取り柄といえば運のよさだけ、という平凡な少年・伊藤啓太。 彼のもとに、ある日突然届いた一通の手紙。 それは、誰もが憧れる全寮制の名門男子校ベルリバティ学園への入学許可書だった。 季節はずれの許可書に不安を覚えながらも、学園へと向かう啓太。 その彼の前に現れたのは“王様”と呼ばれる生徒会長・丹羽哲也だった！

九死に一生を得た啓太は保健室で目を覚ます。 そこにいたのは寮の部屋が隣だというクラスメイトの遠藤和希だった。 遠藤をはじめ、少しずつ学園になじんでいく啓太。 しかし、一躍時の人となった啓太を煙たく思う者もいた。 一人になったところを正体不明の学生に襲われ、啓太は閉じ込められてしまう。 それを助けてくれたのは、生徒会副会長・中嶋英明で……。

「中身を見たら、あかんで」王様の手紙を俊介から渡される啓太。 俊介によると、それを寮長・篠宮紘司に届けるのが啓太の役目だという。 だが、寮長に手紙を届けると、その手紙を別の部の主将に届けて欲しいと言われる｡ 次々に色々な部の主将たちの間をタライ回しにされる啓太｡ もしかして自分はからかわれているのかと疑う啓太だが、果たして手紙の内容とは何なのか？

いよいよやってきた初授業の日。 なにかと世話を焼きたがる和希の心配をよそに元気に登校していく啓太だったが、 難しい授業と小澤兄弟からの相変わらずのイヤミに自信をなくしかけていた。 だがその夜は生徒会による啓太のための歓迎会。 期待に胸躍らせる啓太だが、その会場とはなんと大浴場で…！？

“あの”歓迎会から一週間。 啓太は新しい環境の中、めまぐるしくも充実した学園生活を送っていた。 そんな中、愛猫のトノサマを探す海野を手伝ううち啓太たちは地下へと続く階段を発見する。 階段の先には『天国もしくは地獄行き』などの不吉な文字が書かれた扉があった。 どうやら、トノサマはそこの中に閉じこめられているらしい。 苦労して扉を開けトノサマを救出した啓太たち。 一件落着かと思いきや、今度は篠宮と七条と成瀬が扉の中に閉じ込められてしまい･･･。

ひさびさの日曜日。 遠藤は啓太を誘い出し、学園の外でなごやかな休日を過ごしていた。 その一方、理事長と対立する副理事長の久我沼は、 ふとしたきっかけから啓太が理事長にとって特別な存在であることに気づく。 理事長の失脚を望む久我沼は、その魔の手を啓太へと伸ばし・・・。

副理事長の久我沼から突然の退学勧告を受けた啓太。 あまりのショックに、授業も上の空。 落ち込んだ啓太の様子を気遣って声をかけてきた岩井と成瀬に、啓太は退学のことを打ち明ける。 事情を知ったみんなは、啓太のピンチを救おうと生徒会に相談することにしたのだが。

退学勧告の話を聞いた生徒たちの間では、啓太を救う為の署名が集められていた。 一方、啓太は事態を打開するには理事長に直接相談をした方がいいと遠藤からアドバイスを受ける。 だが、なかなかメールを送る決心がつかない。 そんな啓太の前に西園寺が現れ……。

MVP戦がついに開催！　BL学園に残る為の啓太たちの戦いが始まった！ パートナーの和希とともに、第一ステージへと走る啓太。 だが、その姿は島中に仕掛けられたカメラによって、久我沼にモニタリングされていた。 啓太たちの優勝を阻止しようとする久我沼の陰謀が二人に迫る……！

無事に第一ステージはクリアしたものの、啓太と和希の心には大きな溝ができてしまう。 不審な行動をとる和希を信じることができない啓太。 だが、和希はただ「信じてくれ」と言うだけだった。 ギクシャクとした関係のまま、第二ステージを目指して、林を抜ける。 そこに現れた洋館を目にした啓太は、なにか懐かしさを感じる……。

啓太と和希はMVP戦に見事優勝！ 無事に学園に残れることになった啓太だが、その表情は晴れない。 和希の抱える秘密について教えてもらえないことが、どうしても納得出来ないのだ。 意を決して、和希に直接尋ねてみようと学園中を探す啓太だが、 そこに理事長からの一通のメールが届く･･･。

和希の秘密を知り、やっと仲直りした二人。 しかし、懐かしく昔を思い出す啓太の前に保険医の松岡が現れた。 啓太を連れ出した松岡によって告げられる、鈴菱の過去とは？ 一方その頃、西園寺と七条は、学園のデータを盗み出した実行犯が 誰であるのかを突き止めていた。その犯人はなんと…!?

啓太と和希の純粋な想いが伝わり、危機を乗り越えた二人。 全ての問題が解決し、すっかり学園の人気者となった啓太は、学園 中のクラブから引っ張りだこになる。そんな慌ただしい中で、啓太も 和希に対して特別な感情を持っていることに気づき始める。 60年に一度の流星群が流れる中、いよいよ感動のクライマックス！！