めっきりライブバトルが弱い、主人公「翔」。ある時、翔が下校していると、途中で怪我をした子犬（ペダル）に出会う。病院につれていこうとするとモンスター(ブラックリスト)が現れ、ペダルを連れ去ろうとする。なんとか逃げ出すと、続いて謎の男が現れてペダルをよこすように翔に要求してくる。翔はその男とペダルをかけてライブバトルをすることに。

タテガミウルフにライブチェンジした翔、そして変身したと同時にブラックリストに挑みかかり相手を倒す。ライブチェンジをした結果、モンスターたちと会話することも出来るようになり驚く翔。タテガミウルフの力は圧倒的で、ハイイロゴーストも続けざまにやっつけることに成功する。しかしそこにジョージと呼ばれる謎の男が現れて・・・。

ふとしたことからクラスメイトの黒星とライブバトルをすることになった翔。黒星はワザカードをうまく使いこなす、なかなかの腕の持ち主。しかし翔は相手のことなんてお構いなしでいつものようにガンガンに前に出る戦法をとる。一見するとこの戦い、翔の方が有利に見える。しかしそこには黒星が巧妙に仕掛けた罠が隠されていたのだった・・・！！

黒星との戦いを見て、タテガミウルフに興味を持ったアイ。翔と対決しようとするがそこにお金持ちのお坊ちゃん「間狩徹」が現れ、翔に勝負をふっかけてくる。その勝負の条件というのが、翔が勝ったらタイガードラゴのカードをあげるから、自分が勝ったらライブオングランドチャンピオンシップ全国大会にチームとして一緒に出場して欲しい」というものだった。

とうとう始まったライブオングランドチャンピオンシップ全国大会南地区予選。翔は始めての大会に大興奮！　一方、アイと徹は意外と冷静だ。 そしてドキドキの一回戦が始まる。なんと翔は皆の制止にも関わらず、先鋒として試合に出場してしまう。困ったのがアイと徹。試合は三回勝負で先に二勝したほうが勝ちなので 弱い翔が出るだけで早くも一つの負けがついてしまうという大ピンチに直面する。

南地区予選大会一回戦翔が負けてしまい、二番手のアイのバトルが始まる。アイは圧倒的な強さを見せて勝利するが、その表情はなんだか不機嫌そう。翔がその理由をたずねるとライブ中にもかかわらず、となりのフィールドの男の子が話しかけてきて挑発するようなことを言ってきたという。そんなハプニングがありつつも、大会は進んでいく。翔たちの次の対戦相手はなんと黒星たちだった！

チーム無敵は順調に勝ち進み、とうとう決勝戦までたどり着く。決勝戦の相手は一回戦でアイにちょっかいをかけて来た大空カモメがいるチーム大空。はじめの対決はアイＶＳカモメ。アイは借りを返すチャンスとやる気満々で挑む。白熱する試合展開・・・しかしアイはしだいにカモメの攻撃に押されていってしまう。

南地区予選大会決勝。チーム無敵の勝利の行方は翔に託された。しかし相手である大空三兄妹の長兄、ツバメはとても強く翔は劣勢を強いられる。しかし窮地に追い込まれても翔はあきらめることなく立ち向かっていく。息を詰めてそのバトルの様子を見守るアイと徹。果たしてこの勝負の行く末は・・・。

ある日、ふとしたことから南地区予選の優勝賞品・ライブオンの「スターターセット」を手にしたミル。一見すると、「ライブオン」に無関心のミルだったが、内心では翔があまりに夢中なので少し興味を持っていた。お母さんや友達相手にライブバトルをしてみる。けれどなんだか少し物足りない。

中部大会のトーナメントの抽選会に来た翔たち。しかしその会場でペダルが突然、姿を消してしまう。心配した翔が辺りを探しまわっていると、前回ペダルをさらおうとした謎の一味たちと(ジョージ加藤とその部下)と遭遇する。

大会に向けて、新しいモンスターを仲間に入れようとシロキ山に来た翔たち。写真家であるアイのお父さん、ゲンゾウにも保護者としてついて来てもらう。翔はさっそくタテコモールというモンスターに出会うが・・・。

プリンセスプライマリーをマウント(仲間にすること)するために、コウソクファルコンにライブチェンジをして側近であるセコンダリーと戦うアイ。しかしセコンダリーは強く、撃退されてしまう。傷を負ったアイ、そして翔たちはとりあえずマウントをやめアイの父、ゲンゾウが待つキャンプへと戻る。そこで夕食を作るのだが、翔と徹のせいでしっちゃかめっちゃか！果たしてこんな調子でモンスターたちをマウントできるのか！？

