ついに始まる新学期！ワクワクで登校した学校には、いつもの仲間たちはもちろん、個性豊かなクラスメイトで溢れかえっていた！そんな中でも日本一ビクトリーな奴に輝いた勝太は、まさに注目の的！ そこに担任の小熊先生が。ただでさえはちゃめちゃなクラスに、なんと２人の転校生がやってくるという！熱いデュエマとゆかいな仲間！ デュエマ新章、いよいよスタート！！
転校生のレオは、天性の目立ちたがり屋！そんなレオからデュエマを挑まれた日本一ビクトリーな男、切札勝太！いよいよデュエマスタート…というところで、勝太の目に飛び込んできたのは、困った顔の右近と左近。そう、勝太はプリンプリンと約束をしていたのだ！急いで学校を飛び出すと、ドラゴンと暮らすプリンから思いもよらぬ言葉が…。
プリンに頼まれ、「転校生」を見せてあげることになった勝太だったが、その途中「上級生」からデュエマを挑まれ思わぬ形で負けてしまった！だが、勝負には勝っていたはずの勝太は、思わずみんなに「勝った！」と言ってしまった！しかし、本当は勝ったはずの上級生たちが５年２組のクラスメイトに詰め寄る！勝太を信じるみんなは、どちらが正しいかを証明するためデュエマで決着をつけることに…！
嘘をつきとおす勝太。ここまでくるとなかなか本当のことが言えずにいた。しかし、プリンとのなにげない会話でまさかの嘘がバレてしまった！一瞬にしてクラスメイトたちの勝太を見る目が変わる！果たして勝太はこのピンチを切り抜けることが出来るのか！？
なんとかクラスメイトとの誤解を解いた勝太。 そんな中、プリンが次に興味を持ったのは、「そうじ係」！ 勝太はいつものように、ドラゴンのカレーパンと引き換えにプリンを学校に連れていくことに。学校で待ち受けていたのは、掃除大好きのクラスメイト・ゲロッパ！だけど彼には意外な一面があって…。
委員長・亜部真理亜に言われ、しぶしぶ掃除を頑張っていた勝太たち。早くデュエマをするために何とか終わらせたのだが、そこに現れたのが掃除大好きのゲロッパ！やっと一緒にデュエマが出来る…と思ったその時、ゲロッパが突如踊りながらゴミを散らかし始めた！その様子は明らかにさっきまでとは違う！一体ゲロッパの身に何が起きたのか！？
勝太が学校で一番楽しみにしてる時間！それが給食！ついついおかわりをしちゃう勝太だが、このクラスではおかわりの順番もデュエマで決める！そんな勝太にとって最大のライバル。それがエレガンス久美子！ごつい見た目とは裏腹に、透き通った可愛い声がチャームポイントの彼女は、なんせ食べることが大好き！今日も圧倒的な力でおかわりデュエマを支配していく。だが、その強さにはある秘密があった…！
エレガンスの強さの秘密が、商店街の福引で手に入れた切札だと知った勝太。さっそくレオの力を借りて福引券を集める！すべてはおかわりのため！しかも、給食のメインはカレーパンだという！ますます負けられない戦い…だが、給食のゆくえは思わぬ方向に！！
やたらとそそっかしいクラスメイト・段田断！可哀そうな生き物を見ると放っておけない性格の断は、ある日学校に猪の子供、ウリボーを連れてきてしまう。母親が見つかるまでクラスで世話をすることになり、みんなの中から生き物係を決めることに！当然立候補する断と、なぜかパートナーに選ばれてしまう勝太。生き物の世話に興味がない勝太は、断の無茶苦茶な行動に振り回されてしまう…！
考える前に即行動の断に振り回され続ける勝太。だが、最初は興味のなかったウリボーに対しても、すこしずつ愛情が芽生え始める。ようやく生き物係の仕事も軌道に乗ってきた…ところが、ある日学校に行くと、断がウリボーと一緒に教室に立てこもっていた！止めようとしても一切聞く耳を持たない断！この感じ、ゲロッパやエレガンスの時と同じ！勝太はなんとかしてデュエマで止めようと試みるが…。
日本一ビクトリーな奴のその後を追え！という特集で、勝太の学校にＴＶの取材がやってきた！色めく５年２組の一同は、誰がＴＶで勝太とデュエマするかをデュエマ大会で決めることに！次々と勝負が決まっていき、決勝はレオＶＳべんちゃんの実力者対決！勝負は先に切札を召喚したベンちゃん優勢！しかし、レオの手札から放たれた切札によって、戦局は激変する…！
対戦相手も決まり、いよいよ勝太への密着取材が始まった！しかもリポーターとしてやってきたのは、あの黄昏ミミちゃん！ひさびさの再会に、もちろん勝太はお決まりの「怪力ゴリラ女！」、彼方へと殴り飛ばされる勝太。それはさておき、初めて勝太とレオがガチンコでデュエマをする機会がやってきた。果たして勝負の行方は…！？
