ここはドリランドにある小さな国、エルア。 姫のミコトは、伝説のハンター・ボニーに憧れ、彼女のもとでスキルを学んでいた。ハンターとは、ドリランドのあちこちに埋められた宝を探す者。モンスターと戦いながら、ドリランドのあちこちに埋められた宝を手に入れることを生業としている。 そんなある日、ミコトは無断で城をぬけだし、危険な洞窟に宝探しに出た。それに気づいた世話係のウォーレンスも後を追った。洞窟の奥にある遺跡の中でミコトは宝を手に入れたが、恐ろしいモンスターに遭遇してしまい…。

ミコトはウォーレンスと共にエルアへ回り道で帰ることにした。その道中、モンスターに追いかけられている少年ポロンと出会う。その少年は狩人で、夢は英雄になることだという。やっとの思いで遺跡の外へ出たが、ミコトたちは畑を荒らされて困っている妖精の村へ迷い込む。ポロンは困っている妖精を助けたい思いから、モンスターを退治することを申し出る。

遺跡を探検するミコトとウォーレンスとポロンの３人。ハンターになれると主張するミコトはウォーレンスと喧嘩になった。そんな２人を尻目に、ポロンはお宝探しの才能をいかんなく発揮している。…かのように見えたが、ポロンが拾っていたお宝は実はモンスターのワナだった！突然始まるモンスターとの戦い！戦闘がきっかけで遺跡は崩れ、ミコトとポロンはウォーレンスとはぐれてしまう。ウォーレンスを助けようと必死になる２人。その必死な姿を見てウォーレンスは…。

旅の途中、水を汲みに『流水の神殿』に立ち寄ったミコト達。そこで、モンスターのプチオクトに襲われているセクシーな女海賊、アルビダと出会う。通りすがりの槍を使うハンターも助太刀に加わり、なんとかプチオクトを倒すミコト達だが、アルビダに脅迫され、神殿最深部の船着き場を目指すこととなった。アルビダの海賊船が漂着しているその船着き場には、恐ろしいモンスターも生息しているらしいが……。

エルアへの帰路、資金調達と休息の為に宿場町「クワンカ」に立ち寄ったミコト達。だがクワンカは、不良ハンター「ベルガー一味」によって閉塞感に包まれていた。ミコト達が食事をとっていると、ベルガー一味と住民達との騒動に出くわす。その騒動の中心にいたのは、流水の神殿で出会った「パーン」であった。多勢に無勢であるパーンに対し、加勢を申し出るミコト。しかしパーンはその申し入れを断り、たった一人でベルガー一味に立ち向かうのだが･･･

エルアに戻るため、パーンに案内されて「無限の迷宮」に向かったミコト、ウォーレンス、ポロン。４人は、ベルガーが後をつけて来ているとは知らずに、迷宮を進む。仕返しをたくらむベルガーは悪知恵を働かせて、モンスターにミコト達を襲わせるが、その戦いのさなか、突然迷宮に激しい稲妻が走る！驚くミコト達の前に現れたのは、巨大なキングモンスターだった!! 超然と破壊の限りをつくすキングモンスター。追いつめられたミコト達は戦いを挑むが……

エルアへと戻ったミコト達。普段の生活に戻るかに思われた。が、ある時、ボニーの使者・ピエールが訪ねてきた。ミコト達はピエールから、ボニーがキングモンスターの謎を追っていることを知らされる。そして、その手伝いをして欲しいと言う願いを受ける。ミコトたちは本土に旅立とうとするが、クレモアが立ちはだかる。行くなら自分を倒して行けと、立ちはだかるクレモア。その時、巨大なミミズのモンスターが現われた…！

ボニーの後を追い、エルアを出発したミコト達。まずは島を出ようと港町・コメスへと向かう。しかしベルが足りず船に乗る事が出来ない。足止めを食らった一行は、街に住む少女・イリアと偶然出会う。気の強いイリアとポロンは、口を開けば喧嘩ばかり。そんなイリアには、一つ心配事があった。数日前宝探しに行った兄・クムカが帰って来ないのだ。一緒に探しに行こうと提案するミコトだったが、その先には強いモンスターがいて……

ファーショを目指し、船に乗って海を渡るミコト達。しかし、高波に飲まれ、船は沈没してしまう。ミコト達が目覚めると、そこは美しい人魚たちが住まう海底洞窟。さらに、人魚姫のセーラが、ウォーレンスを夫に迎えると言い出した！地上に戻る方法もない中、ミコト達は雑用係としてセーラに仕えることとなる。そんなミコト達に、セーラの護衛の人魚、ロハンが話しかけてきて……？