タテコモールと絆をを深め、マウント(仲間にすること)に成功した翔。それに続けとばかりにアイも、再びプリンセスプライマリーをマウントしようとする。しかしプリセンスプライマリーとその側近セコンダリーは手ごわく、歯が立たない。その様子を地上で歯がゆく見ていた翔は、ペダルに「大空系」のライブチェンジカードを作って欲しいと頼み込むが・・・。

突然、アイと翔のもとに徹から間狩家への招待状が届く。間狩家へとやってきたアイと翔は間狩家の大きさ、豪華さにびっくり！　徹のお父さん「刀山」とお母さん「ナラン」ともはじめて出会い、挨拶をする。徹と出会い、翔たちは今日の招待の理由をたずねる。すると中部大会に向けて新戦力の準備ミーティングを開きたいとのこと。それはいいアイデアと、アイはマウントで手に入れたプリンセスプライマリー、翔はタテコモールを出現させる。マウントでモンスターを手に入れることが出来なかった徹。果たして彼の新戦力とは・・・！？

とうとうやってきた中部大会当日。張り切りすぎた翔は予定の時間よりもはやく集合場所の駅についてしまう。いてもたってもいられない翔はホームでデッキのチェックを始める。すると翔のデッキを覗き込むサラリーマン風の男が一人。そして翔に一枚のカードを差し出す。果たしてそのカードとは！？

中部大会一回戦のチーム・無敵対チーム・大漁旗、アイ対英世戦。チーム大漁旗の先鋒、英世は技カードを効果的に使い、アイ相手にも一歩も退かない。アイも英世を強敵と認めて勝負は白熱の展開に。そんなアイを全力で応援する翔と徹。一方、チーム大漁旗の三代と剛三は英世に対してあまり応援していない感じ。なにやら事情がありそうだが・・・！？

チーム無敵対チーム大漁旗戦もいよいよ大詰め。勝敗の行方は徹と剛三の戦いに託された。共に大海系のモンスターを操る者同士、激しいライバル心が火花を散らす。ただし両名とも「とっても変わった人たち」なので、勝負はいつしかライブバトルとは関係のない方向へ。果たして二回戦への切符を手にするのはどっちのチーム！？

一回戦でチーム大漁旗を破り、二回戦へと駒をすすめたチーム無敵。二回戦目の相手は「チーム・ライブチェンジ」という名前の連中が相手だった。「ライブチェンジ」という名前から、デッキに超レアなライブチェンジカードを何枚も持っているかもと予想し、厄介な相手かもしれないと気を引き締める翔たち。しかしいざ試合が始まると・・・。

激闘(？)が続くチーム無敵対チームライブチェンジ。徹はチームライブチェンジの紅一点、向川望と対戦することになったのだけれど、向川はゴスロリの格好をしており、徹に向けて呪いの言葉を繰り返す。徹はなるべく気にしないようにするのだが、だんだんと調子がおかしくなってくる・・・まさか本当に呪いのせい！？

中部大会準決勝を控えた翔。自分がライブオンを始めたときには、まさか大会でこんなに勝ち進めるとは思っていなかった。翔は自分がライブオンを始めたころを感慨深げに振り返る。翔とライブオンとの出会いが今、明らかになる！

試合形式がタッグバトル方式となる準決勝戦に向けて特訓を開始するチームライブチェンジ。翔とアイがタッグを組み、特訓相手を買って出てくれたケンタ、黒星組と対戦する。しかし普段の一人でのライブと勝手が違うので混乱してしまう翔とアイ。こんな調子で準決勝は大丈夫！？

タッグバトルの特訓が原因でケンカをしてしまい、バラバラになってしまったチーム無敵。一方、翔の妹ミルは近所で行われる｢ライブオン体験会｣に申し込みをする。前に一度、翔と対戦してからミルはライブオンのことが大好きになっていたのだ。初心者のマユだけでは不安なので、ミルは大好きなアイに付き添いで付いて来てもらいたかったのだが、ケンカして機嫌の悪いアイにはなかなか頼めない。

今日、雷舞小学校は球技大会の日。翔も大ハリキリで学校へと向かう。 翔の行う競技はサッカー。黒星たちと試合前にシュート練習をしていると、強く蹴りすぎてしまい、ボールは理科準備室の中へと入っていってしまう。翔が取りにいくと、松戸先生がいて翔にまるいものを渡す。ボールだと思ったそれはなんと大きな卵だった！！