勝太たちの学校では演劇の発表会が迫っていた！５年２組の演目は「白雪姫」に決定！演劇なんてめんどくせーと勝太は役にはつかず、みんなのサポートにまわっていた。一方で主役の白雪姫に選ばれたのは、クラスのマドンナ的存在のメイちゃん！王子役はやはり目立ちたがりのレオ！しかしこの配役に納得いかない委員長は、白雪姫をかけてメイにデュエマを挑む！
半分眠りながら、恐るべき強さを発揮するメイちゃん。だが、一勝負終わるたび眠ってしまい演劇の稽古はなかなか進まない。そこでヒマな勝太がメイちゃんの代役として白雪姫の役をやることに！当然断りたい勝太は、なんとか眠るメイちゃんを起こそうとする。しかし、目覚めたメイちゃんの様子がおかしい…。これはひょっとしてわがままモード！？
クラス一の熱血漢！ラゴンくんは、勝太たちのヒソヒソ話を、小熊先生へのサプライズパーティーの相談だと勘違い！急に準備を始めてしまう！だが、その内容一つ一つに感激してしまい、なかなか準備が進まない。そんな様子を見ていたぶっちゃけは、突然暴れてわけがわからなくなる、通称「わがままモード」ではないかと疑い出す…。
はちゃめちゃな準備を終え、いよいよサプライズ誕生会も本番！先生を呼びに行くと意気ごんだラゴンだったが、戻ってくると様子が違う…。今度こそまさしく「わがままモード」！なんとかしてデュエマで止めようとする勝太だが、ラゴンのドラゴン軍団の前に、大ピンチを迎えてしまう…！
学校に伝わる七不思議…。そんな怖い話で驚かせるのが大好きな拷くんは、勝太たちの話を聞いて、わがままモードの原因は七不思議にあると断言！その一つ一つを探るべきだと言ってきた！乗り気じゃないヨーデルは放っておいて、夜の学校に潜入！しかし、そこに待ち受けていたのは、世にも恐ろしい展開だった！
七不思議の呪い！？のせいでわがままモードになってしまった拷くん！トイレから突然現れデュエマがスタート！恐怖のゴースト使いである拷くんは、七つの呪いを勝太にかけたと言い、追い込んでいく。手札、山札、切札、マナ…。一つ、また一つと、勝太のデュエマが呪われていく…。果たして勝負の行方は！？
ナゾがナゾを呼ぶわがままモード。その核心に迫るため、ベンちゃんのアイデアである人物を頼りにすることにした勝太たち。その人物とは、クラス一の天才発明家・才場くん！その異名に違わず、わがままモードの特徴を自動的に探してくれる「ミニ才場ロボ」を開発！早速調査を開始することに！だが、そこには思わぬ試練が待ちうけていた…！
わがままモードのクラスメイトを探すつもりが、いつの間にか自分がわがままモードになってしまった才場くん！勝太はあわててデュエマを申し込む！すると才場くんは自身の最終兵器、巨大才場ロボを出してきた！まさかのロボの頭の上でのデュエマ！？一体どうなる！？
気付けば夏休みも残りわずか…！当然のように終わっていない山積みの宿題たち。勝太はベンちゃんの指導のもと、図書館で猛勉強に励むことに。順調に宿題を進めていたのだが、突如思わぬ出来事が！なんとベンちゃんまでもがわがままモードになってしまったのだ！かつて、キラーメガネと恐れられていたベンちゃんを相手に、勝太は勝つことが出来るのか！？
苦しみながらもなんとかベンちゃんを倒した勝太。気付いたベンちゃんの口から、思いもよらぬ発言が飛び出す。それは、このままわがままモードになったフリを続けてみるという、おとり作戦の提案だった！このままベンちゃんがわがままモードのフリを続けていれば、犯人がベンちゃんに接触してくる可能性があると踏んだのだ！果たして作戦は成功するのか！？
ようやく真相に近付き始めた勝太たちは次なる作戦をこっそり相談中。そんな様子をこっそり聞いていたのは委員長！事態を重く見た委員長は、クラス全員にわがままモードの存在をバラしてしまった！今までの苦労が水の泡…かと思いきや、委員長の提案で行われた緊急学級会で思わぬ展開が！なんとクラスメイトが次から次へとわがままモードになってしまったのだ！
クラスメイトが次々わがままモードになっていく中、見た目がまったく変わらない、ないくん！しかしどうやらわがままモードにはなっているみたい…。何もないボクは、わがままになっても変わらない！というないくんは、しきりにレオのことをかばう！というのも、みんなが揃っているように見えた体育館に、レオの姿だけが見えないのだ！ということはつまり、レオが真犯人…！？