パーンが一人、船頭となり、ようやくドリランド本土に近づいたミコト達。ウォーレンスは船酔いで、ポロンは空腹でぐったりしている。が、ミコトだけは、新しい冒険の始まりにワクワクしている。突如、ポロンが奇妙な魚に襲われ、幻覚を見始め、走り出す。それを追う一行であったが、思いがけず、「ディアガー」と出会う。彼は何かを探しているようなのだが、ひょんなことからミコトと対立してしまう。決戦のゆくえは果たして･･･

ファーショを目指し旅を続けていたミコト一行は、砂漠地帯の暑さを避けるため、遺跡へと赴く。しかしそこには、以前ミコト達と共に冒険をした女海賊アルビダが誰の許可を得ることもなく住みついていた。歓迎され食事を振舞われるミコト達であったが、アルビダ達の変貌ぶりに違和感を感じる。以前のアルビダとは異なり、とても親切で良い性格になっていたのだ。何かあると確信したミコト達はその原因究明の為に立ちあがるのだった。

ファーショに到着したミコト達。都会の雰囲気に沸き立ちながらも、ボニーの第一の弟子を捜す。「あのボニーの弟子だもん。強くて、優しくて、素敵な人だと思うんだ」と、ミコトの中で、第一の弟子に対する期待は上がる一方だ。そんな時、立ち寄った宿屋の食堂で食い逃げが発生。食い逃げ犯を謎の力で倒して捕まえたのは、なんというか、随分個性的な男性……女性……乙女であった。

ボニーの弟子・ブリリアンに、なんとか認めてもらえたミコト達。早速、秘石を探し『赤い河の渓谷』へと向かう。しかし言い伝えの謎はなかなか解けず、秘石探しは難航。ミコトも、ヘマをして皆の足を引っ張ってしまう。「ボニーは何でこんな子弟子にしたのかしら」と呟くブリリアンに落ち込むミコト……うつむいて歩いているうちに、一同とはぐれてしまう。一方ディアガーは、ミコトの素性を調べるべくスパイを送り込んで……

ミコト達の前にキングモンスターが現われた。ミコトが大きなダメージを受けてしまう。大事な弟弟子を傷つけられ、ブリが激怒。ブリは猛然とキングモンスターに攻撃を仕掛ける。何とか倒したかに見えたが、不意をつかれる。ブリ、ウォーレンス達がピンチのその時、ミコトが皆を庇うように飛び込み、イソウェルの力が発動した。見事、キングモンスターを撃退し、フレイムストーンを手に入れた。しかしその時、ディアガーが現われた…。

アルセカの町を目指すミコト、ウォーレンス、ポロン、パーンは、旅費を稼ぐために向かった廃墟で、ハンターのレオに出会う。レオの目的は、廃墟に眠る伝説のエクスホリバーを手に入れて冒険王になること。けれども、一緒に探検していたカナとリナは、レオのわがままに手を焼いて去ってしまっていた。ミコト達はひとりぼっちで困っていたレオを道連れに探検を続けるが、まわりのことを考えないレオに振り回されっぱなし。とんでもないハンターを道連れにしてしまったと後悔するのだが…

アルセカへと向かうミコト一行は、嫌がるウォーレンスをよそに街へと立ち寄る。苦い顔をするウォーレンス、実はその街は彼の故郷だったのだ。街で出会うウォーレンスの旧友、トニーとヘクター。すぐにミコト達と打ち解け、気さくに会話を交わすようになる。一方ウォーレンスは彼らの口から自分の過去がミコトの耳に入らぬよう孤軍奮闘するのだった。どうしても隠したいウォーレンスの過去とは一体どんなものなのだろうか？

第2のボニーの弟子に会うために、アルセカに向かっているミコト達。途中、天空の遺跡アリベンに立ち寄る。そこでウォーレンスは、「天空の真珠」と呼ばれるお宝中のお宝を発見する。一旦はそのお宝を入手するも、お宝が意外なものに姿を変えてしまい唖然とする一同。加えて、その「無くなったお宝」をめぐり、この遺跡に住む「ラトの一族」と対立することになってしまう。お宝の行方はいかに。

水の町アルセカにやってきたミコト達。しかし、パーンが荒くれ者に絡まれ、一触即発の事態に。だが、酔っ払いのテキトー男が喧嘩に割り込んで、見事、喧嘩を仲裁する。この男こそボニーの第二の弟子、ジンであった。アクアストーン探しをウォーレンス達に任せ、ジンに修行をつけてもらうミコトだが、何故かゴンドラ乗りにさせられて……？

