鮫島兄弟とMTBバトルをすることになった翔。しかし試合の途中で駆、 まこととともに異次元にワープしてしまう！ 目覚めたところは、廃墟の町。 驚く間もなく“町のボス”と名乗るMTBライダーにバトルを挑まれる。 そこに、謎の仮面少年が現れアドバイスをくれるが？！

無法ライダーの一味と間違えられて捕まってしまった翔たち。話は聞いてくれないし、逃げ出そうとしても警備隊長はしつこく追ってくるぞ！ 　これはもう話し合いじゃ無理みたいだ。どうする、翔！？

食料を手に入れるために立ち寄った町。そこで出会ったのは怪しげなワザを使うと言われている影身のシン。翔がバトルに勝てば、良いことを教えてくれると言われるが……。

強盗団『チーム・バンディッツ』の罠にはまりフレイムカイザーを盗まれてしまった。自称・イケメンのリーダーからMTBを取り戻すために、翔たちが立てた作戦とは？

バイク職人ゼンタロウを訪ねる翔たち。しかしそこに、ゼンタロウのタイヤに文句をつけにきた毒グモ団のタクマが現れる。翔は、ゼンタロウの濡れ衣を晴らすため、同じ型のタイヤをつけて勝負に挑む！

旅の途中でエリートライダー３人組『ハイパーブレーン』に出会う翔たち。彼らは完璧なデータ分析でバトルに勝利し続けてきた。気楽に勝負を受ける翔に、駆は大反対。勝つためには、駆のセッティングが必要になるが……！？

まこと、駆、翔がそれぞれ忙しくて構ってくれないので、ホースケは怒って家出してしまう。たどり着いた湖のほとりでは、女の人が助けを求めていた。更に「私のうちに来ない？」と誘われてしまう。しかし、そこには秘密が隠されていた！

怪しい遺跡のような建物を発見した翔たち。中に入ると、そこには深い霧が……。 翔たちとはぐれてしまったまことは、居るはずのない家族に出会う。まことを探していた翔はなぜかフラフラ。しかも、突然現れた男たちにバトルを挑まれてしまう！

吹雪がひどくなって、前に進めなくなってしまった翔たちは、ひとまず山小屋に避難。そこで出会った子連れライダーのゲンさんからバトルの申し込みをされる。雪山での初バトル。苦戦する翔の前に、仮面の少年が現れるが……。

パーツを手に入れるために立ち寄った町は、翔が元の世界で住んでいたところにそっくり。そこで出会ったアキラは、町を荒らすマッドドッグスを倒すためMTBの練習をしていた。翔は、町に平和を取り戻そうとアキラに協力することに。

Xシティに行くために船に乗せてもらえた翔たち。しかし、この船は次々と妙なことばかり続いて怪しい感じ。しかも肝心の翔は、船酔いでダウン。そんなとき、現れた敵から韋駄天バトルを申し込まれてしまう！

夢の超高級リゾートに到着！ 何でも揃うステキな街で、MTBライダーなら何をしてもタダだとホースケが話していた場所だ。喜ぶ翔たちはまずレストランに行き、たくさんの料理をメニューを注文するが、どうも様子がおかしい……。

ミスターティーチャーと名乗る怪しい先生のような男に誘われて、学校のテーマパークに遊びに行った翔たち。しかし、いきなり韋駄天バトルを挑まれてしまう。断る翔たちが見せられたのは、獅堂が人質にされている映像だった……！

翔たちは空中に線路がある炭鉱の街へとやってきた。そこには、とっても仲の良い兄妹が。妹はサヤちゃんというお兄さん想いのすごくイイ子。でもそのお兄さんの様子がおかしい。何かワケがあるらしいのだが……。

水の都アクアパレスにやってきた翔たち。そこの宮殿のプリンスが何か手がかりを知ってるらしいのだが、チームSTの一員らしい。まことは自分がお嫁さんの候補として城に乗り込み、情報を探し出すと言うが……！？