ついに真犯人が判明！なんとまさかのレオだった！しかし、レオはそれを隠すようなそぶりもなく、むしろ自信満々で勝太にデュエマを挑んでくる！そして語られるわがままモードの真相…！謎に包まれたわがままモードの秘密がついに明かされる！！
勝太ＶＳレオの最終決戦！お互いに一歩も引かない鬼激戦がくり広げられる！勝太という日本一の男の存在がどうしても邪魔だったレオにとっては、またとない人気ＮＯ１を手に入れるチャンス！だが、そんなデュエマをも打ち消す、とんでもないゲストがやってくる…！！
レオと勝太のデュエマが終わった瞬間、突然学校に現れた、スーパースターの「ＹＡＲＡＳＨＩ」！その口から、レオに与えた力の真実が語られる！そして、その力を使いこなせなかったレオにはひどい仕打ちが…。さらに、ＹＡＲＡＳＨＩのリーダー、おさむらいおさむから語られる驚きの秘密！
おさむの恐るべき力でカードにされてしまったクラスメイトたち！しかも、自分たちがゆっくり姫を探したいからと言って、世界の時を止めてしまった！クラスメイトを助け、世界を元通りにするためには、おさむをデュエマで倒すしかない！しかし、ＹＡＲＡＳＨＩのメンバーはクラスメイトのカードを持って散り散りに去っていってしまう…！
おさむの手から逃れた勝太、そしてエレガンスの２人は、ＹＡＲＡＳＨＩの一人、小岩井を追っていた！ワイルドベジーズを使いこなす小岩井と、クラスメイトを賭けてデュエマ開始！まず先陣をきったのはエレガンス！しかし勝負は思わぬ展開に…！
勝太とエレガンスが小岩井と戦う一方で、断と才場はトラッキング・アツシとデュエマを繰り広げていた。才場が身を削って手に入れた攻略法を読み、アツシ攻略を計る断！そして、敗れたエレガンスの仇を取るため、ついに勝太が小岩井と激突する！
断と才場、即行動タイプと研究熱心タイプという正反対の２人が、ＹＡＲＡＳＨＩ・アツシと戦うためにタッグを組んだ！得意のドラゴン・ゾンビ軍団で一気に攻め込む断！このまま勝負が決まるかと思ったその時、アツシが繰り出したクリーチャーは、手札が１０枚集まると勝ち！という恐るべき能力を持ったクリーチャーだった…！
苦しみながらも何とかアツシを破った断と才場！これでクラスメイトのカードも６枚救出に成功！そしてその激闘の裏で、さらなる激闘が始まろうとしていた。クラスメイトの輪を離れていたレオとないくんのもとに現れたのは、ＹＡＲＡＳＨＩのボーカルであり、レオに危険な能力を授けた張本人、久保だった！レオを守るため、ないくんが久保に立ち向かう！
圧倒的な力をほこるＹＡＲＡＳＨＩのボーカル、久保に敗れたないくん。しかし自分を守るため、必死にデュエマしたないくんの姿を見て、くすぶっていたレオの闘志に火がついた！因縁の相手久保とのデュエマがスタート！闇のエンジェルコマンドを駆使する久保に対し、レオは、光輝くエンジェルコマンドで立ち向かう！
レオと久保が激しいデュエマを繰り広げる中、勝太ももう一人のＹＡＲＡＳＨＩ、ラオウとデュエマをしていた。しかし、勝太は切札である、鬼丸「覇」を破壊され、絶体絶命の大ピンチに陥っていた。光のデーモンコマンドで一気に勝負を決めようとするラオウ！だが、そんな勝太の耳に、思いもかけない声が…。
ギリギリの闘いではあったが、ＹＡＲＡＳＨＩの４人を撃破した勝太たち。最後に残ったのはリーダー・オサム！すべてのドラゴンを統べる者、キング・コマンド・ドラゴンの使い手であるオサムは、残ったクラスメイトとドラゴン龍のカードを手に余裕の表情。そんなオサムにレオが挑む！果たして勝負の行方は！？
オサムの力の前に苦戦を強いられるレオ！だが、そんなレオを支えてくれたのは、かつて自分が騙しておとしめようとしたクラスメイト達の声援だった。悪いことをした自分を仲間だと思ってくれた…。そんな熱い思いを受け取ったレオは、一気に逆転！ひょっとするとこのまま勝負が決まる！？
レオの決死のデュエマもあと一歩及ばず、やはりオサムの強さが際立つ結果となった。しかし、大事なクラスメートのため、そして、最大のライバルであるレオのため、勝太は必ずリベンジすると誓う。余裕たっぷりのオサム。それもそのはず、オサムには対勝太のための切札があった！それは、偽りの王の力でオサムのものとなったドラゴン龍のカードだった…。ついに最強の敵とのデュエマが始まる！！