ボニー第２の弟子・ジンの元で修行を続けるミコト。人気ゴンドリエーラにはなるものの、イソウェルの力が使えるようになる気配は無い。いつ使えるようになるのかと問い詰めるミコトに、ジンは親父ギャグではぐらかしてばかり。怒ったミコトは、ジンの元を飛び出してしまう。しかしその背後には魔族の手が忍び寄っていて…… 一方、秘石を求め謎ときを進めるウォーレンスらは、同じく秘石を狙うアルビダ一味に遭遇。秘石を巡る壮絶な争奪戦が始まる。

水の遺跡にたどり着いたウォーレンス達。神殿を開ける方法に気づいたが、闇タンバリン・ヤーダスにアクアストーンを奪われてしまう。取り返そうとバトルの時、ミコトが駆けつける。ミコト達はヤーダスのタンバリンの不思議なリズムに乗せられて、体が勝手に踊りだす。ピンチに陥るが、ヤーダスの弱点はオヤジギャグだった。ジンのオヤジギャグを使って、隙を作り撃退するミコト。その時、またしてもディアガーが現われた…。

水の遺跡を探検し、ミコトはとうとうアクアストーンを手に入れた。しかしそこに現れたのは、またしてもディアガー一味だった。ディアガーはアクアストーンを渡せとミコトに強要。ミコトはディアガーのしてきた事、そして自分が得た様々な経験を振り返り、ディアガーと闘う事を決意するのだった。水の力を持つミコト、そして炎の力を持つディアガー……二人の決戦が今始まる。

ボニーと再会したミコト達。3つの秘石のうちの１つ、ボルトストーンを探しにバルデア山脈を目指す。しかし、ひょんなことから一文無しになってしまい、足止めをくらう。仕方なく、資金集めの為、ボニーとミコトは洞窟探検へと向かう。ボニーとの、初めての探検に胸躍るミコト。ハンターとして成長したミコトの姿に目を細くするボニー。だが二人の前に、突如キングモンスターがあらわれ…

バルデア山脈に向かう途中、ルーラルという村に立ち寄るミコト達。のどかな田舎の村ながら、流通の要でもあるルーラルは、ゴランという盗賊に狙われていた。しかし、そんなゴランの分厚い鎧を、拳ひとつで打ち砕く男がいた。ルーラル村の用心棒、ロガイである。ウォーレンスは、ミコトを守る力を手に入れるため、ロガイの必殺技『禁惚龍々』を学ぼうとするが……。

ミコトに続きウォーレンスもパワーアップを果たし、焦りを募らせるポロン。一行はドリランド中の職人が集まる街・ギルディアへと到着する。カッコイイ銃を発見したポロンは、鍛冶屋コゴルに銃を売ってほしいと願い出る。しかしその銃は未完成品で、完成させるには七色水晶と呼ばれる石が必要だとコゴルは言う。時を同じくしてミラと名乗る少女もその銃が買いたいと言い出して…

次々と仲間達がパワーアップを果たす中、一人取り残された感のあるパーン。焦りと苛立ちを隠しきれないパーンは一人過去を振り返る。自身の歩んできた強さへの追求の日々、そして今の仲間達との旅の日々、パーンの求めるものとは一体なんなのか？その答えを導き出さんと悩むパーンの元へ、ディアガーの部下達が現れる。そこでパーンの導き出した答えとは……。

魔族になったパーンは、大ゲンカの騒ぎを起こして牢屋に入れられてしまう。そこで、トナイル国の騎士団たちと出会った。魔族になったことを告げると、激怒する騎士団たち。そしてパーンは、ビザンテから闇の力を与えられて、ミコト達の前に立ちはだかった。闇の力で暴れるように戦うパーン。しかし、ボニーはその戦い方から、パーンが本当に裏切ったわけではないと感じた。パーンは裏切ってないのか？…真実はいかに…？

魔族達からの信頼を得たパーンは、秘石の場所を聞き出すことに成功した。しかしそこに入るのは不可能。パーンは騎士団たちの力を借りて、壁を破壊し秘跡を奪って脱出する計画を実行する。上手くいくかに思われたが、スライヤに勘付かれてしまっていた。計画は失敗に終わり、逃亡を試みるが大勢の魔族や闇の兵士たちに囲まれてしまう。逃げることはできるのか…？

騎士団のアウグストらと共に、魔族のアジトから脱出をはかるパーン。ディアガーたち魔族による執拗な追跡を振り切り、命からがら逃げ延びる。仲間の元に帰りたい一心で、ようやく手に入れた自由であったが、いざ合流しようとなると、複雑な心境が邪魔して前へ進めない。そんなパーンを優しく見守り、勇気づけようと後押しをするアウグスト。はたしてパーンは仲間の元へ帰れるのか？ミコトは彼を受け入れるのか？

