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つむぎの高校にひとりの転校生がやってきた。彼の名は、青葉陸。不安を感じていた陸であったが、新たなクラスメイトたちに暖かく迎えられる。そこで彼は学園一の美少女である天宮小百合と出会い、胸の高鳴りを覚える。怪しげな教師たちに面食らいながらも、新たな友人を得て、学園生活をスタートさせる陸。だが、その裏では生徒会長・桜井晴による手荒い『転校生歓迎行事』の準備が着々と整えられていたのだった……。
桜井企画の『転校生歓迎行事』を何とか切り抜けた陸だったが、そこで見せた彼の脚力は、いつしか学校中の話題となっていた。転校してきたばかりで、どの部活にも属していない陸を狙い、動き出す体育会の面々。陸の前に立ちふさがる体育会の猛者たち。一癖も二癖もありそうな面々を前に、陸は部活入りを賭けた勝負に挑むのだが……。
陸を『運命の人』と勝手に決めるけるつかさ。陸はつかさファンから嫌がらせを受ける羽目に。そんなある日つかさは手作り弁当にチャレンジ。が、結果は散々……。奮起し、家庭科部・針縫先生の指導を受け料理に打ち込むつかさ。今度こそ陸においしいお弁当を作ることはできるのだろうか……。
水奈からハンカチを借りた陸は中々返せずにいた。決意を新たに水奈のいる屋内プールに向かおうとしたとき、運悪くイッチー&ユースケに捕まってしまう。「スポーツ少女の素晴らしさ」というユースケの暴走に振り回される陸。果たして陸は無事、水奈のもとにたどり着くことは出来るのか……。
今日は体育祭。意気込む陸とクラス一同であったが、序盤からドタバタが続き、クラス内で最下位。しかし陸が特別競技で大活躍を見せたのを皮切りに陸のクラスは快進撃を続ける。一躍英雄となった陸。午後からの“二人三脚借り物競争”にあやめと出場することになったのだが、つかさの差し入れ弁当を食べたあやめが負傷してしまう……。
暴力事件を起こしてしまった犬飼。しかし遥たち教師陣にまったく理由を語ろうとしない。学校での犬飼の評判はどれも悪いものばかり。だが、陸には犬飼がそれほど悪い人には見えない。そんなある日、陸は美術部員の愛川桃と出会う。桃は犬飼のことを少なからず知っているようなのだが……。
期末テストも終わり、夏休み目前!だが、桜井の陰謀で、陸は小百合と共に文化祭実行委員にされてしまう。しかも演劇部の黒十影先生に目を付けられ、芝居のオーディションに駆り出される始末。その為つかさとのデートはドタキャン。つかさと連絡が取れないまま陸はオーディションに向かうのであった……。
夏休み突入し学校はいつもと違って閑散とした雰囲気。しかし、文化祭の準備と水奈の練習に付き合って連日学校に通う陸。この前のデートの埋め合わせをつかさに提案するも部活が忙しいという理由で断られてしまう。内心つかさも穏やかではなく部活でもミスを連発しついには倒れてしまう……。
つかさは陸を海へと誘う。「今日は陸君と二人きり……」そんなことを思い描いていたつかさであったが、いざ海に来て見るとそこには見知った顔ぶれが勢ぞろい…。あの手この手で陸と二人きりになろうとするが空回りばかり。つかさは陸と二人きりになることはできるのだろうか……。
相変わらず文化祭の準備に精を出す陸。そこへイッチー達からメールが……。「お金がない」ことを理由にイッチー達と無理やりバイトに付き合わされる陸。しかし、購買部のおねえさんが紹介するバイトはどれも危険なものばかり、結局残ったのは陸のみ。最後におねえさんからペットショップのバイトを紹介された陸。そこで陸は人見知りをする犬“エル”がどうしても気になってしまう……。
インターハイで自己ベストを叩き出す水奈。この出来事がきっかけで水奈のファンクラブが結成され注目の的となる水奈。しかし本人はそんな周囲の状況に困惑気味……陸もそんな状況の水奈になかなか会えずにいた。陸に会いたいと願う水奈。早速携帯を取り出すが、なんと番号とアドレスを聞いていなかった!翌日、水奈は陸に携帯のアドレスと番号を聞こうと試みるのだが……
文化祭の準備に大忙しの陸たち。そんなある日学校の掲示板に『学内の夜間立ち入り禁止』の張り紙が。訳を聞こうとするが明瞭な回答が得られない。そんな時、陸はつかさから教会に幽霊が出るとのうわさを聞く。半信半疑な陸の目の前に全身がすすけている女性が現れ「幽霊や妖怪は存在します」と力説する。その一方で小百合の危機と聞いてイッチー、ユースケ達が教会の幽霊退治に立ち上がるのだが……
文化祭が近づいているにも関わらず出し物が決まっていない陸のクラス。男子が掲げる『メイド喫茶』に女子が真っ向から反対しいがみあいの状況が続き、意見がまとまらないことに陸と小百合は頭を悩ませていた。そんなある日、陸は黒十影から呼び出される。「文化祭の芝居のヒロインに小百合を使いたい」断ろうとする陸であったが納得をしない黒十影、陸はやむなく小百合の元へ向かうのであったが……