アクアパレスでXシティまではあと1ヶ月以上かかることがわかって落ち込む翔たち。まことが我慢の限界を超え、「旅を続けたくない」と言い出した頃、トレーラーが荒らされてしまう。翔は、まことを疑ってケンカに。そんな時、韋駄天バトルを挑まれて……。

ユウキさんに教えてもらったXシティへの近道、それは鍾乳洞のトンネルを抜けることだった。暗く長いトンネルには、魔物が住むと言われている。翔たちが怖がりながらもトレーラーで進んでいくと、謎の人物が現れる！

マコトのネプチューンが覚醒！ しかし、獅堂はまだ実力を認めてくれない。翔とまことはXシティへ向かうことを許してもらうため、獅堂が出した実力テストを受けることに。２人は無事にクリアできるのか……！？

テストにも合格したのに、獅堂から未熟だと言われて頭にきた翔。どちらの方が強いのがハッキリさせるため、『韋駄天バトル』で勝負することになった。その２人の真剣勝負にチーム・シャークトゥースの刺客、忍者ライダー狐影が！

翔との韋駄天バトル中に、狐影の忍術で崖から落とされてしまった獅堂。翔は、狐影を倒すために特訓をすることに。それは、目を隠して走る練習だった。翔は、数々の忍術を見抜き、狐影に勝つことができるのだろうか？

いよいよXシティの入り口に到着した翔たち。しかし、中に入るには許可証が必要。もちろん持っていない翔たちは、別の入り口で門番の兄弟と戦うことに！たくさんの仕掛けがあるコースで2人より早くゴールし、Xシティに突入することができるのか！？

ついにXシティにたどり着いた翔たち。だが喜ぶのもつかの間、ここではチーム・シャークトゥースが住民たちを支配していた。翔は、彼らの酷いやり方に怒って『韋駄天バトル』で勝負を挑む。しかし、相手はこの街を知り尽くしたタイガー・ジロー。さらに、牙舞の罠が！

たどり着いたXシティで『韋駄天バトルトーナメント』という大会が開かれることになった。翔は、優勝してゴールドエンブレム7枚を手に入れようと参加を決意。そうすれば元の世界に戻れるからだ。しかし、その大会は支配者・鮫島牙舞が翔たちを倒すために開催したものだった……！

無事に1回戦を勝ち進んだ翔とまこと。次は2人の直接対決だった。純粋にバトルを楽しみにする翔と、少し自信のないまこと。そんな様子を見ていた天才修理名人のユウキは、まことが乗るMTB・ネプチューンのセッティングを手伝うと言い出す。仲間同士の本気のバトルがはじまる！

韋駄天バトルトーナメントの1回戦が行われる中、翔たちと反対側のBブロックでも激しい戦いが繰り広げられていた。チーム・シャークトゥースの大幹部・鮫島大牙、はぐれ狼・ゲン、ペンキ職人・アーサー、占い師・ノストラダムスサヤカなど個性的なライダーが出揃った！果たして、勝ち残るのは！？

韋駄天バトルトーナメントの2回戦で、ついに翔と獅堂との戦いになった。いつもバトルを楽しむ翔も、さすがに緊張ぎみ。更に、獅堂には幻のトライアルテクニックあると聞いて焦る翔。その頃、練習中の獅堂は、謎の火花を散らしていた！

Bブロックの最終戦。勝てば決勝戦に進めるこの戦いは、牙舞に雇われている忍者ライダー・狐影と、騎士ライダー・アーサー。どちらも韋駄天バイクに乗る強者。実力で勝負をつけたい2人だったが、チーム・シャークトゥースが裏で不気味に動いていた……。

いよいよ翔と狐影の決勝戦。仕組まれた爆弾のおかげで勝ってしまった狐影は、卑怯者と思われてしまった。正々堂々勝負したかった狐影はトーナメントを降りると言うが、牙舞は更に卑怯な手を考えていた。一方、翔のところには狐影の妹・菊が現れて……！？