オサムのキング・コマンド・ドラゴンの前にピンチが続く勝太。そしてそのドラゴンの中のドラゴン。ゼニスとなった強大なクリーチャーが現れ、数々のドラゴンや呪文が一気に勝太に襲いかかる！まさに絶体絶命のピンチ！…しかし、勝太には何が何でも守りたいものがある。それは大事なクラスメートたち！その気持ちが切札・鬼丸に奇跡を起こす！オサムとのデュエマ、ついに決着！！
オサムとのデュエマを終えた勝太。混乱を招いたお詫びにとオサムからとあるところへ招待される。それは、自由に好きなだけデュエマが出来る世界、その名も「トライワールド」！しかもこの世界で最もデュエマを楽しんだ人は願いが叶うという素敵な世界！勝太たちの新たな冒険がスタートする！！
デュエマを好きなだけ出来る新たな世界、トライワールド！さっそくクラスメイトのみんなでデュエマスタート！次々くり広げられる熱戦に勝太も大興奮！はたして１番になるのは誰だ！？
みんなで大盛り上がりのトライワールド！次の相手を探して島を探索していた勝太だが、思わぬ光景を目にする。それは、デュエマもせずに２人で座り込むユキちゃんと乱ちゃんだった！２人はデュエマのルールが難しくてついていけず、このトライワールドに馴染めずにいた…。
デュエマが苦手なユキちゃんと乱ちゃんに、デュエマを教えることにした勝太とぶっちゃけ・ヨーデル！２人に合ったデッキ作りから、いよいよ実際にデュエマすることに！初心者同士のデュエマにみんなハラハラドキドキ！しかし、ここには思わぬ結果が待ち受けていた！
新しいデュエマに挑戦できるのもこのトライワールドの面白さ！ということでニヤリくんから提案されたのは、パックを８パックその場で開けて、出てきたカードでデュエマする「トッキュー８」というルール！ニヤリくんがあちこちに散りばめたスペシャルパックの争奪戦が始まった！
なんとか８パック集めた勝太！そして、普段のデュエマでは絶対に勝てないが、このルールなら勝機ありと勝太を狙う委員長！この２人のちょっと変わったデュエマがスタート！どうやっても勝太が有利と思われたこの状況！しかし、幸運の女神は委員長にほほ笑んだ！？
トライワールドで楽しく過ごす勝太たち男子チームは、今日も熱くデュエマ談義を交わしていた。しかし熱中しすぎて朝の掃除の約束を忘れてしまう！これに怒ったのは委員長率いる女子チーム！いつもは仲良しのクラスメイト達も、この時ばかりはまさかの対立！男子ＶＳ女子の仁義なきデュエマが始まった！
男子ＶＳ女子の代表戦デュエマのルールは、ゼニスを３体場に出した方が勝ちという変則デュエマ！男子チームからはキラーメガネことベンちゃんが！女子チームからはドカ盛りマナで一気召喚を狙うガンスが選ばれた！お互いの強みを活かした一進一退のデュエマ！しかし最後はやはり信じる者が勝利する意外な展開が…！
トライワールドの生活もいよいよ最終日！ポイント争いの上位メンバーも絞られてきた。もちろん、勝太とレオは上位争いの大本命！ということで、ようやく２人の直接対決が実現！勝った方がチャンピオンに手をかけるという究極のデュエマがスタートした！
一進一退の超絶ライバルデュエマ！レオが切札を繰り出せば、勝太もカウンターで返し、勝太が切札で一気に攻めれば、レオは得意のヘブンズゲートで譲らない！優勝を決める最高の舞台で最高のライバルと最高のデュエマ！果たして願いをかなえるのはどっちだ！？
レオとの激戦に勝利し、見事チャンピオンに輝いた勝太！…と思ったのだが、いざ表彰式が始まり、チャンピオンとして呼び出されたのは勝太ではなく、まさかのないくん！実は盛り上がるみんなの影で着々とポイントを重ね、ぶっちぎりのトップを取っていたのだ！これに対して勝太は優勝決定戦を志願！ないくんもこれを快諾！果たして勝負の行方は！？
ないくんのガーディアンに大苦戦の勝太！思うようなデュエマが出来ず、タイムリミットも迫ってくる！攻める勝太と守るないくん！その時、絶対にカレーパンになるという謎の願いをかけた勝太に思わぬ奇跡が舞い込んでくる！
ニヤリくんとトライワールドに別れを告げ、元の世界に戻ってきた勝太たち。そこには平和で楽しいいつも通りの日常、いつも通りの５年２組があった。なんもない毎日も悪くないよね！そんな気持ちを胸に、また今日も始業のベルが鳴る…。