やっとの思いで眠るバルデア山脈に到着するミコト達。アルビダ一行も合流し、吹き荒れる吹雪の中を懸命に進む。 一方、パーンを逃がした罪に問われ、「龍の穴」に送り込まれてしまうディアガー。そこは、一度入ったら二度と出られない処刑場だった。かつてボニーの弟子だったディアガーが、何故魔族になってしまったのか……ディアガーの過去が、今、明かされる。

ボルトストーンを求め、寒冷地にある遺跡へと向かったミコト一行は、三つのチームに別れ、それぞれが遺跡攻略を目指す。しかしそこはキングモンスターの巣窟であった。イソウェルの力を発揮しキングモンスターを攻略しようとするミコト、ボニーであったが、その力に引き寄せられるかのように、最強のモンスターが姿を現す。

ボルトストーンを求めて遺跡に乗り込んだミコトとボニー、ブリの三人は、最深部でディアガーと対峙する。ディアガーは、ミコト達が持つアクアストーンを要求し、ミコトたちを圧倒する。「龍の穴」で闇龍神を従えたディアガーの力は絶大で、ミコト達には為す術がなかった。そんなディアガーに対し、ボニーはある決断を下す！

ボニーの死を悼むミコト達は、悲しみを乗り越えてビザンテオンに乗り込む決意を固める。ミコトはボニーに代わって、グループの真のリーダーとなった。ビザンテオンに乗り込むと、大勢の魔族や闇の兵士たちが迎え撃つ。多勢に無勢の状況だが、ミコト達はまるで忍者のように姿を消した。ごみを捨てる空洞をよじ登っていたのだ。敵の目を欺き、塔の上の方へと進む。闇はドリランドに凄い勢いで広がっている。

ドリランドに広がる闇を止める為にビザンテオンに入り込んだミコト達は、敵の軍勢と遭遇した。ブリ、パーン、アルビダが敵を食い止めている隙に、先行する事になったミコト、ウォーレンス、ポロンとペフー。ポロンのせいで罠に引っかかり敵を呼び寄せる事になったが、ポロンは、単独で敵の足止めをする決意を固める。現れたのは敵の女幹部ラセツ。圧倒的実力差があるラセツを前にポロンはどう戦うのか？

最上部にある「闇の扉」の封印を目指して、ビザンテオン内部を進むミコトとウォーレンスとペフー。だが、カーデスの罠により二人は離れ離れになってしまう。カーデスの前に引き込まれたウォーレンスは、カーデスの策にはまり、自分の情報を取られてしまった。闇を自在に操るカーデスは、ウォーレンスの偽物を闇で作り、ミコトの前に送り出す。禁惚龍々を使い、身動きできないウォーレンス。この危機をどう乗り越えるのか！？

世界の危機を救うため、魔族のアジトへの潜入を果たしたミコト一行。次々と襲い掛かる魔族の兵士達の目を盗み、彼らは秘石を取り戻さんとアジトの最上部を目指していた。そんな中ポロンは、自らの犯した失敗の責任をとらんと、単身魔族の戦士ラセツへと闘いを挑む。その決意に隠されたポロンの思い、その決意の元に、挑むポロンの闘いの行く末は……いかに!?

魔王ビザンテは、ビザンテオンを跡形も無く吹き飛ばし、３つの秘石を闇に染めて砕いた。己の野望を阻むものは何も無いと笑うビザンテ。絶望に言葉も出ないミコト姫一同。だが、イソウェルの故事に習い、３つの力をミコトに注ぎ込んで闇の扉を封じる作戦に最後の望みを託す。ブリリアントがジンが、そしてディアガーがミコトに力を注ぎ込む間、時間を稼ぎを強要される一同。だが、闇そのものとなった魔王ビザンテ相手にはいかなる攻撃も通用しなかった。その時、ペフーの体に異変が起きた！

三大素の力を注がれたミコトは、魔王ビザンテを相手に一歩も引かぬ戦いを繰り広げる。しかし、ビザンテに決定的なダメージを与える事が出来ず、注ぎ込まれた力を消費して、次第にミコトは推され始めていた。だが、ミコトは３つの力を体内で爆発させる事で、より強力な力を生み出しビザンテを圧倒する。遂にビザンテを闇の扉の中に吹き飛ばし、闇の扉が閉じ始めた。これで全部終わった…と誰もが思った時、魔王ビザンテの反撃が始まった！静かに魔王ビザンテを睨むミコトは、この時ある決意を固める！