3回勝負のうち、第1バトルを取られてしまった翔。狐影は人質にされている妹・菊のために走り、翔は牙舞の卑怯なやり方を止めるため狐影を説得する。次の第2バトルに負ければ元の世界に戻れない翔たち。早く菊を助けて正々堂々と勝負させるため、仲間たちも一緒に菊を探すが……。 ――白熱の決勝戦、韋駄天バトルトーナメントの結末とは！？

韋駄天バトルトーナメントで優勝したのは翔だった！表彰式で、みんながお祝いしてくれる。菊を助け、狐影の誤解も解け、優勝賞品のゴールドエンブレムを手にした。ハッピーエンドだと思われたとき、牙舞が現れた……！果たして翔たちは、元の世界に戻ることができるのだろうか！？

韋駄天バトルトーナメントで優勝して手に入れたゴールドエンブレムを、牙舞達に奪われてしまった！牙舞は封印の扉を開き、Xタワーの力を手に入れようとしている。だが、四天王が牙舞を裏切り、更にゴールドエンブレムを盗み出した！果たして封印の扉にたどり着けるのは誰なのか！？

牙舞との最終決戦に勝利し、ゴールドエンブレム10枚を持って封印の扉にたどり着いた翔。扉が開くときに明かされるというXゾーンの、驚くべき秘密とは？いよいよ、元の世界に戻ることができるのか！？

牙舞との最終決戦に勝利し、元の世界に戻った翔たち。しかし、ユウキの最後の言葉「まだ言ってなかったことがあるの！あなたのお父さんは……！」が気になって仕方ない。そんなとき、『Xゾーンからの使者』と名乗る謎の3人組が現れて韋駄天バトルを挑んできた！！！

もとの生活に戻った翔たち。だが、彼らの前にXゾーンからの使者が現れ、プラチナエンブレムを賭けた韋駄天バトルを挑んできた。その謎を解くため、獅堂京一を探すため、再びXゾーンに旅立つことを決めた翔たち。最初のきっかけになった裏山に行くと、そこにまた敵が現れ……！

4台の韋駄天バイクがXの形になったとき、再びXゾーンへの道は開かれた。そこで見たものは、平和を取り戻したはずのXシティが無残に変わり果てた姿。さらに、翔たちの目の前に狐影が現れたが様子がおかしい！この世界で何があったのか！？

翔とまことが居ないときに、あゆむが韋駄天バトルを挑まれた！あゆむはまだインペリアルDGを乗りこなせず、相変わらずMTBに乗ると暴走してしまう。しかし、兄・翔のことを悪く言われ、ついついバトルを受けてしまう！？

一晩泊めてもらうために、空き家のような大きなお屋敷に踏み入る翔たち。しかし、気味が悪いので出ようとすると……出口がない！？あせる一同が必死で出口を探していると、人の気配。それは恐ろしい物語のはじまり、最初の犠牲者はまことだった……。

突然、牙舞からの招待状を受け取った翔。ホースケは「罠に決まっておる！」と反対するが、翔は行くことに。牙舞も今までのことを反省したのかも知れないと期待したのだ。たくさんのご馳走に、フレンドリーな牙舞。しかし、話は予想外の展開に！

狐影の妹・キクは、病気を治すため療養所にいた。たまに会いに来てくれる兄に励まされながら治療していたが、少し弱気に。一方、旅の途中で道に迷っていたあゆむが、散歩中のキクに出会う。狐影とキクの関係を知らないあゆむが、ささいな行き違いから誤解し、韋駄天バトルに発展！？

ひとときの休息としてピクニックをすることにした翔たち。森を進んでいくと怪しい霧が！……そこは伝説のナナシの森だった。甘いものが大好きなまことが、美味しそうな果物を食べると、突然眠ってしまう！翔は、まことを救うため、まことの体の悪玉菌と韋駄天バトルすることに!?

