砂漠化したはるか未来の地球。砂賊として砂の海に生きる少年サムは、兄の仇である謎の超巨大移動物体「オズマ」を追い続けている。そんなある日サムは、クローン人間IC （アイディアル・チルドレン）が組織する軍隊・シーシアスに追われる砂上ヨットに遭遇する。その時、砂を巻き上げる巨大な物体の出現によって横転したヨットから投げ出された少女を間一髪で救出。砂賊船バルダノスに連れ帰ると少女は名前をマヤと告げた。

シーシアスの急襲をしのぎ、なんとか港を脱出することに成功したバルダノスだったが、執拗にバルダノスを狙うシーシアスとの追跡劇が始まった。バルダノスの船長バイナスと、シーシアスの司令官ギドとの静かな頭脳戦。動作を停止して潜航するバルダノスの船内温度は50度を超え、マヤも生死をさまよう危険な状態に。バルダノスに残された武器は魚雷2発。敵は3隻。バイナス船長が下した決断は……。

追撃を免れたバルダノスは岩場に停泊し、つかの間の休息をとる。船医ノグチは、診察時に気付いたマヤの体の異変をバイナスに告げる。一方、サムのオズマ討伐計画を聞いたマヤは、サムに自らもオズマを追ってやって来たことを明かし、人知れずバルダノスから離れるのだった。サムは、そんなマヤを連れ戻そうとフルクフィッシュで砂漠に出るが、その目の前にシーシアスが立ちふさがる。

シーシアスに連れ去られたマヤの奪還を決意したサム。「マヤがオズマを呼んだ」と言うサムの言葉に、バイナスは亡きサムの兄ディックが「シーシアスの女神はオズマと語り合える」と話していたことを思い出す。一方、ギドはマヤの能力を利用して地位を手に入れようともくろむが、バルダノスに発見され、激しい戦闘が始まる。交戦におびえるマヤは思わずオズマに助けを求めるが、時を同じくして、バイナスは大胆な作戦に出た。

激しい追撃戦の後でバイナスとギドが対峙する中、ついにオズマが出現。オズマが発生させた大渦巻に巻き込まれ、バルダノスはどことも知れない広大な空間に流されてしまう。船外への探索を始めたサムとミメイは、岩場で擱座する敵艦を発見。ミメイの静止も聞かずマヤの救出に挑んだサムだったが、艦内で捕まってしまう。サムを人質にしたギドは、バルダノス船長であるバイナスを呼び出し、そこで恐るべき計画を明かすのだった。

マヤが告げる真実に皆が驚愕する中、再び出現したオズマがバルダノスに接近。オズマの怒りを感じたマヤが「私をオズマのもとへ」と懇願し、サムとミメイはマヤをフルクフィッシュに乗せて3人でオズマに近付く。オズマと対話したマヤは、人類の運命を左右する重大な決断を迫られるのだった。そんな中、シーシアスの将軍ダンガの大艦隊が一斉攻撃を開始。怒りの叫びをあげるオズマ。果たしてバルダノス、そして人類の運命は？