購入案内が届く。じきに始まる大学生活に意気込む京一郎だが、帝都で出会ったミサキや時雨、館林たち、そして死霊の姿が思い出される。悩んでいても仕方がないと考え、商店街へ赴くものの、その帰り道で千家に出会うのだった。

結界のなか、千家と京一郎は向かい合う。大日本帝國の現状について、問答をかわすふたり。列強に対抗するため、千家が考える有効な手とは――。その答えを知った時、京一郎は千家に忠誠を誓うよう迫られる。

千家の誘いを京一郎ははねのける。その時、結界を破って、ミサキと時雨が飛び込んできた。京一郎はふたりに窮地を救われた形になったが、時雨に「お前はどうしたい」と問われ答えることができない。一介の学生でしかない自分が、何を――？　一方、千家と館林もそれぞれの思惑を抱えていた。

ひとり思索に耽る京一郎の前に現れたのは館林だった。京一郎を捕らえに来たのかと思えば、答えは否。館林は死霊兵を使うべきかは、軍部でも意見が割れていると語る。そして彼もまた、京一郎に「どうしたい」のかを問うのだった。自分がこの國のためにすべき事とは？　京一郎の悩みは深まっていく。

汽車は深い闇のなかを走っていた。時雨、千家、館林、それぞれが抱えるものはあまりにも重く、京一郎はその心に寄り添うことしかできない。そんな彼を見守る、ミサキの願い。京一郎は決意のもと、遥か先へと光を見出す――。

長い夢から目覚めた京一郎。もうすぐ汽車は帝都に着く。これから新しい生活が始まるのだ。文明と電氣が張巡らされた帝都に死霊など出るはずがない。京一郎は、意気揚々と一歩を踏み出すのだった――。