インペリアルアイランドに向かう途中の浜辺に、アーサーが倒れていた!一人で島に潜入し、チームXに敗れたのだ。アーサーは突然、翔に韋駄天バトルを挑む。「あなたの実力と、戦いへの覚悟を見せてほしい」、と。一方まことも、兄・獅堂京一の情報を聞き出すため、バトルに参加する!

いよいよみんなが集まって、チームXと決着をつけるときがきた。敵のボスはまことの兄・獅堂京一！更にインペリアルアイランドには獅堂以外にも、アーサーの仲間であった騎士たちが待ち構えている。翔たちは、ユウキの作戦によって、3つのルートからの潜入を試みる

やっと再会できた京一とまこと。しかしそれは罠だった。まことはチームXに連れ去られ、翔は韋駄天バトルを挑まれる。勝てば京一のダークチェンジを解くことができるが、強敵。一方まことは、牢屋で、あるメッセージを見つける。そこには、大変なことが書かれていた。

翔がダークチェンジした獅堂京一を倒した後に現れたのは、死んだはずの翔の父・猛(たけし)だった！！！喜ぶ翔に、猛はプラチナエンブレムを賭けて『韋駄天バトル』を挑んできた。猛もダークチェンジしていたのだ。ショックを受ける翔だが！？

父・猛に韋駄天バトルで負けて、プラチナエンブレムを奪われた翔。猛の狙いは何か？Xゾーンはどうなってしまうのか！？しかし、翔たちは作戦を立て直すため、いったんXシティに戻ることに。その移動中にも、次々トラブルが起こり……。

山登猛から逃れるためにXタワーに避難する途中、ダークチェンジしたライダーの集団に襲われた翔たち。1対1で相手をしていたらキリがないと、狐影の提案でダッシュ力のあるあゆむが全員を相手に韋駄天バトルすることに。城壁コースでインペリアルDGが爆走する！

父・猛からプラチナエンブレムを取り戻さないと、世界は崩壊してしまう！バトルに敗れて傷つき、フレイムカイザーも壊れてしまった翔。しかし、ホースケが案内してくれた練習場で特訓をすることに。そこは、試練の丘。一体どんなところなんだろうか？

試練の丘。そこは、古代の英雄が修行をしたと言われる場所だった。最後の難関である『勇者の滝』に苦しむ翔の前に、ダークチェンジして韋駄天バトルを求めるチームXの残党ライダーたちが現れた。3対1人の韋駄天バトル。クリアしないと猛には勝てない！

試練の丘、最後の難関である『勇者の滝』をのぼるとき、翔は新しい必殺技を出した。しかし、本人はさっぱり覚えていない。みんなと合流したあとも、不安が消えない翔に、獅堂たちはバトルを挑む。そして、翔VS.韋駄天ライダー全員との韋駄天バトルがはじまる！

翔は、仲間たちの協力で新必殺技『韋駄天ミラクルジャンプ』を完成させた。だが、Xゾーン破滅のときと、翔たちの世界の異変は続いていた。ダークチェンジした父・山登猛を止めるため、翔たちは『禁断の通路』へ、獅堂たちは通路を開くためのコントロールルームに向かう。

禁断の通路を開き古代の装置へと急ぐ翔たち。　協力してくれる仲間も増え、ダーク化したライダーたちを食い止めてくれている。　装置からプラチナエンブレムを外せば、暴走するエネルギーが止まるはず。しかし、猛から驚くべき事実を明かされる……!!! ——翔VS.猛、ついに最後の韋駄天バトルへ!——

翔と、翔の父・猛との最後の韋駄天バトルがはじまった。猛は古代の怨念に取り憑かれて、『Xゾーン』と『翔たちの世界』を消滅させようとしている。翔は『韋駄天ミラクルジャンプ』を使って、猛よりも先にゴールしなければいけない。伝説のMTB・インペリアルXに、翔のフレイムカイザーが挑む、感動の最終回！