虹原いんくは17歳の受験生。今日も大好きなナオくんと一緒に学校へ行こうと大ハリキリ！でも、勇気がなくて“あと一歩”が踏み込めない。脳内シミュレーション（妄想の世界！）ではラヴラヴなのに……。そうこうしているうちに、ナオくんはいんくに気づかず、今日もひとりで学校へ……な、泣かないモン！ その日の放課後、ナオくんが「大学進学はムズカシイ」と先生に言われたことを知り、神社へ合格祈願に向かったいんくは、突然空から落ちてきた“アヒル”と激突ッ。アークスと名乗るそのアヒルは、いんくに向かって唐突に「今日から魔法少女になれ！」と告げるのだった。 えっ！？　魔法〜っ？？

一方的なすみちゃんのライバル宣言に、まったく事態を飲み込めないいんくはぼう然。 ライバルって、何のライバル？と悩んでいたその時、マジメロにメールが！ 教室を抜け出し、ぱすてるインクに変身！事故で車に挟まれたおじさんをマジカルパワーで救出して、無事任務遂行……と思いきや、突然あたりに魔法結界が張られ、異空間が出現！舞い上がる煙の中から姿を現したのは……！？

週末、すみちゃんちの別荘に行くことになったいんく。豪勢なリムジンで到着したのは、いかにもお金持ちの象徴といったおっきなお屋敷。だけど、築数百年の由緒ある建物はなんだか異様な雰囲気。里奈と麗美はオバケが出たって騒ぐし、あーくんもなんらかの力を感じるって。そこで、いんくとすみは別荘の中を探索することに。地下へ続く階段を降りた先で、ふたりが見たものは……！？

大人気アイドル“白鳥ありす”がロケで萌樹野公園にやって来る！いんくとすみは、急いで現場へ直行！でも、ありすちゃんは休暇で不参加……もぅ、がっかりだよぅ。と、そこに事件発生の知らせが！保育園の園児を襲う変態オヤジをぶっ飛ばし一件落着……かと思いきや、マジメロが反応したのはコイツではなかった！！地響きとともに現れたのは……うひゃあ〜、おっきなタコさんっ！！

インクとあーくんの前に現れた謎の魔法少女アリス。あーくんに恨みを抱く彼女は“魔法馬”を操って、インクとあーくんを襲撃！あーくんは時空ゲートで魔法馬を別次元に追いやったが、アリスの攻撃でインクとあーくんも別次元へと飛ばされてしまった！！辿り着いたのはいつもと変わらない近所の公園。でも、そこにはぬいぐるみを抱えたちっちゃなすみが……まさか！ココは……過去！？

すみと瑠璃子が贈る「もえたん」の復習＆あーくんが選ぶ“萌えシーン”ベスト5。

商店街の福引きで“一等賞”の緑のテーマパーク・ペアチケットを引き当てた澪（あぁ、大ハズレだよ……）。そこで澪は、いんくちゃんと行ってきたら？と兄のナオにチケットを渡し、デートの段取りを引き受けることに……ちょっと面白くなってきたかも♪ ナオくんとデートすることになったいんくは、デートを想像していつものように妄想炸裂！ ワクワクドキドキ、何を着ていこうか洋服を並べて楽しそう♪そして、迎えたデート当日。 澪から送ってもらったデートプランを手に、小学生のように大はしゃぎのいんくだったが、 いつの間にか園内でナオくんとはぐれてしまう。迷子になっちゃった……。

今日は待ちに待った学園祭。クラスで“幽霊喫茶”をやることになり、いんくは幽霊コスプレで大ハリキリ！休憩時間には白鳥ありすちゃんのライブで大盛り上がり！！と思ったら、ありすが歌い始めた途端、お客さんがみんな眠っちゃった。学校は魔法異空間に包まれ、姿を現したアリスはあーくんに対して、学校に仕掛けた3つのトラップを解かないと、永遠に異空間の中を彷徨うことになる……と告げるのだった。

ある日、学校に行くと里奈がハンドミラー片手に熱心に身だしなみチェック。急に色気づいた様子があまりに怪しかったので、いんくと麗美は里奈の様子を探ることに。よく見るとツヤのある唇にぱっちりとした瞳、そしていつにもない笑顔……これは絶対に何か隠してる……二人が問い詰めようしたその時、里奈が、目の前にいたオヤジの元に駆け寄っていったのだ！まさか……里奈がオヤジと！？

へくちんっ！……くしゃみに鼻水、さらに熱でフラフラのいんくは、早退してひとりお家へ。そんないんくの様子が気になるすみは、いんくの家に来ていた。すみの姿を見たいんくは安心したのか、目をまわして気絶してしまう。スゴイ熱のいんくをベッドまで運んでお世話していたすみは、机の上にカワイイ白いネコのキーホルダーを発見！このキーホルダー……どこかで見たような気が……。

時の番人であるアリスが黒い闇に連れ去られ、魔法王国にも人間界にも想像できない災いが降りかかる……いんくとすみはアリス救出に立ち上がるが、人間界で罪を償っているあーくん＆かーくんが魔法王国に戻るには“時のパレット”を使わなければならない。しかしこのパレットを開けるには、いんくとすみの魔法力をすべて使わないといけない。ということは、もう二度と魔法少女に変身できなくなっちゃうの！？

アリスが助けられ、魔法王国は平穏を取り戻し、戦いを終えたいんくとすみも無事に人間界へ。でも、魔法の力を失い、魔法少女に変身できなくなったいんくは、ナオくんとお勉強ができなくなったことが寂しかった……。そんないんくの様子をもどかしく思うすみは「もう一度、ぱすてるインクになればいいのよ」とアドバイス。いんくは、ぱすてるインクの格好をして、ナオくんの元に向かったのだけれど……。

もうすぐ大学受験！ちらちらと雪が降るなか、大学合格に向かってラストスパート！でも、英語が苦手なすみは不安でいっぱい。見栄をはっていんくの手助けを断ったものの、結局は一緒に追い込み勉強することに。そんなこんなで、あっという間に迎えた受験当日。「大丈夫だよ、一生懸命勉強したんだもん！」……尻込みするすみの手を取り、会場へと駆けて行くいんく。果たしてその結果は……!?

いんくやナオくんが萌杉大学に合格し、卒業…　新学期を迎えた萌木野高校には、ナオくんの妹・澪が新入生として通っていた。そんなある日の放課後、下校中の澪の耳に、どこからか助けを求める謎の声が響き渡った！！どうやらその声は、澪たちがいる世界とは別の時空から発せられているらしい。声の主は、なんと！ぱすてるインク！？ 別次元にいるぱすてるインクは何者かに殺されてしまい、その世界は荒れ果てて大変なことになっているというのだ。なんとかして助けに行かなくては… 澪は魔法少女マジカル☆ミオに変身！犬のだーくんとともに“時の番人”アリスの元へ急行！そして、アリスとともに時のゲートで、違う世界にいるインクのところに向かったんだけど・・・。