Lemon Angelが、突然の解散を発表してから数ヶ月後の春。白鴎学園高校に入学した智は、良き理解者であり憧れの存在だった唯の親友、元Lemon Angelのリーダー・美希に出会う。しかし、唯から聞いていたイメージとは掛け離れた美希の冷たい態度に智は困惑する。その帰り、智を尾行する謎の影が…。

智はヌーベルミュージックの新米プロデューサー・小暮から、第一期Lemon Angelの衝撃的な事実を聞かされる。第一期Lemon Angelに秘められた唯の想いを知った智は、第二期Lemon Angelのオーディションへの参加を決意する。オーディション当日、会場には審査員と共に美希の姿もあった。

Lemon Angel候補生の一人早夜は、所属事務所オフィーリア社長・室井と仕事の方向性で対立し絶縁状態だった。しかし早夜が候補生に選ばれたと知った室井は、契約継続を主張。Lemon Angelはヌーベルの所属となる為、室井の契約書がある限り早夜はオフィーリアの仕事しか受けられず…。

人気アイドル｢サードセンス｣メンバーのタクミがエリカの弟だと、Lemon Angel候補生たちの間で話題になる。春香は彼の大ファンで、是非会わせて欲しいとエリカに頼み込む。タクミとの都合を付け、春香や智らを自宅に招待するエリカ。しかし約束当日、タクミは急な仕事で家を留守にすることになり…。

第二次オーディションに向け厳しいレッスンが続く中、智は手作りドーナツを分けて貰ったのが縁で冬美と仲良くなる。これを良く思わない春香は、冬美に智たちに嫌がらせをするよう指示する。そうとは知らず健気にレッスンに励む智たちだが、ある日早夜は春香の指示により冬美が嫌がらせをしていると知ってしまう。

運命の第二期Lemon Angel第二次オーディション当日。みるは極度の緊張から、自己アピールで何も言えずに時間切れとなってしまう。彼女は幼い頃の事故の影響で、失語症を煩っていたのだった。そんな彼女を第一期Lemon Angelたちが救う。そして、オーディションはいよいよクライマックスを迎える。

遂に第二期Lemon Angelが決定した。しかし活動開始早々難題が。メインヴォーカルを巡ってプロデューサーの小暮とディレクターの片桐の間で意見が割れていたのだ。その解決策としてユニット内オーディションが開かれることになるが、オーディション予定日は智が氷室のライブリハに招かれている日だった。

デビューを目前に控え、山中湖に強化合宿に来た智ら第二期Lemon Angelメンバー。しかし、旅行気分の一同を音楽ディレクター・片桐が作成した地獄の特訓スケジュールが待ち構えていた。ハードなトレーニングに身も心もボロボロになる一同。そんな折、月刊アイドルマガジン記者・香坂が合宿所を訪れる。

エリカは香坂の本当の狙いが自分とタクミの関係、そして片桐の過去にまつわるスキャンダルであることを知り、合宿所を抜け出し帰京する。翌朝、エリカがいなくなったことを知った智と早夜は、東京へと向かう。タクミのもとに辿り着いたエリカが彼に事情を説明しようとした時、先回りをしていた香坂に写真を撮られて…。

強化合宿を終え本格的なレコーディングを目前にし、第二期Lemon Angelメンバーに休日が与えられることになった。喜ぶメンバーだが、早夜は一日も無駄に出来ないとレッスンに打ち込もうとする。しかし小暮から早夜には特別な仕事があると告げられる。その仕事とは、廃駅セレモニーへの出演だった。

楽曲リリースを間近に控えた第二期Lemon Angelは、プロモーション活動に追われていた。だが、突然第一期Lemon Angelの復活が発表される。驚愕するメンバーたち。そんな中、第一期メンバーのアンを心の拠り所にしていたみるが、第一期Lemon Angelの秘密を知ってしまう。

美希の第二期LemonAngelにおける真の目的を聞き、動揺を隠せないメンバーたち。智はショックのあまり部屋を飛び出す。バラバラになってしまうメンバーの心。しかしヌーベルフェスタ開催まで残された時間は残り僅か。練習にもメンバーは現れず、満足に練習も出来ないまま刻一刻と時間だけが過ぎてしまう。

ヌーベルフェスタ夜の部が始まった。だが姿を見せない智と美希。小暮はプロデューサーとして残りの四人で出演することを決断する。そして、いよいよ第一期Lemon Angelが大歓声を受けながらステージへ登場する。氷室の理想の音楽を忠実に再現する完璧な演奏の前に第二期Lemon Angelの運命は…。