準決勝の日に近づいているにもかかわらず、試合方式であるタッグバトルのコツがつかめないでいるチーム無敵。それどころかタッグすら決まっていない状態だった。そんなチーム無敵のもとに思いもかけない人物達がたずねてくる。その人物達とはなんとチーム大空の三人だった！

とうとうやってきた準決勝当日。相手は徹底的に相手の情報を収集し、完璧な作戦を練り上げてくるチーム新木塾。最と強というコンビネーション抜群の双子に対し、チーム無敵は翔と徹といういまいち信用が置けないコンビ。不安一杯の中、タッグバトルはスタートする。

最と強、双子二人の息の合ったコンビプレイに押し込まれていたチーム無敵の二人、翔と徹だったが徐々に盛り返していく。しかし劣勢に追い込まれたチーム新木塾はもの凄い奥の手を隠し持っていた。はたして準決勝の勝者はどちらか！？

チーム・エクスクルードが出場した準決勝の試合を見て、呆気に取られる翔たち。なぜならジョージ加藤は「ヴォルガニック」という超強力なドラゴンをライブしたからだ。「ヴォルガニック」に対抗するには新しいドラゴンが必要と考えた翔はペダルにクリエイトしてもらうように頼むが・・・。

とうとう始まった決勝戦。翔はペダルが優秀なクリエイトモンスターであることを認めさせるためにジョージ加藤に挑んでいく。しかし大冥界デッキを自由自在に操るジョージは今までの相手と比較にならないほど強い。そしてジョージはとてつもないモンスターをライブする。

中部大会決勝戦。ジョージがライブした最凶のドラゴン、ヴォルガニックの強さは凄まじく翔たちは劣勢を強いられていた。「このままでは負ける・・・」翔たちがそう感じた瞬間、翔とアイの脳裏に何者か声が響き渡る。果たしてその声の正体は・・・！？

ブラッシュが散らかした本棚からアルバムが出てくる。アルバムの中には翔やミルが小さな頃の写真がいっぱい載っていた。中でも翔とミルが目を引かれたのは五年前にいったモンスター牧場の写真。翔とミルはその写真を見ながら、遠い昔の日のことを思いだす。

翔、アイ、徹の三人がライブバトルステーションでライブオンの特訓をしてると、突然徹のカードがひらひらと飛んでいってしまう。そのカードがよりによって徹の大好きな「２４」のカード！必死に追いかける三人だが、カードは怪しげな洋館の中へと入っていってしまう。しかたなく見るからに不気味な洋館にお邪魔する三人だが・・・。

ある朝、翔が起きるとブラッシュが部屋の中で暴れている。外は大雨にもかかわらず外に出て行こうとするのだ。ブラッシュに理由を聞いても「行くんだ！」としか答えない。困り果てる翔。そのときちょうどテレビに「香辛諸島」と呼ばれる南の島が映る。するとブラッシュが「ここに行かなきゃ！」と香辛諸島を指す。

香辛諸島に突いた翔たちは、ブラッシュを呼ぶ声が聞こえるという鷹の爪島へと急ぐ。しかし辿りついたと同時にブラッシュが何者かにさらわれてしまう！必死に追いかける翔たちだが・・・。

先へと急ぐ翔たちの前に立ちはだかったのはこの島の番人、大場ヒイトとその妹ラン。翔たちは、なんとか通して欲しいと頼むがヒイトたちは頑として聞き入れない。話し合いで何とかしようとするも、交渉は決裂しライブバトルで決着をつけることに。

今日は翔たちは折ヶ野島でモンスターマウント。折ヶ野島のモンスターはとても穏やかでマウントしやすいと呼ばれている。ミルもブラッシュを連れて翔たちについてきたのだけれど、ブラッシュがケータリンググースに連れて行かれてしまう。必死に追いかけるミル。すると目の前に馬に似たモンスターが現れる。

折ヶ野島で沢山のモンスターをマウントすることに成功した翔たち。翔たちはブラッシュのために、今度こそ森の番人である大場ヒイトをライブバトルで倒し、鷹の爪島の奥へと進もうとする。始まるヒイトとのリベンジマッチ。しかし今回ヒイトと戦うのは翔ではなくアイ。ヒイトに指名されたのだ。果たしてこの勝負の行方は！？