この時期に陸のクラスに転校生がやってきた。しかもこれが、現役アイドル。にわかに色めきたつ男子生徒。だが、その転校生は陸の幼馴染みだった。子供の頃結婚の約束をしたといって陸に付きまとうアイドル、それに対して内心落ち着かない小百合……。そんな状況を見ていたつかさと水奈はアイドルに対して対抗意識を燃やす。これを見た生徒会長・桜井は新たなるイベントを開催しようと考えるのであった……。
文化祭の出し物が生徒会との合同で「超お化け屋敷」となった陸のクラス。しかし、出し物小屋で女子が着るメイド服の件で男女がいがみ合いなかなか準備が進まない。担任として仲裁に入ろうとした遥であったが、割って入った小百合が男女の仲をまとめる。教師であるのにクラスをまとめられない自分に落ち込む遥。そんな思いを引きずりながら今日もネットゲームにログインする遥であったが……
ようやく文化祭準備に打ち込むクラスの面々。そんな中、小百合は、演劇部の芝居に学祭の準備にとフル回転の日々。陸は陸で、小百合の穴を補うべく奮闘し、薬研の協力により、グラウンドに「超お化け屋敷」用の“お化けドーム”を建てることに。だが薬研の設計ミスで巨大なものになってしまう。その時、何かを思い出した陸は女神様のいる焼却炉へと向かう……
文化祭の前日、女子に囲まれるていた陸に焼きもちをやいてしまった小百合。総演部の芝居が本番前なのに昨日の事が頭をよぎりどこか落ち着かない。一方、陸もクラスの出し物“お化けドーム”の大盛況ぶりや実行委員の仕事で中々自由になれない。ようやく開放された陸は舞台の会場へと向かう。しかしすでに小百合の芝居は終了し、ライブステージとなっていた。途方に暮れる陸、そこにつかさが現れて……
つむぎの高校2年生は修学旅行で北海道へ。空港から目的地へ向かう陸のクラス。バス車内では、生徒たちは日程表と睨めっこしながら盛り上がっている。同様に賑やかな、つかさのクラス。その中でひとり真顔のつかさ…。最初の目的地に到着する一同、その雄大な自然にテンションが上がる生徒達。そんな中、陸は小百合といい雰囲気になるが、そこへ別クラスのつかさが乱入してきて……
2年生が修学旅行でいない為、静まり返った学校。いつもなら賑やかなはずの校舎内も活気がなく閑散としている。陸にしばらく会えない水奈は食事中も浮かない顔。陸にメールを送っても返信はない・・・。一緒に昼食を食べていた桃はそんな水奈の姿を見かね、「今日の放課後、遊びに行かない?」と声をかける。放課後、桃と遊ぶ水奈だが、ついつい携帯に目が行く。しかし陸からの返信は未だになく・・・・・・
修学旅行も無事終わり、つむぎの高校は平静を取り戻していた。学期末が近付くにつれ、年末のイベントやその前に控える学期末試験などの話題で一喜一憂しているの陸のクラスメイト。だがひとり陸は遠くを見つめてボーッとしている。修学旅行中つかさ、水奈の自分への気持ちを改めて知り胸を締め付けられるような思いに駆られる陸。小百合はそんな陸の姿を心配げに見つめて・・・・・・
生徒会長の任期がもうすぐ終ろうとしている桜井は最後に大きなイベントを開催できないか悩んでいた。そんな時、クラス内でクリスマスの話題を耳にし考えが閃く桜井。翌日、生徒会主催のクリスマスイベント開催のポスターが校内中に張り出される。カップルでコスプレをするという参加条件に小百合の元には大勢の男子が殺到する。そんな状況に困り果てる小百合にあやめは自分からパートナーを決めることを薦めるのだが・・・
大晦日、両親が急な用事で家を空け一人きりで過ごす陸。翌日の元旦、友人達からの年賀状を見ていると家のチャイムが鳴る・・・。なんと陸が一人きりということを聞いていた小百合、水奈が訪ねて来たのだ。さらにつかさも直接年賀状を持って訪ねてくる。お互いに相手を気にするあまりその場が重苦しい雰囲気に。黙り込んだままの3人に陸はどうしていいのか困り果ててしまい・・・
本屋に立ち寄った小百合は店内の一角に「バレンタインデーコーナー」が新設されていることに気付く。一方、つむぎの高校でもバレンタインが近づき周囲が慌しくなりはじめていた。陸にチョコをプレゼントする為、家庭科部の針縫先生に教わるつかさ、色々なチョコを食べ比べ陸の為に研究をする水奈、そして小百合もバレンタインチョコを作り始める。果たして誰にあげるつもりなのか・・・
陸の突然の引っ越しに驚きを隠せないクラスメイト。悲しみに暮れるユースケ達であったが陸を笑顔で送り出そうと送別会を提案する。クラスで盛り上がる中、小百合は言葉なく教室を後に。一方、引っ越しの件を知ったつかさは陸を海へと誘いそこで彼への想いを告白する。そして、水奈も自分の気持ちを伝える為に水族館へと誘う。つかさ、水奈の想いを改めて感じた陸であったが・・・
陸が転校する日、つむぎの高校では3年生の卒業式。卒業生との別れを惜しむ下級生達。そんな中どこかそわそわした様子のつかさ。笑顔ながらどこかよそよそしい水奈。そしてずっと沈んだままの小百合。同じ頃、陸はひとりA組の教室にいた。1年間色々な思い出が詰まった教室に別れを告げると、ひとりその場を後にする。自分の想いを伝える為、陸は約束の場所へと向かう・・・