マザードラゴンと出会った翔たちは、香辛諸島にまつわる秘密を聞かされた。香辛諸島にはかつて強大な力を持つ二つの種族、ドラゴン族とゴールドタイタン族との戦いが起こり、その凄まじい戦いにより大きな傷跡を島々に残してしまったのだという。そして何者かの手によって､再びゴールドタイタン族とドラゴン族との戦争が引き起こされようとしているというのだ。

甦った四体のゴールドタイタンたちは翔たちのいる鷹の爪島を目指し、進路をとる。途中、タイタン族の中の一体、ゴールドブリオンが凄まじい力で品物島を破壊してしまう。その様子を見ていた翔たちはこのままだとこの香辛諸島だけの被害ではすまないことを思い知らされる。進行を決して止めないタイタン族は鷹の爪島の間近までせまってきていた。しかし翔たちにタイタン族に対抗する術はなかった。

香辛諸島を去ることになった翔たち。喜びに沸くみんなだが、ミルだけは暗く沈んだ顔。あれだけ沢山の思い出を分かち合ったブラッシュとの別れが近づいていたのだった･･･。

ライブオンステーションにやってきた大空３兄妹。そこで翔やアイたちと出会う。談笑を始めるカモメやツバメ。しかしスズメはその輪の中に入れない。すると係のお姉さんがやってきて、低学年の子供たちが集まる一角へと案内される。スズメはそこでミルと再会を果たす。

スズメとミルは仲良くなり、ミルの家で遊ぶことに。初めて天尾家にやってきたスズメだが玄関で不審な男と遭遇する。その男はなんとカラフルＧＯＴＯ。なにやらミルに用があるらしいのだが・・・。

州大会一回戦は変わった方法で行われることになってチーム無敵のメンバー、翔、アイ、徹もドキドキだ。その対戦方法というのは今までと違ってチーム三人が一斉に戦い、他のメンバーのバトルの様子が分からないというもの。しかも対戦相手も前もって知らされず、会場で初めてどんな相手か分かるのだ。さて、チーム無敵の一回戦の相手は・・・？

州大会一回戦目で対戦することになったチーム・アスリートの面々は難敵揃い。それぞれが「リアクション」「速攻」「直接バースト」というコンセプトに沿ったデッキを作り、チーム無敵の面々を攻め立てる。果たして翔、徹、アイの三人は勝機をつかむことが出来るのか！？

ライブオン州大会での激闘を続ける翔たち。その前に立ちはだかるのは「スパイス」との名前がついたチーム。「香辛料」を意味するチーム名。果たしてどんな相手なのか！？

激戦続く州大会準決勝。アイ対ラン、徹対ヒィト、エイジ対翔の戦いはどれも白熱した接戦が続く。しかし徐々にチーム・スパイスの実力が発揮され始め、翔たちは不利になっていく。特にドラゴンデッキを駆使するエイジを相手にする翔は大ピンチに陥ってしまう・・・！！

一進一退の攻防が続くチーム・スパイス戦。しかしエイジ、ヒィト、ランの三人は揃いも揃って実力者でチーム・無敵のメンバーたちは付け入る隙がない。そんな状況の中、翔と戦うエイジはさらにドラゴンたちを出現させる！　絶体絶命の危機！！

次のバトルの相手はなんとあの馬鹿者、赤丸力が率いるチーム急上昇！　いざ決戦と意気込む翔たちだが、ペダルを始め松戸、プラグが言うところによると、この州大会には何か得体の知れない不吉な存在を感じるという。

とうとう始まった州大会決勝戦。一回戦目はアイと徹ＶＳ鳥津と清台によるタッグ戦。アイと徹は前にタッグバトルをした時にとても相性が悪く喧嘩ばっかりしていたので無事に済むわけがない！？

州大会２回戦目はアイVS鳥津のシングルマッチ。アイは勝利をつかむために果敢に鳥津に攻め込むが、鳥津は不気味なほど動かない。果たして鳥津の思惑とは・・・？

州大会決勝の場に突然姿を現したＱＢ。ＱＢは恐怖の象徴であるゴールドタイタン族を使って会場を混乱へと陥れる。そんなＱＢに対抗できるのは翔、アイ、徹のチーム無敵の三人だけ！　州大会だけではない、世界の命運を賭けた戦いが今、始まる！

息詰まる戦いが続く州大会決勝。翔は共に戦うモンスターを信じて最強の相手に挑んでいく。モンスターが好き、仲間が好き、そしてなによりライブオンが好き・・・カードライバー翔の戦いの結末はいかに！？